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羽奴思在阿克苏恢复统治之后，面临的唯一严重威胁是额森台吉之子阿马桑赤台吉率领的卫拉特人（或卡尔梅克人）的入侵。卫拉特人在伊犁河《拉失德史》记：亦刺河）附近对羽效思发动进攻并打败了他，迫使他向突厥斯坦城附近地区撤退。但是。卫拉特人的行动表明了他们的这次进攻不过是毫无政治结果的游牧民的突然袭击而已。卫拉特人一走，羽奴思又从锡尔河回到伊犁，从半定居地回到了游牧地，他只得这样做以迎合蒙兀儿斯坦的诸部落，这些部落民希望他们的可汗像一位真正的成吉思汗后裔。忘掉他的都市生活的体验和泄刺只文化，在帐篷中过着祖祖辈辈们所过的生活。与此同时，从属于蒙兀儿斯坦的喀什和叶儿羌两城先后由杜格拉特家族异密赛义德·阿里的两个儿子米儿咱·桑尼司（1458－1464年在位）和穆罕默德·海达尔一世（
1465－1480年在位）统治。《拉失德史》宣称桑尼司是一个狂暴而宽宏大量的人，他把喀什管理得很好，以致后来人们把他统治时期作为黄金时代来追述。随后是海达尔的统治。海达尔最初是在羽奴思汗的宗主权下和平地统治着喀什和叶儿羌。但是，桑尼司之子海达尔的侄儿阿巴扎乞儿在这种和平统治被打乱之前没有长久地等待。他在占领了叶儿羌之底，又从与杜格拉特家族有关系的其他宗王们手中夺取了于阗城。从那时起，他的行为俨然像一位独立的君主。海达尔乞求羽奴思的援助，以对付这位反叛的侄儿，但阿巴扎乞儿两次在叶儿羌城下打败了他们两人（1479－1480年）。在这两次胜利之后，阿巴乱乞儿还从其叔父海达尔手中夺取了喀什，海达尔于1480年被迫撤往阿克苏，投奔羽奴思汗。
尽管羽奴思汗在喀什噶尔本土上发生的杜格拉特异密们之间的这些纷争中未能够实现他的志愿，但是，他统治末期是以在中国和河中两地所获得的相当大的成就为标志的。《明史》记，1473年吐鲁番的一位名叫阿力的苏丹从明朝的一个藩属王朝，即契丹王朝手中夺取了戈壁滩上的哈密绿洲。被派往吐鲁番的一支中国军队未能捉住入侵者，待追军返回后，他们又占领了哈密。1476年，这位阿力（或称哈力）派使者携带贡赋到北京。如果《明史》的编年准确的话，阿力的统治相当于羽奴思汗的统治时期。
然而，羽奴思汗很可能抓住了帖木儿王朝衰落的机会（参看463页），作为调停人干涉河中事务。帖木儿王朝的两个宗王，卜撒因的儿子、撒麻耳干王阿黑麻和费尔干纳王乌马儿·沙黑，为塔什干的所有权，在毫无结果的竞争中耗尽了他们的全部力量，乌马儿·沙黑占有了塔什干。随着费尔干纳国成为羽奴思的属国，羽奴思不得不多次出面保护乌马儿·沙黑以对付阿黑麻。最后，羽奴思利用仲裁人和无私调停者的角色，在征得双方的同意后，他于1484年取得了两兄弟争夺的塔什干城和赛拉木城。后来，羽奴思选择塔什干为他的居住地，并于1486年死于该地。
由于住在像塔什干这样的古城，即在人口稠密的河中地区的门槛边，羽奴思汗实现了他终身的梦想。甚至自从流亡时期以来，当他在泄刺只还是一位年轻人时，就已经尝到了波斯文明的乐趣。这位有文化教养的成吉思汗后裔就一直怀念过去，梦想着定居的生活方式。出自蒙古人的责任感，多年来他强迫自己像游牧民一样地住在天山南北坡的伊犁河流域和裕勒都斯河流域。但是，在这一点上，他仅仅是实现了他作为一个王的职责。《拉失德史》对羽奴思的描述，是基于纳昔儿·丁·乌拜达拉赫给穆罕默德·海达尔谈的他个人的印象，书中强调了这位拜访者的惊奇：“我以为会看到一个蒙古人，但是，我发现他是一个波斯式的男子，满脸胡须，他的言谈举止即使在波斯人中也是少见的。”因此，他一成为塔什干统治者（当时他几乎年近八旬），就决定住在那儿。追随他的一些牧民，对他按塔吉克人般的方式过定居生活的思想感到惊恐，疏远了他，急忙返回到他们喜爱的裕勒都斯河流域和畏兀儿斯坦草原上。他们带走了羽奴思的次子阿黑麻，他似乎抱有与他们一样的喜欢自由生活的兴趣。羽奴思汗没有追赶他们，因为阿黑麻在他们中间可以保证他们对他的忠实。
阿黑麻在父亲死后统治着汗国的这片地区，即伊犁、裕勒都斯河流域和吐鲁番地区，直到去世（1486至1503年在位）。他在他的草原上很快活。一方面，他成功地与卫拉特人（卡尔梅克人）作战，另一方面，又与吉尔吉斯-哈萨克人作战。《拉失德史》认为，卫拉特人恭维他的绰号是“阿刺札”，意为“杀人者”。1499年前后，他从杜格拉特部异密阿巴扎乞儿手中夺取喀什和英吉沙尔城。这位能干的成吉思汗后裔，在国内通过一系列讨伐和处决，使反叛的部落首领们巨服。
《明史》对阿黑麻在哈密绿洲的事迹也有报导，在汉语中，他是“吐鲁番速檀阿黑麻”。在1482年，地区契丹王朝的一位后裔、罕慎王子得到中国的支持，从察合台汗国手中重新征服了哈密。1488年，阿黑麻在一次伏击中杀死罕慎，夺取了哈密。次年，罕慎部众又夺回哈密。1493年，阿黑麻俘获哈密君主和中国驻官，并监禁他们。北京宫廷对此进行了报复，封锁哈密边境，禁止吐鲁番的商旅进入，把从畏兀儿地区来的商人们驱逐出甘肃境。《明史》说，这一报复在畏兀儿地区和察合台汗国内引起了对阿黑麻的极大忿恨，结果，他不得不顺从地把哈密留给地区王朝，也就是说让哈密处于中国的影响之下。 |