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喀什噶尔以叶儿羌为都，于1775年前，在黑山派和卓家族的统治下形成了一个伊斯兰教国家，成为准噶尔诸汗实际的保护国。黑山派丹尼雅尔和卓去世之后，准噶尔汗噶尔丹策零（1727-1745年）把死者的领地分给和卓的四个儿子：札甘得到叶儿羌；玉素甫分得喀什；阿优布在阿克苏行使统治；阿布德·阿拉赫占有于阗。在准噶尔觊觎王位者们的内战时期，热诚的穆斯林玉素甫趁机使喀什噶尔摆脱了“异教”的宗主（1753－1754年）。在阿睦尔撤纳还与清将班第和好的时候，于1755年计划以释放另一个和卓家族，即黑山派的宿敌白山派，以平息黑山派的叛乱，自1720年起，白山派已经被准噶尔统治者半监禁似地围在固尔扎。白山派首领包尔汉丁（即大和卓）和他的弟弟霍集占（即小和卓）热情地接受这一计划。包尔汉丁率领从阿睦尔撒纳和清军那里借来的一小支军队，先后从黑山派手中夺取了乌什·吐鲁番、喀什，最后夺得叶儿羌，也就是说，夺取了整个喀什噶尔。
包尔汉丁和霍集占一旦占领了喀什噶尔，就利用阿睦尔撒纳与清朝政府之间刚刚爆发的战争宣布独立，摆脱了准噶尔人和清朝的控制。他们屠杀了一支清军（1757年春末）。但是，好景不长，当中国人兼并准噶尔地区后，他们转而对付大、小和卓。1758年一支由兆惠将军率领的清军从伊犁河南下到塔里木。霍集占在库车附近被打败后，躲到叶儿羌，在那里，他进行了顽强的抵抗。与此同时，包尔汉丁蜷缩在喀什，经过一场艰苦的围攻战（清军在围攻期间，反遭到包围），在1759年初，由于富德派来援军，兆惠才能重新采取攻势。叶儿羌首先投降（尽管不是在霍集占逃跑之前）；接着喀什投降，同样，也是在包尔汉丁离去之后（1759年）。
大、小和卓都逃到巴达克山避难，尽管有穆斯林的团结一致，但是，地区酋长慑于中国的威力，他处死了这两位逃难者，并把霍集占的首级送给清军将领富德。兆惠将喀什噶尔并入满清帝国（喀什噶尔成了满清帝国的“新的边疆地”即新疆），兆惠在处理穆斯林居民中表现得十分老练。
乾隆皇帝对伊犁流域和喀什噶尔的吞并，标志着实现了中国自班超时代以来的18个世纪中实行的亚洲政策所追随的目标，即定居民族对游牧民族的、农耕地区对草原的还击。 |