在中国思想史的画卷里，元代思想是色彩最为浅淡的一页。这主要是因为元代存在的时间较短，仅有百年的时光。元代的政治、经济经常又是在不同于有丰富积累的传统文化的轨道上运行，这就使得元代思想没有精力和资源去创造出更多的灿烂，因为在更多的时候，其统治者都是处于思想补课的阶段。所以在这个客观条件的基础上，留给学者们创造的机会就更少了。但“江山代有人才出”，元代还是涌现了能反映自己这一时代特色的学者和思想家。
许衡，作为元代思想传播和创造的先贤，它的地位是十分重要的。他被伟大君主忽必烈任命为帝国的学院领袖，作为最主要的学者在朝廷之上受到了尊重。许衡审慎而细致地向蒙古人介绍朱熹的学说。为了将蒙古贵族的子孙教育成为儒家经典合格的师资，他承担了个人责任。
许衡在医药、法律事务、军事、算学、天文以及水利方面的博学多能，使得他能够对元朝征服者发挥一位指导者的作用。他为元朝官僚体制儒家化的最终成功奠定了基调。事实上，正是元朝首次正式将“四书”作为科举考试的基础。朱熹的学说能够在蒙古人的统治之下得以流行，这要归功于许衡。
许衡自幼受章句之学。许衡在青年时期，曾应试元朝的选士，并中选，占籍为儒（在元代，“九儒十丐”，“儒”是仅高于奴隶的与乞丐同列的平民身份）。许衡34岁时，接触到了《伊川易传》﹑朱熹的《四书集注》，于是他倾心研读，视为“进德之基”，完成了由章句之学向义理之学的转变。他之所以崇信程朱理学，为的是使由尧舜至孔孟，孔孟至二程的道统不被中断，并以此来影响入主中原的蒙古统治者。成为对理学、儒学有独特体悟和见地的、声誉遐迩的一代名儒。
能够实现他这一愿望的时间就是忽必烈对他的赏识。许衡生平第二件具有决定性意义的是他中年(45岁)以后一直受到元世祖忽必烈的青睐器重。忽必烈主政秦陕时，闻许衡之名，就征召委为京兆提学。忽必烈即帝位后，又召他入京担任顾问，授为国子祭酒、中书左丞。虽然这些眷顾与权位并非一定是许衡的衷心所求，但他毕竟获得了一个可展示其作为儒家学者思想和才华的舞台。
他在“学院领袖”的位置上向元世祖提出了著名的《时务五事》谏言。他对忽必烈详细讲了朱熹的为君之道的思想，正因为许衡采用了“践履”的传道途径，所以其哲学思想在元初对社会的政治思想产生了极大的影响，也导致了他的富有时代特色的哲学思想。他与刘秉忠、张文谦等议定元朝官制、朝仪，与王恂、郭守敬等制订元朝新历(《授时历》)。以儒学六艺教习蒙古弟子。
在这些实际活动中，许衡也展现了作为生活在不同于汉文化传统的元代社会环境下的一位儒家思想家的独特的方面，他张扬儒家德治仁政的政治理念和历史经验。他承传理学主流而未辨识其分歧，并开启理学向实学的转向。
许衡在哲学上，称世界本原是“独立”的“道”。认为“道”生“太极”，“太极”函“一气”，“气”具阴阳，由此化生天地万物，而其中又以人为灵贵。他又称太极是理﹑天理，说“有是理而后有是物”“无理则无形”，认为形而上之理是世界根源。
他在论到天地万物时，认为“万物皆本于阴阳，要去一件去不得。”万物皆有刚柔﹑动静﹑内外诸矛盾。每一矛盾双方都相济相胜，“天下事，常是两件相胜负，从古至今如此。”但他认为，矛盾发展最终“以静为主”，止于无对﹑静止的状态﹐又表现了形而上学的思想倾向。
在心性问题上，许衡认为人禀赋天理即天命之性。人性本善，是本然之性。但人禀气有清浊之不同，故又有气质之性。通过静时“存养”、动时“省察”的修养方法，能使“气服于理”，复见天理。他还提出心与天同的天人合一论，强调“反身而诚”“尊德性”等自省自思的认识和修养方法，认为这样就可以尽心、知性、知天。
在《元史·许衡传》中曾有过对许衡这样的记述：许衡与众人外出，天热口渴，道旁有棵梨树，大家争相摘梨吃，唯独许衡强忍口渴，不为所动。有人问他为何不吃梨，他说，不是自己的梨，岂能乱摘？又有人说，兵荒马乱之时，这梨树是没有主人的，摘吃无妨。许衡正色道：梨无主，我心有主！终于没有吃梨。
后人论及许衡，历来有两种不同看法，一是认为他迂腐古板，不知变通，傻冒儿一个，活该挨渴；一是认为他能自觉抵制诱惑，不随波逐流，可敬可佩，理当效法。后一种说法当然是事物的主流，而且许衡的“‘我心有主’论”，不仅可以名垂史册，而且很有现实意义。
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