河南省立博物馆被日军占驻，馆内文物、设施遭到破坏，日军强索暗劫，文物和拓片碑刻被掠夺难以数计。在搜刮金属为日军制造军火的“献金运动”中，该馆被日军东第2935部队野津敏迫献铁炮7尊；被东第2935部队兵器部陆军兵技曹长保刈实迫献铁炮36尊；被开封市伪政府迫献铜钟1个；被开封日本陆军联络部迫献铜炮2尊，铜云牌、铜锅、铜炉、铁鼎各1个，古钱3箱。中国第二历史档案馆档案，全5，卷1632。
南开大学被日军摧毁之后，学校原有大钟寺赠送的一口大钟，重18000斤，钟面刻有全部《金刚经》，是罕见的历史文物，也被日军拉走，熔做枪炮子弹。
1938年7月6日，日军飞机轰炸汉阳古琴台，所珍藏的古文物，顷刻化为灰烬。同年9月，日军先后两次侵犯山东牟平县城，将大型建筑烧毁，大批图书档案化为灰烬。
1939年6月23日，日军连续两日轰炸湖南湘阴县城，千年历史古镇，被炸成了瓦砾场，众多文物葬身火海。
山西文物损失，为数不少。如沁县樊村南里地段上的一块巨大陨石，栋村出土的金属佛像（高3尺许），也被日军劫运回国。
1941年2月9日，日军闯入内蒙古召庙王爱召，疯狂搜索珍贵文物，经日军三天洗劫，召庙内嵌有宝石的释迦牟尼银质佛像、珍贵的经卷、银质镀金马鞍、弓箭，以及各式壁挂、地毯等被抢劫一空。
1942年5月4日，日机先后两批轰炸云南保山县城，保岫公园的中山礼堂、图书馆、阅报亭均被炸毁，嵌于壁间和展列于入口处的历代石碑无一完整，太保山麓元代建筑法明寺内所保存的文物毁坏严重。
1939年，日军侵占海南崖州古城的观音阁，后为田中商社株式会社所用。阁中有一口大铜钟，铸于唐代，是珍贵的历史文物。1941年，田中商社株式会社用卡车把这口铜钟运往榆林港而潜移东京。广东西江肇庆七星岩、德庆悦城龙母庙等风景胜地，被盗走一批文物。广东名砚也损失不少。
1944年洛阳沦陷后，日本人盗走了龙门宾阳洞的四个菩萨头及宾阳南洞的二力士像。
1942年8月至1945年6月，日军在华北屡次向各机关及商民征集铜铁料，仅在北平故宫博物院和历史博物馆内搜刮金缸金屑和铜铁器等就劫得二百二十余吨。1945年12月7日，故宫博物院院长马衡报告，“案查本院被征用之铜品2095市斤外，计铜缸66口，铜炮一尊，铜灯亭91件，此外，尚有历史博物馆铜炮3尊，本院之铜缸及历史博物馆之铜炮系由北支派遣军甲第1400部队河野中佐于三十三年六月十九日运协和医院，该部队过磅后，运赴东车站，闻系装车运往朝鲜。本院之铜炮和铜灯亭由伪市政府工务局专员齐昌复、职员张伯齐偕同昭和通商株式会社（在本朝阳满内北小街）日人佐仓于三十四年六月二十二日来院启运。据闻系运往北新桥北支工厂”。《为函达本院被敌军征取铜品之经过情形请转行第十一战区长官司令部设法追究由》，中国第二历史档案馆档案：全5，卷1632。
历次被敌军征用铁、铜品清单
铜品品名起运年月日件数原存放地重量（市斤）搬运部队运往地点废铜1933年1月6日故宫博物院2095甲第1854部队朝鲜铜缸33年6月19日66故宫博物院83677强第1400部队朝鲜残破铜灯亭1934年6月22日91故宫博物院10862强金品献纳委员会北平北支工厂铜炮1933年6月19日3历史博物馆5514第1400部队朝鲜铜炮1934年6月22日1故宫博物院金品献纳委员会北平北支工厂
以上铜品共计重量102148市斤又9两合5107吨强。
铁品铁炮1934年4月15日1369历史博物馆443160强甲第1800部队北平北支工厂
以上铁品计重量合22158吨强。《国立北平故宫博物院为函送本院历次被敌军征去铜铁品清单及历次被宪兵搬走撕毁书籍杂志清单目录》，中国第二历史档案馆档案，全5，卷1632。
日军搜刮军用物资，对公园也不放过。1924年，冯玉祥在北京中山公园石牌坊（今“保卫和平”石坊）北边，为辛亥革命滦州起义烈士王金铭、施从云树立铜像2具。1941年，日军强迫献铜，即将2座铜像抢走。
抗战初期，中国考古机构的文物多数西迁，留在原地的部分，很难得以保全。如北平研究院发掘陕西宝鸡斗鸡台所获文物分存北平、陕西两处，北平部分被日伪移到午门历史博物馆，结果被盗走三百多件，而藏陕西的文物因陕西考古会房屋被日本飞机轰炸，损失不少。
卢沟桥事变发生后，不久北京大学文学院为日军所驻，1937年10月，该院隔壁之国学研究所遭袭。战后，北京大学校产保管委员会致函教育部平津区特派员办公处：“北京大学研究所前被敌人占用。敌人桥川时雄及栗田等侵越监管。胜利后本会派员点查损失文物极多。”并附《北京大学文科研究所为日人占据期间遗失物品要目》，清单如下：
金石古物类古钱206件铜矛2件古铜镜14件天马葡萄镜，位至三公镜，李儒起造方镜，夏津县官造镜上方镜，三羊镜，见日之光镜，白虎在右镜，家堂富贵镜，及其他汉宋镜古铜印7件张未央印，封丘县印，骑部曲将印，西夏文印2件，金正大印，交汀县僧会司印金类车饰6匣孟津出土之车器400余件封泥48件甲骨20余片金石拓片类风堂拓片千余件内有龙门石刻造像全部拓片
北平碑志百余件
文献类
明永乐大学士湖广总督进祠臣献颂1件
明兵部提行稿三百余件
清多尔衮命多铎取南京满文诏书1件
顺治五年十一月初八冬至祀天恩诏1件
又十八年七月十三日擒斩郑成功悬赏诏1件
又敕谕6件顺治二年七月九年四月八日十四年二月
十八年二月三日
康熙廿八年十一月廿五日移住乾清宫诏1件
康熙间敕谕4件元年四年三月八月廿年六月
贡表12件内有暹罗国王郑明表
贺表12件李鸿章左宗棠表
谢表5件平西王奏表1件
太平天国收据1件拳匪降坛1件
大明通行宝钞6件兵部诏款1件
顺治题本1件
新疆地图1幅
其他地图10余幅《北京大学文科研究所为日人占据期间遗失物品要目》，中国第二历史档案馆档案，全5，卷1632。
国立北平研究院损失。该院原址有4处：中南海怀仁堂，东四条，西四所；东皇城根42号；三贝子花园陆谟克堂；沧子河观象台。七七事变后分别为敌军及伪机关占用。图书仪器除大部于七七事变前及已运至上海昆明外，其不及运出之图书仪器古物家具等为15个伪机关所瓜分。图书一万余册，也被伪机关所瓜分。
中央博物院筹备处存于北平并由王振铎保管文物，计书籍拓本字画类、器物类共88件，书籍多乾隆刊本，器具多绣花屏风，宋、清瓷器及洪宪茶盖碗，原由北平中南海怀仁堂北平研究院代管，北平沦陷后被劫。
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