在靖难之变中，方孝孺与朱棣是势不两立的。建文帝讨伐燕王的诏檄大多出自方孝孺之手。朱棣曾经两次试图以罢兵作为缓兵之计，都被方孝孺识破，并力劝建文帝不要被他迷惑，使得朱棣屡屡未能得逞。方孝孺还多次为建文帝出谋划策，甚至使用反间计来离间朱棣父子。朱棣夺取帝位后，方孝孺不肯起草登基诏，受新仇旧恨夹击的朱棣终于没能压住怒火，方孝孺遂惨遭灭“十族”。朱棣如此残酷的报复，也说明两人积怨之深。 　　况且方孝孺所代表的决非他一个人的志向，他代表的是大多数江南士人的理想。在江南士人眼里，“削藩”与“靖难”之争，决不仅仅是朱姓内部的皇位之争，而是仁政与暴政之争。“仁政”理想是一种极为普遍的群体意识，江南又是当时最大的文人渊薮，名儒辈出。在洪武政治下，他们所遭受的打击，比之其他地区的士人更为酷烈。当时的著名诗人高启、张羽、杨基诸人均被迫害致死，甚至连开国功臣刘基也最终郁郁而死，正如解缙在为太祖所上封事中所说：“国初至今，将二十载，无几时不变之法，无一日无过之人。”这是一个政治稳定的时代，同时也是一个令人窒息的时代，政治气氛异常凝重，文武大臣人人自危。生活在此一时代的士人，他们所拥有的只能是惴惴不安的畏祸避害心理，而不可能有扭转乾坤的守道抗势壮志。 　　只有当洪武时代结束而朱允炆登基后，士人们似乎才迎来了转机。从改元“建文”的新年号里，他们不难发现这位建文皇帝想要改变洪武时的恐怖主义政治的决心。这种情况下，文人获得了比以前更高的政治地位，再也不用担心像洪武朝那样动辄以一言获罪，因此他们胆量也大了，对朝政敢于表达自己的意见，对建文帝忠心耿耿。这是江南地区士人支持建文的一个重要原因。自幼饱受儒学熏陶的年轻皇帝所追求的政治理想，似乎意味着一个仁治时代的到来。 　　然而，朱棣的起兵并取得最后胜利，无情地粉碎了这种理想，方孝孺不顾“灭十族”的惨况，毅然选择赴难，他的殉难，是对建文帝“知遇之恩”的报答，体现着“士为知己者死”的高尚气节，更是对破灭的理想的殉节。建文“秀才朝廷”中的其他士人，如齐泰、黄观、陈迪等，也与方孝孺一同赴难，誓死不屈，这样的例子不胜枚举。可见，方氏与一时死难之江南士大夫，都并非“慷慨于一时”，他们在更大程度上是为了自己的仁政理想，而前赴后继的。 　　方孝孺在南京政权的影响极大，代表了当时江南民气，如果方孝孺肯归顺朱棣，那么其他官员自然也就会臣服。然而方孝孺始终忠于前帝，那么他的门生派系也就不可信任。朱棣灭方孝孺“十族”，把方孝孺的学生都牵连进来，实际上是要彻底清除那些深受方孝孺思想影响的人。恰如学者方东岭指出，方孝孺之死的意义已经远远超出了事件本身。方孝孺为江南地区士大夫的一个典型。方孝孺的死不能被视为一种个人行为，它是明前期士人儒家政治理想昙花一现后破灭的标志。 　　与此同时，其他的建文馀党也遭到了血腥镇压。事实上，朱棣入南京后立即揭榜（悬赏捉拿）黄子澄、齐泰、方孝孺、铁铉等建文帝臣子数十人。出逃在外的齐泰、黄子澄均被捕获，全家被诛。齐泰本已脱险，他因担心引人注目，将所骑的白马染成黑马，马奔跑出汗，黑墨渐渐脱去，反倒被人起疑拿住。 　　兵部尚书铁铉，死守济南被俘。他曾经在济南城下用诈降之计，差点杀死朱棣。朱棣亲自审问，铁铉宁死不肯面对朱棣，背向而坐。朱棣让他回头看一眼，终不可得。朱棣盛怒下命人割去铁铉的耳朵、鼻子，铁铉仍然谩骂不止。朱棣命人将他凌迟碎剐，将其尸投入油锅，炸成焦炭。 　　御史大夫景清谋刺朱棣未遂，被剥皮填草，挂在城门示众。有一天晚上，朱棣梦见景清披头散发，拿着剑追杀他。第二天，朱棣又让人用铁刷子将景清尸身上的肉一块块刷掉，肉刷光后，还将骨头打碎。朱棣犹不解恨，将景清灭族籍乡，就连景清的街坊邻居都受到株连，这种打击面比“杀十族”还要宽，只要跟景清有这样那样的关系，都可能被株连。例如，青州教谕刘固曾因母亲年迈提出辞职，景清写信给刘固，让他到京城来任职。就因为这样简单的引荐关系，刘固全家被杀，连他的老母都没有放过。 　　御史高翔在朱棣即位后穿着丧服入见，朱棣大怒，除了诛其族外，还将高翔祖先的坟墓挖开，掺杂上一些牛马的骨头，一起焚成灰扬掉。又将高翔的田产分给附近的百姓，征收特别重的税，目的是为了让乡亲世世代代骂高御史。这种连种高翔田地的普通百姓都受到株连的做法，简直是闻所未闻，几近变态。 　　这些忠于建文帝的人，其妻女都被发往教坊司，充为官妓。方孝孺女儿流发教坊。铁铉妻杨氏被送往教坊司，随后即亡故了，后教坊司按圣旨吩咐，将其尸体抬出门喂狗。铁铉的两个女儿被发往教坊司为娼妓，数日不受辱，铁铉的学生高贤宁与朱棣的亲信锦衣卫纪纲有交情，托他说情。朱棣总算动了恻隐之心，放过了铁铉的两个女儿，两女后来都嫁给高贤宁为妻。 　　朱棣对建文帝的亲信大臣如齐泰、黄子澄、方孝孺等，展开的一场又一场大屠杀，被人称为“”。其残酷的程度不下于乃父朱元璋惩处胡惟庸、蓝玉党案。 　　成祖朱棣对建文旧臣的杀戮前后长达十馀年，在晚年时法禁犹严，直到仁宗朱高炽即位后这种情况才得以改变。成祖实行这种近于疯狂的严法酷刑，一方面与其个性有关，但更为本质的原因则是内心的虚弱。他发动靖难之役，说到底是夺了侄子建文帝的皇位，在皇位继承的合法性上是要大打折扣的，这一点他自然心知肚明。因此，他希望能够用屠刀堵住人们的非议之口，并想尽办法证明自己是皇位的合法继承人。 　　方孝孺的死无疑是轰轰烈烈的，《明史》称其“忠愤激发，视刀锯鼎镬甘之若饴，百世而下，凛凛犹有生气”。然而遗憾的是，他面对的并不是一个改朝换代的历史时期，而是皇室内部的自相残杀，这使得他以身殉道的壮举减少了许多悲壮的色彩，因而被人称为过于“迂直”。明代人王廷相就认为他的死不能与文天祥相提并论，认为他实为“忠之过者”，因“自激之甚”而卒招杀身之祸，这种“轻重失宜”的举措，“圣人岂为之”!至清人吴敬梓作《儒林外史》时，还说方孝孺“迂而无当”。方孝孺虽大义凛然，但又显得过于“迂直”，从而带有某种历史的尴尬。