黄河中下游，地势平坦，河道开阔，水流缓慢，因泥沙沉积使河床高于地面，形成“地上河”，每遇雨季，往往泛滥成灾。尤其在黄河、淮河、运河交汇之处，灾情最为严重。因为黄强淮弱，黄水灌入淮水，再涌入运河，至使漕运受阻，影响北京的粮食供应。每年，朝廷都须由江南调运四百万担的粮食进京，以供八旗军消费。康熙帝亲政之后，便把平定三藩、治理黄河和疏通漕运这三件大事，写在宫中的柱子上，天天提醒自己，这是国事的当务之急，必须尽快解决。
治理黄河，历朝历代都是难题，问题的关键在于没得力的治河大臣。正如张伯行所说，治河无功，往往坏于不学无术之人，妄行己私，变乱成规。因为面对自然现象，不像面对百姓那样，可以滥用高压手段去“治理”，河水滚滚东流，它可不怕杀头，故此一般头脑简单的治河官僚，面对河患都是束手无策，不过是借机会发发国难财而已。
中国历史上，治河最见成效的时期，要数清朝初年，而康熙朝所以治河大有成绩，在于康熙帝十分敬重清官。最能体现清官聪明才智的事业，乃是“天人合一”治河的事业。清官所要做的只是顺应自然而已，既不必好大喜功，也不可化公为私。历任河道总督，做事极不认真，却要谎报功绩，贪污治河经费。河臣乃是肥缺，在没有自下而上的监督机制的时候，选任清官是惟一可行的方法。康熙帝经过慎重考察，决定起用安徽巡抚靳辅为河道总督。
靳辅（1633~1692），字紫垣，辽阳（今辽宁）人，汉军镶黄旗。康熙初年任内阁学士，十年(1671年)任安徽巡抚，政绩卓著，加兵部尚书衔，升河道总督。靳辅上任之后，立即开始考察，为期两个多月，走遍黄、淮、运河干道，然后总结经验写成《河道败坏已极疏》、《经理河工八疏》，进呈康熙帝，提出五项工程，得到康熙帝的同意。
从康熙十七年(1678年)开始，各工程陆续开工。靳辅亲自率领治河官员六十多人，食宿在黄、淮河边，栉风沐雨，不辞辛苦。他很善于学习，无论是幕僚还是缙绅兵民以及工匠杂役，只要有一言可取之处，莫不虚心采纳。他还仔细研究了历代治河经验，认为明朝潘季驯的“筑堤束水刷沙法”，很是可取，便实施采用。本来，沿河百姓就有集资集力共同治河的传统，可是各处都是仅治家乡这一段，有些地方无人治理。又或者由于财力有限，治理效果不佳。然而，一旦由国家治理，地方百姓就依赖国家，不再主动参加。所以治河官吏就强征民伕，弄得河工弊端百出。其实花钱雇工就是了，但官吏们认为征调民伕可以为国家省钱。
靳辅的幕客陈潢是他治河的主要助手。陈潢（1637~1688），字天一，浙江钱塘人。有奇才，无奈时运不济，困于科场，很不得志。流落在邯郸，游览古迹，题壁赋诗，抒发郁闷。有一次，靳辅因公事路过邯郸，见到陈潢的题壁诗，大为叹异，寻访得之，二人结下深厚友谊。靳辅敬佩他的才学，将他聘为幕客。从此，陈潢为靳辅出谋划策，办了不少大事。此番治水，靳辅见河道败坏不堪，曾有疑虑。陈潢却认为这正可以有所作为，他鼓励靳辅说，非盘根错节不足以试利器。他的一番话大大增强了靳辅的信心。 陈潢日夜奔走在黄、淮、运工地上，心力交瘁，治河官员深为感动，对他尊敬有加，将其视为师长。
靳辅将黄河下游河道疏浚三百里，以所挖泥土加固堤坝，在临水面修坦坡，以减消水流冲击；并根据大臣冀如锡、伊桑阿的提议，在两岸广植柳树，疏浚湖泊；并设闸渠与河相通，以便于蓄洪；又把淮河、运河疏通改造，同时高筑分水岭，以利于分洪；修建水坝以备洪期泄流，等等。
经过三年的努力，黄、淮、运河的治理工程取得了显著的成绩。康熙十九年、二十年，黄河上游暴雨成灾，两次洪水又将河道冲坏多处，靳辅一面组织人力堵塞，一面上书自责，请求处分。
康熙帝派大臣伊桑阿、崔维雅等人前往黄河两岸验看堤工。他们对靳辅的治河功绩视而不见，多方挑剔。崔维雅上书将靳辅治河功绩全部否定，还向皇上建议撤换靳辅。工部尚书萨穆哈又提出让靳辅“赔修”。康熙帝不同意，靳辅是清官，哪里有钱赔修？相互拆台，挖墙脚，是封建社会官场中最常见的现象，防不胜防，如果皇帝又从中推波助澜，清官办事就更难了。所以孔子强调要“亲君子，远小人”。康熙帝算是一个明君，对小人君子的认识基本上是清楚的。但是，君主对臣工们永远有着一种天然的不信任感，这就造成了一种小人亲、君子远的官场环境。多亏康熙帝对靳辅仍比较信任，他认为，若另用一人，则旧官离任，新官推诿，必致坏事。他虽将靳辅革职，但仍予以留用，只是“戴罪督修”限期完工。由此看来，历代河臣大多治河无功，主观原因是官场环境使然。坏也惩罚，好也惩罚，总是受到干扰，干脆就玩忽职守了，这一点，再看靳辅往后的遭遇就清楚了。
靳辅指挥民工，塞决口，筑堤坝，又经过一年苦干，除了海口工程尚未完成外，各项工程多已完工，黄河归于故道。靳辅又在宿迁清河挖一运河，以保漕运畅通。康熙二十二年(1683年)十二月，康熙帝恢复靳辅河道总督职。次年，内阁学士席柱从广东回京，路过黄河，顺便拜访靳辅，视察河工。回京复命时，康熙帝问他河道情况，席柱说： “曾见靳辅容颜憔悴，河道颇好，漕运无阻。”康熙帝自慰当初没有换掉靳辅，使其能够继续完成河工，不由感慨系之。治国、治水恰如治病，良医治病，治其根本，其效平缓；庸医治病，因病治病，务求速效，饮鸩止渴，在所不惜。治国与治水，只宜求稳步发展，慢慢地收良性循环之功，不必贪短期效益之利。好大喜功，必致偾事，古今一理。
康熙二十三年(1684年)，吴三桂之乱已经平定，台湾也已收复，靳辅治河已经七年，效果如何，康熙帝要亲眼一见。十月，开始第一次南巡（后来又有五次）。康熙帝至江苏宿迁、桃源县等地视察治河工程，慰问治河臣民，康熙帝告诫官员们不要侵夺工程费用（这几乎已成惯例，所以特别提醒），又视察了天妃闸工程，与靳辅讨论了治河方略。康熙帝对他的水利知识大为赞赏，问： “治河方略都是你一人谋画，或是另有博古通今之人？”
靳辅答： “臣的幕友陈潢先生是位奇才，臣治河措施，皆陈潢所赞画。”
康熙帝立即将陈潢召来一见，对他印象颇佳，破例赐坐。不久就授他参赞河务按察司佥事道官衔。康熙帝返京之前，又召靳辅入帐，褒扬了他的治河功绩，并赐以亲笔所书《阅河堤诗》。
靳辅又进京奏报须及时抢修的一批工程，请皇上转户部审批。康熙帝下谕： “河工紧要，须及时速修方有裨益，若此等事必待题明议复以后，始行修治，就要贻误工程，以后岁修、急修，河工钱粮即行支取，手续年终再行奏销，始于河工无误。”靳辅凡事先请示后行动，也是迫不得已。因为他无论如何勤勉廉洁，也会有人说三道四。皇帝又喜欢怀疑能臣自专，这就为靳辅治河造成了种种障碍。
崔维雅显然就是张伯行所说的那种妄行己私、变乱成规的不学无术之人。他视察河工之后，写出了《河防刍议》、《两河治略》二书，进呈康熙帝。崔维雅全盘否定了靳辅的治河功绩，他建议拆毁全部治河工程，重新再修。康熙帝也提出了挑浚黄河入海口的方案。靳辅据理力争，带动明珠等重臣也反对挑浚河口，康熙帝见自己的建议受阻，很不高兴。
于是，康熙帝将治口工程交给安徽按察使于成龙(习惯称“小于成龙”，不是“天下第一廉吏”于成龙)去办。于成龙赞成挑浚海口，导黄入海。靳辅坚决反对，理由是河口低于海平面数尺，一旦挖开海口，海水势必倒灌，惟一可行的办法就是高筑河堤，束水注海。
在朝堂之上，二人各执己见，争得面红耳赤。于成龙力主开浚海口故道。靳辅认为下河低于海潮五尺，疏海口则会引潮水内侵，故请于高邮、宝应诸州县下河外筑长堤，束水注海，则下河不浚自治。由于两议相持不下，诏命下廷臣会议。在廷议中，支持靳辅者为多，大学士九卿俱从之，惟有通政使参议成其范、给事中王又旦、御史钱珏等少数人赞成于成龙之议，许多大臣都赞成靳辅的方案。满大学士明珠说： “前靳辅、于成龙两人互相执论，以下河不修，则高家堰一工亦可停止，此不过一时争胜，故发此论。究竟高家堰所关非小，虽不大兴工役，亦当稍加帮修。”汉大学士王熙说： “高家堰关系南河一带及淮扬等处，此工诚不可停。”连康熙本人也认为： “高家堰所关紧要，向立此堰以为堤防，设意甚善。朕意以为此工似不可停。”（《康熙起居注》康熙二十五年二月甲午）对于下河的治理，康熙帝并没有成熟的想法。大学士们多支持靳辅的筑堤束水之议，暂时无法否定靳辅之策，然而康熙帝是倾向于成龙方案的。靳辅又提出了下河屯田提案，建议将治河得到土地招民垦殖，此事最终使靳辅丢官落职。
这本来只是技术问题，却不可避免地转变为皇权与相权的斗争。从更高的角度看问题，人类一切斗争归根结底都是人我之争。自以为是、死不认错的态度是人性之痼疾，任何意见分歧与斗争说到底就是要证明，是我对而你不对，权力越大就越占优势，权力之争就成为势所必然。官场中的斗争所谓复杂激烈，归根到底，也无非是“我对，你不对”这点儿事。人类的一切意见分歧都有可能导致你死我活的斗争，所以古人要强调“自省”的功夫。这样有两个好处，一是可以敢于认错而少犯错误，二是受到委屈冤枉时也能心平气和。要避免矛盾激化，只有修身养性一途，制度问题无论如何重要都不对治人性的痼疾。
治河方略的君臣斗争一开始只是隐形的。康熙帝毕竟是有修身功夫的皇帝，愿意多方听取意见，只是潜意识中还是愿意听到与自己观点相同的意见。在经筵讲官进讲时，康熙帝向江南籍日讲官征询意见，侍讲乔莱力请用于成龙之策。康熙帝说： “乡官议如此，不知民意如何？”康熙帝能如此注重民意，实在难得。他又命工部尚书萨穆哈与学士穆称额赴江南会同漕运总督徐旭龄、巡抚汤斌考察民意。但萨穆哈调查的结果却是诸州县民意见参差不一，再令每州县派出十位通晓事体之人集于淮安询问，他们都说不便挑浚海口。于是，萨穆哈在康熙二十五年（1686年）二月回奏时疏请两议并罢： “详问居民，他们说，从于成龙之议，则积水难施工力，从靳辅之议，则水中也难于取土，请一并暂停。”（《清史列传》，卷一○，《萨穆哈传》）萨穆哈、穆称额去淮扬征询疏浚海口意见时，淮扬道高成美陪同，康熙帝便怀疑高成美反对挑浚海口，从中作梗。康熙帝以“高成美居官未有善绩”、保举人吏部侍郎胡简敬是“本地乡绅”两条理由，命将高、胡二人“严加议处”，并斥责九卿推举高成美为广西按察使“殊为疏忽”。这显然是因迁怒而制造的冤案。
礼部尚书、掌管詹事府事汤斌由江苏巡抚升任至京，于乾清门陛见。汤斌说，萨穆哈、穆称额前去调查时，自己同意下河开海口暂停，但见康熙帝赞成开海口，就附和上意说： “上流之水滔滔而来，下流无一去路，不但民间田地永无涸期，且恐城郭人民将有不测之患。”并说自己曾私下与萨穆哈和穆称额谈过，由于萨穆哈与穆称额没有把汤斌的非正式意见向皇帝反映，康熙帝认为他们有暗中偏袒靳辅之嫌，以回奏不实罪，将他们革职。工部有人乘机疏参靳辅： “修理河工已经九年，并无成功，虚糜钱粮”，应“严加议处”。
康熙帝命大学士再度传问九卿的意见，由于皇帝的态度已明，许多人便转而支持于成龙。九卿都说： “汤斌前任江宁巡抚，所见必确，今称开海口有益，故复议应开。”（《清圣祖实录》卷一二六，康熙二十五年六月戊午）康熙二十五年（1686年）六月，康熙帝命工部右侍郎孙在丰主持下河挑浚工程的实施，靳辅随其督修。在闭塞滚水坝问题上，孙在丰与靳辅又发生了争执。康熙帝认为靳辅是在有意阻挠河工，下命“下河决宜开浚，断不可止”。因河员多为靳辅旧人，不听孙在丰调度，孙在丰事事被掣肘。二十六年(1687年)三月，康熙帝令大学士、九卿就此事会议，说： “孙在丰是汉人，不能约束满人。”原任淮扬道高成美乃“罢职之人，今犹不赴京，必与往修河工诸员串通妄为”（《康熙起居注》第二册，康熙二十六年三月辛丑、癸卯）。显然，治河的技术问题转而变成了朋党之争。
俗话说，物以类聚，人以群分。在官场中，不可避免地会形成“党不成，则计不得行”的情况。人们必须相互攀缘交结，走门路，讲交情，请客送礼，才能办差，并且官运亨通。古之朋党，略相当于今之所谓“集团”。君主最怕大臣结党，明君考察官吏，往往把不“交游”，不走动权门作为一条准则。古语云： “君子不党。”为什么？因为“结党”无不“营私”，若不“营私”，何必“结党”？故“君子不党”。在污浊的官场之中，谁要保持清白，谁就会受到别人的打击排挤，同流合污才可以保全禄位。私欲严重的人自然要相互勾结，左右逢源，扶摇直上。所以精明的皇帝无不提防着大臣们交游和结党，喜欢结党的贪官污吏靠这些方法成势，但有时也因此而吃大亏。
此时，（小）于成龙已从安徽按察使升任直隶巡抚。于成龙主要依靠自己的才德和皇上的明鉴，逐步升迁。这在盛世或中兴时代是比较典型的，康熙帝特别予以表扬，说： “设官分职，原以为民。地方得一良吏，则民遂其生。今观各官，虽有品行清洁者，但畏国法而然，如直隶巡抚于成龙之真实清廉者甚少，观其为人，天性忠直，并无交游，惟知爱民，即其本旗王门上亦不行走。今人不往来于大臣之家，则恐其意有不悦。如于成龙介然自守，无所交游，为大臣者其奈于成龙何！直隶地方百姓旗人无不感戴称颂。如此好官，若不从优褒奖，何以劝众？着加太子少保衔，以为廉能称职者劝。”要使大臣做到“以道事君”有两方面的条件： 首先是自觉地修身，做到“品行清洁”；其次是“畏国法而然”。在康熙帝看来，于成龙属于前者，所以格外器重他。但是，儒家又有“以道抗权”的思想，这显然不是皇帝所喜欢的。在康熙帝的潜意识中，于成龙是自己的忠实工具，比靳辅听话。在治河问题上，朋党之争日益明朗化，而小于成龙其实也不是超然不党的。康熙帝在利用于成龙打压靳辅的同时，也就亲手制造了党争。这大概是康熙帝所不愿意承认的。
康熙帝不愿意给人留下以势压人的印象，特命户部尚书佛伦、侍郎熊一潇、给事中达奇纳、赵吉士，与总督董讷、总漕慕天颜再次会勘河道。佛伦支持靳辅的意见，回奏称： “臣等阅视高家堰地势，应如靳辅原议。”（《清圣祖实录》卷一三二，康熙二十六年十二月乙丑）而总漕慕天颜、侍郎孙在丰则与佛伦意见相左。慕天颜说： 尚书佛伦等人“皆从靳辅臆说，臣不敢附会。且靳辅倡举屯田一事，屯官丈占民田，百姓苦累”（蒋良骥《东华录》卷一四，康熙二十七年二月）。两种意见相持不下。大学士明珠支持靳辅，九卿诸臣也是赞成靳辅者居多。
御史郭琇上《特参河臣疏》，率先参劾靳辅： “靳辅治河多年，迄无成效。皇上爱民，开浚河口，靳辅专信幕客陈潢之言，百计阻挠，宜加惩处。”（《康熙起居注》第三册，康熙二十七年正月丁酉）小于成龙又向皇帝揭发了明珠揽权纳贿的问题。郭琇再参劾明珠。明珠随即失势，靳辅自然也就跟着倒霉。这是靳辅的反对者的战术。郭琇参劾大学士明珠、余国柱等人树党营私，称他们是靳辅的后台，几人互相勾结，侵吞了大部分治河经费。对于贪污这一指控，靳辅似乎早有预防，他把治河账款交由陈潢亲自管理，无论大小开支，一笔一笔，陈潢都记得明明白白，没有丝毫遗漏。贪污指控，拿不出证据，只好不论。
郭琇疏劾靳辅，确实无道理，但是对权臣明珠的弹劾却大快人心。那日，正值明珠寿诞，大宴百官，郭琇忽然从袖里掏出弹章，当众宣读，然后饮大杯酒自罚，说： “郭琇无理。”随即昂然而出。郭琇力挫明珠势焰，也是间接受皇帝指使。康熙帝早就痛恨明珠把持朝政，排斥异己，这次他借题发挥，声东击西，免了明珠等人的职，赢得了道义人心，然而，却也输了道义人心。这真可谓是一阴一阳。明珠是贪官，治河观念却是对的，靳辅是清官，治河观念也是对的。他们的观念一致，就被一锅烩、一锅端了。官场无是非，清官也心寒。做皇帝的最怕大臣结党，因此鼓励大臣们互相攻讦拆台，自己则利用矛盾，各个击破，今日拉甲方打乙方，明日拉乙方斗甲方，永远没有完结，可谓乐此不疲。于成龙是著名清官，深得康熙帝信任，康熙帝利用他来反对靳辅，是颇费苦心的，因为靳辅也是著名清官。
康熙帝赞同于成龙的方案，其实也就是皇上自己的方案。一些善于逢君之恶者，都拼命诋毁靳辅的治河功绩。给事中刘楷疏劾靳辅题补河员之权过重，他说： “河道官员题补之权总归河臣，若是虚己求才，果能奏安澜之效，也不可久擅用人大权。何况靳辅任事以来漫无寸功，只见每年上报河道冲决而已。以后大小河官，应仍由吏部选补。”这是非常厉害的一击。君主对于权力一向十分敏感，视臣工任用私人为擅权结党。后来于成龙任河道总督时也是如此，并说“宁杀于成龙，至于属下效力人等不可不用”，康熙帝当面予以斥责。
山东道御史陆祖修疏劾靳辅结交朝臣，说： “靳辅身虽外任，与九卿呼吸甚灵，会议定时，吏部尚书科尔坤、户部尚书佛伦、工部侍郎傅拉塔、左都御史葛思泰等不顾公议，左袒河臣（靳辅）。九卿中赞决异同者不过三四人，余者都依户部尚书佛伦等所奏具稿，箝众人之口。河臣积恶已盈，中外人心总望睿断罢斥。”（《清圣祖实录》卷一三三，康熙二十七年二月癸丑）靳辅做了那么多的好事，竟然都成了罪证，就因为他与明珠等人是“一党”。
康熙帝召见靳辅询问，靳辅反唇相讥说： “于成龙久与结拜弟兄慕天颜频繁宴好，孙在丰亦与亲密异常者也。”又说： “郭琇与孙在丰为庚戌科同年，陆祖修为诸生时，拜慕天颜为师，又系孙在丰教习门生，刘楷、陆祖修己未科同年，并为江南人，与隐占田亩者，无非桑梓亲戚年谊之契，故彼呼此应。”“慕天颜与孙在丰结姻亲，因于成龙倡开海口之议，故必欲附和于成龙以攻臣而助孙在丰。”（《清史列传》卷八，《靳辅传》）。看来，治河之争，完全变成了朋党之争。这可不是皇帝所希望的。康熙帝只想证明自己正确，大臣却互相倾轧。既然是斗争，就不能处在孤立无援的地位，结党（“彼呼此应”）与党争（“党同伐异”）就不可避免。
孙在丰又上疏弹劾靳辅，说： “臣与佛伦等会勘河工时，原议海口应行挑浚，拟有疏稿后不以上闻。虽系佛伦主稿，实靳辅阴谋也。其幕客陈潢黩货无藉，法所不宥。”（《清圣祖实录》卷一三四，康熙二十七年三月甲戌）。两江总督董讷上奏说： “总河靳辅复欲筑重堤一道，臣等公议以为重堤可不必筑。其时佛伦亦从臣说，云依臣议。后来赵吉士忽而不从，云必须总河（靳辅）承担。遂面问靳辅，靳辅断不担承，因而众论游移。佛伦遂议筑重堤一道，想是若辈故作止局……佛伦又不容人说话，臣不得已而从之。”（《康熙起居注》第三册，康熙二十七年三月甲戌）
康熙帝召见群臣再议河工之事。在廷议时，诸人互相诋诟，有失大臣体面。慕天颜、董讷说佛伦将看视河工后的公同奏稿私行易改。佛伦说： “董讷、慕天颜伙同党谋，将臣暗行巧陷。”于成龙指责靳辅于下河开浚，“百计阻挠，将海口已开工程不令成功，皆系妒嫉私心”。靳辅说： “慕天颜、孙在丰朋谋排挤，此二人原系亲家。”“于成龙与臣幕客陈潢结为兄弟，私通书札，岂正人所为？”“于成龙前在泰州妄自尊大，讹传他升兵部侍郎，信以为真。后知不确，疑为臣所阻抑……泰州士民曾有： ‘兵部侍郎冒不得，八人轿坐不得，司道官管不得’之歌。因羞成怒，恨臣刺骨。”于成龙又说： “靳辅事事贪黩，专任陈潢，横行无忌。拜陈潢为父，馈送华美楼房，三千银两，诸如此类，罪不胜诛。”“今数年以来，河道尽为靳辅所坏。”（《康熙起居注》第三册，康熙二十七年三月辛巳）
康熙帝希望群臣对此事能有所评议，然而“九卿各怀私意，畏惧汉军这斯，所以不肯定议”，“诸臣皆畏靳辅、于成龙，无一人与之辨难者”（《康熙起居注》第三册，康熙二十七年三月辛巳；康熙二十七年五月壬申）。于成龙挑浚海口的意见显然是幼稚的，偏偏皇帝也是如此。康熙帝就靳辅与于成龙之间的河工之争再次做出了明确的裁决。他说： “屯田害民，靳辅纵有百口亦不能辩，开海口乃必然应行之事。”“海水倒灌，无有是理。”（《清圣祖实录》卷一三四，康熙二十七年三月辛巳）在黄河出海口附近必然会形成一大片积水的湿地，以今人的眼光来看，这是应该保护的。当初康熙帝没有这方面的知识，以为只有干地才是好的。此事，康熙帝显然缺乏“天人合一”的思想，而太突出了“人定胜天”的思想。他出于爱民的热情，急于疏浚海口，将一切违背自己意志的意见都视为是对自己权威的挑战。一旦把个人的私意掺入其中，技术问题也就成了政治问题。
明珠已被革官，虽然罪名是卖官受贿，其实，在治河问题上与皇帝意见不一才是主要原因。群臣更怕被皇帝视为结党，“今若有人顺靳辅而言，又恐议为靳辅之党，谁复敢言”。（《康熙起居注》第三册，康熙二十七年三月丁酉）康熙的态度一明确，廷议中再也无人为靳辅申言。随后，三月二十四日，九卿等奉旨议复河工一案的应革人员，康熙帝诏命将靳辅革职，幕宾陈潢革去佥事道衔。慕天颜、熊一潇、赵吉士也分别以居官不善、庸劣、行止不端被革职。佛伦、孙在丰、董讷以及达奇纳分别降级留任，对两方人员作出处置。显然，康熙帝表面上是各打五十大板，但实际上，以于成龙为核心的汉军旗人朋党明显占了上风。尤其是将陈潢与靳辅同时削职，显然是康熙帝人为制造了朋党冤案。陈潢遭逮捕押解北京，未及下狱，即忧愤而死。康熙帝迁怒于陈潢，犹当初迁怒于高成美，大臣没有结党，皇帝也要制造朋党之狱。
一些人为了自保官位，见风使舵，连日间交章弹劾靳辅。连康熙帝也觉得太过分了，自己还特别褒奖过靳辅的治绩，如果靳辅全错了，自己岂不也错了吗？ 现在他要反过来整肃于成龙的支持者了。康熙帝说： “近因靳辅被参，议论其过者甚多”，“众皆随声附和”。（《清圣祖实录》卷一三三，康熙二十七年二月庚午）有些于成龙的支持者，以前却是靳辅的支持者，如两江总督董讷就是这样，有他亲自起草的奏章为证，但他却说是别人篡改了自己的原稿。佛伦拿出原稿呈交康熙帝，当场揭穿了他。河道总督慕天颜还故意制造假象，蒙蔽皇上，他下令漕船退回，又奏报运河不能通行，漕粮无法运京。督理河口疏浚工程的工部侍郎孙在丰，经过实地考察，也认为靳辅的方法合理并予以支持，可后来他主持河工时又反对靳辅的方案，康熙帝将他们一一革职或降级。康熙帝及时将彻底否定靳辅之风刹住了。
接替孙在丰督理下河工程的是凯音布，姓西林觉罗氏，满洲正白旗人，自笔帖式累迁至左副都御史、户部侍郎。他为人正直，办事也精干。甫到任所，便发现靳辅所开之中河，水足流畅，商贾舟楫往来不绝，颇有些欣欣向荣的气象，事实与于成龙所说不符。他据实上奏。康熙帝很生气，下谕旨批评于成龙说： “前于成龙奏云，靳辅开中河无所裨益，甚为累民，河道已为靳辅大坏矣。今凯音布等往勘中河，奏云，河内商贾船行不绝，若塞支河之口，则骆马湖之水汇流中河，水势既大，漕艘可通。今数年以来，河道未曾冲决，漕艘亦未至有误。若谓靳辅治河全无裨益，微独靳辅不服，朕亦不惬于心矣。于成龙在直隶爱民缉盗，居官颇优，但怀挟私仇，阻挠河务，殊为不合。”接着又斥责其他攻击靳辅的人说： “今九卿已将靳辅议罪，皆言其治河无益。若王新命闻之，亦顺从于成龙之说，以靳辅所治不善，大坏河道，将原修之处尽行更改，是伊等各怀私忿，遂致贻误河工。”又因凯音布奏折中提到原漕运总督慕天颜曾令漕船退出中河，康熙帝命将慕天颜“提拿挟讯”。康熙帝说，慕天颜如此胆大妄为，定有主使，所以要审“问谁为唆使，则实情毕露”。并说： “此等之人不重加惩治不可也。”（《清圣祖实录》卷一三五，康熙二十七年四月庚申）刑部尚书图纳等将审问慕天颜的结果奏上，说： “臣等公问慕天颜，慕天颜供称，于成龙所与书内云，董讷、慕天颜汝二人，我曾荐举河工，尔等为何顺靳辅而言，竟不各出己见启奏？尔等即不启奏，我启奏有不可乎？”（《康熙起居注》第三册，康熙二十七年五月壬申）为此，九卿质询于成龙，于成龙说“云寄书是实。至挑浚中河无益，得之传闻，并无指实，自甘妄称之罪”。原来是慕天颜为了附和于成龙才这样做的，这就是结党营私了。现在康熙帝对于成龙也不那么信任了。
康熙帝任命王新命为河道总督，又派出兵部尚书张玉书、刑部尚书图纳、左都御史马齐、侍郎成其范、徐廷玺等人，对靳辅主持的河工进行全面审查。康熙帝特别嘱咐他们对实际情况要做出客观评价。康熙帝说： “尔等到彼处，宜从公详看，是曰是，非曰非，据实陈奏。”皇上既然显示了公平的姿态，说明他不想全盘否定靳辅的功绩。
康熙帝为了搞平衡，同时打击两派大臣，总算没有使靳辅对黄河的十年治理前功尽弃。围绕河工方略进行的辩论和由此而起的整肃是人为制造的一场闹剧，根源在于封建帝王对臣工的不信任感，以及对自身权力根深蒂固的不安全感。因此，不断地搞整肃的同时又搞平衡，是高明的帝王永远玩不完的权术游戏。玩弄靳辅和于成龙的这场游戏，可谓帝王权术的经典之作。低能的皇帝只知道对臣工一味整肃，拼命打压，那只能使得臣工众叛亲离。高明的皇帝要通过整肃，使臣工都有所畏惧和感激，从而更加死心塌地地为皇帝效力。现在康熙帝的目的已经达到了。
《治河方略》既然康熙帝特别嘱咐张玉书等人要据实勘察，他们何必不取客观的态度呢？ 靳辅的治河功绩是有目共睹的，这次勘察的结果，自然是有利于靳辅的。尤其是开凿中河，成效显著，却被于成龙诋毁。但是就在运河中段修闸还是修减水坝问题上，他们又与靳辅发生争议。九卿会议也不好做决定，把问题推给了皇上，谁知道万事通皇上怎么想的呢？大家再也不敢直抒己见，还是请皇上再去亲自看一看，自己做决定吧。
康熙二十八年(1689年)正月初八日，康熙帝第二次南巡，靳辅、于成龙、王新命随行。康熙帝看到新开挖的运河十分狭隘，认为不可靠。这段漕运以前是借用黄河的一百八十里，非常险要，所以靳辅新开这段运河。挖得狭隘是为了蓄水，有利于航船通行和刷沙敌黄。王新命认为，这样洪水一来不利于排泄。康熙帝对靳辅的做法也颇为怀疑。康熙帝详细考察了这段运河，并询问商民和官吏，反复听取意见。商民们都说行船很安全，随行大臣们也认为挖这条河是有益的，他才对靳辅的做法表示赞同。
康熙帝又阅视了七里闸、太平闸、高家堰一带坝，认为很坚固，减水坝也修得好。沿河官民及商人船夫都盛赞靳辅的功绩，使康熙帝大为感动。回京之后，康熙帝下谕表彰靳辅，命靳辅把治河经验纂述成书，供参考，靳辅遂著《治河方略》进呈皇上。
以后，靳辅处世小心谨慎，每次讨论河工，他发言都引圣谕以为根据，不轻易提出自己的见解，当年与于成龙当庭辩论时的勇气和火气已荡然无存了。由此可见“新官上任三把火”是有好处的，即使是清官，官场斗争久了，锐气也就没有了。
又有善于察言观色的人来疏劾王新命了，说他勒取库银，浪费国帑，应予革职。康熙三十一年(1692年)，王新命被解职。董安国被任命为河道总督，他和王新命一样外行，喜欢筑坝拦黄，败事有余，不久他也被解职。靳辅重新被任命，靳辅急忙推辞，这费力不讨好的苦差使，他也干够了，但皇上不允，他只好受命。
靳辅为人忠义，他念念不忘幕友陈潢，上《义友竭忠疏》为陈潢申冤。康熙帝借口陈潢已死，竟搁置不议，其实是拒不承认错误。陈潢的治河经验，后来由他的同乡张蔼生收集为《河防述言》一书，使后人不忘陈潢治河之功。此书附载在靳辅的《治河方略》之书后流行。靳辅年已花甲，又屡遭打击，尤其是为知己陈潢的遭遇愤恨不平，其心已冷，上任不久就病倒了。康熙帝派皇子及大臣前去探视，靳辅病笃，仍连续上疏，陈述《两河善后》之策，及《河工守成事宜》数万言。康熙帝十分重视，大部分都采纳实施，到了冬天，靳辅病死。康熙帝深为惋惜，降旨悼念，特命灵柩入京，赐祭葬，下部议恤，谥号“文襄”，礼遇隆重。
靳辅可算是“事君以道”，在一定程度上做到了“以道抗权”、“从道不从君”，这一点比汤斌做得都好。汤斌甚至在领会了皇帝意图之后逢迎皇帝，康熙帝一向认为汤斌是正直而“和平谨恪之臣”，说话有分量，既然他与自己的意见一致，就更固执己见了。靳辅只有在毫无办法的情况下才放弃了“以道抗权”的原则。就此而言，靳辅做得最好，汤斌次之，于成龙又次之。
康熙三十三年(1694年)正月，康熙帝任命于成龙为河道总督，又严厉斥责于成龙对靳辅的攻击是妄言，告诫他，排谄他人则易，身任总河则难。康熙帝亲自布置治河规则，详细具体，又命于成龙及直隶巡抚李光地，在直隶治理浑河，排浚河道，加固堤防工程，并将浑河改名为“永定河”。从此，永定河下游的泥村水乡，捕鱼虾而度生者，皆筑高屋新宇而居，“种谷黍而有食矣”。康熙帝高兴地说： “朕观永定河修筑之法甚善，河身直，河底深，所以淤沙尽皆冲刷。今治黄亦用此法，方为有益。”
康熙帝谕令于成龙，将黄河道曲处，也挑挖使直，以利束水冲沙。于成龙却没有认真执行，康熙帝也没有责怪他。康熙三十九年(1700年)，于成龙又病死了，由谁来任河道总督呢？这时候，康熙帝更加怀念靳辅，叹息道： “惜哉靳辅！”康熙帝经过反复权衡，终于选中了著名清官两江总督张鹏翮。
张鹏翮（1649~1725），字运青，四川遂宁人。康熙八年（1669年）中进士，选为庶吉士，当时张鹏翮年仅21岁，在翰林院中年纪最小，但读书最勤。他既不奔走权门，也不追逐浮华，终日与人讲学不倦。他是康熙帝亲自发现和提拔上来的才学之士、著名清官，做过刑部主事、礼部郎中、苏州知府、兖州知府，因举“卓异”，擢河东盐运使，再至浙江巡抚，兵部侍郎，左都御史，迁刑部尚书，授两江总督。康熙帝曾盛赞他的清操说： “从前清官惟宋文清一人，近日张鹏翮堪与匹。”又说： “朕留心察访，张鹏翮果一介不取，天下廉吏无出其右矣。”命他扈从进京，赐朝服、鞍马、弓矢等。
张鹏翮授任河道总督，鉴于以往之经验，陛辞时就提出三项要求：
第一，撤销协理河务徐廷玺，以专总河之任。
第二，撤销河工随带人员，以节省开支。
第三，工部与河臣事关一体，请敕部臣，不要以不应查驳之事从中阻挠。
这在以前，任何一任总督也不敢提这种要求。现在康熙帝简直把他当做靳辅第二，痛快地表示同意，说： “过去河工之无成者，一应弊端起于工部，该部掌管河工钱粮，每借机勒索贿赂，贪图肥己，以致河工总无成效。自后河工经费直拨总河，无须经过工部，使其不能掣肘。”手续多一道，就扒一层皮。人多不干正事，不如减员以省开支。张鹏翮固然不能根除河工腐败，但是这三条改革措施，也使他自在了许多。
张鹏翮视察河口后说，治河须明了水性，河之形态虽有古今之异，然水性则古今无别。明了河水就下之性，而利导之，即能除去水害。若董安国等人所为，违背了水性，必深受其害。筑坝违背水性，致使黄水倒灌，清口（即黄河、淮河与大运河的交汇口）淤塞，下流不通，上流溃决。他奏请将云梯关外前任河总董安国所建拦黄大坝尽行拆去。堵住引河，挑挖正河，使黄河之水滔滔而入大海。张鹏翮又奏报皇上，请将“拦黄坝”之名， 改称“大通口”。康熙帝十分高兴，赐名“大通口”。连他写的奏章也加以赞赏，说“此则河工大有望也。观张鹏翮奏章，辞简而意明，其办事精详可知矣。”（《清代七百名人传》水利第1441页）在评价某位理学家时，康熙帝认为，他的文章写得不好，必然没有学问，进而认为他没有道德。此处则认为，张鹏翮奏章简明，办事也必然精详。古人把“道德文章”视为一事，基本上是对的，但也不尽然。尤其是奏章，许多大吏的奏章是由师爷代笔，如雍正朝的田文镜、李卫也是办事精详，奏章却不是他们写的。不过，最后定稿者毕竟是职官本人，所以基本上康熙帝的观点也对。
张鹏翮又上疏十九款，详论治河之法，“极其周备”。朝议都如所请。九卿见皇帝甚器重张鹏翮，暂时没有人敢于捣乱了。康熙帝显然是吸取了整治靳辅反倒败坏治河工程的教训，此番张鹏翮治河，给予大力支持。他说： “张鹏翮遇事精勤，从此久任河务，必能有益。”谕令工部、户部、内阁等，对治河所需物资、人力、银两，满足所请，及时拨给，不得有误。他说： “张鹏翮遇事实能宣力，朕不之信，将谁信耶？”在潜意识中这都是在忏悔对靳辅的不公，以此弥补过失。由于有皇帝亲自监督河工，各部门都不敢怠慢和作弊。张鹏翮不断地上疏汇报，康熙帝一再予以鼓励，“张鹏翮自到河工，在署之日甚少，每日乘马巡视堤岸，不惮劳苦，居官如张鹏翮，更有何议”？
可是，治河并不是只要能干就行，人总有无能为力之事。康熙四十一年春，天公不作美，洪泽湖春水猛涨，将泗州、盱眙一带淹成汪洋。康熙帝向张鹏翮垂询修治善策。张鹏翮说： “泗州、盱眙屡被灾，应开六坝。”康熙帝大不以为然，说： “塞六坝乃于成龙题请，不自张鹏翮始。今泗州、盱眙被灾，朕今与议修治，非欲开六坝救盱眙，而令淮、扬罹患。张鹏翮奏章，昏愦已甚！”此时张鹏翮就不是“辞简意明，办事精详”了。又有人弹劾张鹏翮贪污十三万两，应交刑部治罪。康熙帝不相信有这等事，说“张鹏翮小有所取，亦未可知，谓以十三万两入己，必无之事也”。康熙帝说这话有什么根据？因为官员的俸禄甚低，即使是清官大老爷，也非“小有所取”不能维持生计。所以无论清官或贪官都“有所取”，清官“小有所取”，贪官大有所取，有些区别。
张鹏翮又上一疏： “请以治河方略纂集成书。”他要将十数年治河经验教训加以总结。最近康熙帝对张鹏翮颇为恼火，便对这一提议异常反感，说： “朕于河务之书，无不披阅。大约坐言则易，实行则难。河性无定，岂可执一法以绳之？编辑成书，非但后人难以仿行，即撰之己心，亦难自信。张鹏翮试编辑之！”康熙帝这话颇不近情理。
康熙四十三年(1704年)正月，康熙帝第四次南巡，视察河工，由于张鹏翮治河颇有成效，康熙帝很是满意。他见到洪湖水势，畅出清口，高兴地对随行大臣说： “向来黄水高于淮水数尺，淮不能敌黄，常患淤垫，今将六坝堵闭，洪泽湖水升高，力能敌黄，运河不致有倒灌之患，此河工之所以能告成也。”他见到张鹏翮将河道裁弯取直，收到了很好的效果，比于成龙更有见识，极口赞扬张鹏翮实心办事。
康熙帝回銮之日，又赐张鹏翮御制诗扇。他又对张鹏翮说： “朕三十年前泊舟于此，水不能覆堤者数寸，今安澜若此，卿之功也。”对他大大鼓励了一番。因张鹏翮治河殚心竭力，不辞艰瘁，又清洁自持，由吏、工二部议叙奖励，加太子太保衔。康熙帝书榜赍张鹏翮之父张琅，并赐他御制《河臣箴》和《览淮黄成》诗，恩宠有加。
以后，康熙帝每隔两年南巡一次，视察河工，对治河提出具体指导，康熙帝见河水清畅，高兴地说： “异哉！此二十年所仅见也。”他又不断督促张鹏翮，及时纠正他的错误，有时张鹏翮表现得十分懒散，安居署中，数月不出，凡事委派下人，康熙帝告诫他要时时巡视河堤，不避风雨，以勉尽职守。
张鹏翮及其以后数任河道总督治河依照靳辅成法，使黄河大堤得到进一步治理。从靳辅治河遗规，中经雍正到乾隆，直到1855年黄河改道北上入渤海，这一百多年间黄河从未出现过大患，黄河下游，农业连年丰收，治效之好是历史上所仅见的。
有一种观点认为，清朝前期的皇帝多是英主，却又很专断，不容臣下有表现才能的机会，所以官僚多无建树，这一点在靳辅等人治河的事情上表现得最明显。如果自始至终都信任靳辅，治河工程将会更好。
靳辅的冤情有目共睹，于成龙之冤，却冤沉海底，无人谅解。挑浚海口明明是康熙帝的意思，他不过是附和而已。反对靳辅的逆流，如果没有康熙帝推波助澜，本来是不会泛滥成灾的。康熙帝以万事通自居，为了逞一己之能，把好事办成了坏事。但康熙帝毕竟是英主，没有像某些昏君那样办了一件坏事就再办一百件坏事来掩盖，而是把坏事改正，办成好事。只是劳民伤财稍多。
靳辅治河十年，有一半以上的时间和精力(包括国家的人力财力)都在内耗中荒废了。于成龙毕竟是清官，他初期反对靳辅，后来在河工中却尊重事实，故多照靳辅旧制，没有大坏河工，王新命、董安国几乎把靳辅所建工程损毁殆尽，亏得以后又有清官张鹏翮治河，他依然仿照靳辅旧制，才得以保障黄河治理工程的最后完成。
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