刘氏兄弟日益增长的势力引起了新市军和平林军将领们的担忧，他们开始劝更始帝除掉刘縯。刘秀看出了潜藏的危险，提醒长兄注意，但并没能引起刘縯的警惕。不久之后，更始帝果然在众人的怂恿下将刘縯杀害，刘秀闻讯后立即从父城赶来谢罪，大臣们向他表示劝慰，他却只说怪自己没能劝阻兄长，以致惹怒了皇帝。从此他绝口不提在昆阳立下的功劳，也不敢明里为刘縯服丧，饮宴说笑一如平常，仿佛什么也没有发生过。这下反而让更始帝不好意思起来，他任命刘秀为破虏大将军，封武信侯。就这样，刘秀在众人眼中的威胁消除了，兄长被害后，他依靠过人的智慧与忍耐，暂时获得了安全。 　　虽然刘秀表现得很低调，但更始帝暂时还是不敢让他掌握重兵。为了消灭王莽政权，他派出两支军队，一支由申屠建率领，向西攻入武关。此时长安已经发生动乱，王莽被杀，汉军到达后，很快控制了局势。另一支军队由王匡率领，顺利攻下洛阳。由于汉军将士多是关东人，不愿在长安建立朝廷，便向更始帝建议迁都洛阳。但此时的洛阳遭遇兵火，宫室残破，更始帝想起了刘秀，就任命他为司隶校尉，前往洛阳整修宫府。刘秀毕竟是曾经在长安的太学里读过书、见过世面的人，他依照西汉的典章制度，在洛阳设置僚属，制定规范条例，一切都井井有条。当时更始帝带着手下诸将先前往长安建都，前来迎接他们的人看到这群打扮得乱七八糟、身穿妇女衣服的官员，个个都忍不住好笑。还有些人看到新政权的官员们沐猴而冠的模样，觉得他们一定成不了气候，迟早还要发生变乱，不禁担心起未来的命运，于是逃走了。但当他们看到刘秀和手下僚属们的衣着举止时，却不禁喜出望外，甚至有前朝的老吏泪流满面地说：“想不到今天还能再看到大汉官员的威仪！”刘秀给他们留下了精彩的第一印象，作为一个中兴之主，他由此获得了更多的民意支持。 　　当洛阳的修葺工程完成后，更始帝迁都洛阳，让刘秀执行大司马的职权，十月间出发，持节到河北安抚州郡。他一路上平定冤狱，废除新莽时期的苛政，恢复被王莽改掉的西汉官名，完全是一派西汉时州牧在地方上执法监察的作风，让沿途的许多新旧官员感到了新政权的威仪与规范。于是刘秀受到了热烈的欢迎，吏民百姓争相送牛肉酒水慰劳他。 　　在此之前的一段日子里，刘秀表面上看起来波澜不惊，但内心却埋藏着深深的苦痛。在洛阳时，他独自住在一间房子里，不让外人进去。他的好友冯异曾经进过这房间一次，却发现刘秀的枕巾被泪水打湿了一大片。冯异努力劝慰刘秀，但刘秀却只是否认说：“我没有伤心，你不要乱说。”如今到了河北，刘秀摆脱了更始帝政权的控制，才开始了属于自己的事业。 　　但刘秀在河北的路走得也并不顺利。到达邯郸时，有个名叫刘林的宗室子弟前来献计说：“如今黄河东边有赤眉军在活动，你只要掘开河堤让水灌过去，纵然他们有百万军队，也只能化为鱼鳖。”但刘秀处事的态度一向很温和，他不能接受这个建议，只是沉默不答。刘林觉得自己受到了冷落，转而谎称一个名叫王郎的算卦人是前朝汉成帝的儿子刘子舆，拥立他做了皇帝。此时的刘秀已经去了真定，刘林和王郎便在邯郸建都，派出使者去周边郡国招降。 　　由于打出了汉成帝之子的旗号，周边郡国一时真假莫辨，不少势力起兵响应。于是刘林和王郎的势力轰轰烈烈地发展起来。第二年初，他们发出了檄文，开出十万户的赏格捉拿正在蓟州附近的刘秀。而蓟州的宗室刘接又准备起兵响应王郎，一时间城中震动，人心惶惶，而刘秀的境况也变得十分危急，他不敢入城，只能向南逃去，一路饥寒交迫来到饶阳。在这里，一行人看到路边有驿站，再也顾不得危险，自称是王郎从邯郸派来的使者，大摇大摆地进了驿站。但他们很快露出了马脚：当驿站的负责官员送上食物时，这些逃难者饥不择食的样子引起了官员的怀疑，为了辨别他们的身份，官员谎称王郎派来的邯郸将军即将到来。刘秀和手下的人惊慌失措，但正当他们准备逃走时，刘秀却认为为时已晚，索性坐回原处让驿站官员请邯郸将军来见自己。但他们等了很久也没能等来传说中的邯郸将军，最后还是平安离开了。 　　此后刘秀的脱险经历显得很是神奇。在北方的寒风霜雪中，一行人昼夜兼行，手足颜面都被冻裂，到了滹沱河边却找不到渡船，幸好河面上结了厚厚的冰，他们才得以渡河。到了下博城西，正当徘徊无计的时候，却有一位白衣长者在路边为他们指路，要他们前往八十里之外的信都郡。