编撰者：自明居士 [2005/03/24-2005/06/28]
序
药师如来本愿经是一本致福消灾的要法，曼殊师利法王子以慈悲之力请佛说法，而如来以利物之心来说法，其中药师佛以十二大愿来行法。
以七宝庄严之国土彰显，并能以忆念称药师佛名则众苦可解脱，若能祈请供养则诸愿皆能完满。
至于若有病士求救则改死更生，若王者攘灾则能转祸为福，若能信此经则消百怪之神符，除九横之妙术矣。
以上为从梵文译经者对本经之描述，我只是依言而译。
若以共通性的说法，不管在任何大型的庙寺，必定有三尊一模一样的佛尊，知道的人都了解，左为西方极乐世界的阿弥陀佛，中为释迦牟尼佛，右为东方药师琉璃光如来佛。而大部分认可的说法是，西方为将来前往之处，药师佛则为成就现有躯体健康之信仰与祁求，而释迦牟尼佛则为智慧之来源与大导师，尤其在因果关系上的彰显。
所以，唯有维持现有躯体之康健，才能确保学佛之优势，才能提得起精神来增进智慧，而修读药师如来本愿功德经，就有这种功效。
讲述开始
以下是我听闻佛陀所说：一时佛陀游化诸国到了广严城，安住在乐音树下，与大比丘众八千人俱，菩萨摩诃萨有三万六千，以及国王大臣婆罗门居士，天龙药叉人非人等等，并有无量大众恭敬围绕而准备说法。
此时曼殊室利法王子，藉着佛陀威神德仪从座中而起偏袒一肩右膝着地，向佛陀曲躬合掌秉告佛陀说：世尊，希望您能演说与您相同的诸佛名号及其成就的大愿殊胜功德，能让所有听闻者业障销除，此乃是为了利乐像法转时的所有诸有情众生的缘故。
此时世尊赞叹曼殊室利童子所问的，并说，善哉善哉曼殊室利，你以大悲的心劝请我来说诸佛名号及其本愿功德，为了拔除诸有情众生所缠的种种业障，为了利益安乐像法转时诸有情的缘故，你今天谛听此极善的思惟，我当为汝来说。
曼殊室利答说：希望您能说，我们等等很高兴的听闻您说。
佛陀说：东方去此过十殑伽沙(距离单位)等佛土，有世界名净琉璃，佛号药师琉璃光如来，应正等觉、明行圆满、善逝世间解、无上丈夫、调御士、天人师、佛、薄伽梵(也是佛陀的另一种称呼)。
佛陀告诉曼殊室利：彼佛世尊药师琉璃光如来，在行菩萨道时发十二大愿，能令诸有情众生所求皆能获得。
第一大愿。愿我来世得到阿耨多罗三藐三菩提时，自己身上光明炽然，照曜无量无数无边世界，并以三十二大丈夫相，八十种随意好庄严其身，并令一切有情如同我一般无异。
第二大愿。愿我来世得菩提时，身上如琉璃内外透明清彻洁净毫无瑕秽，光明广大功德巍巍，身善安住焰网其庄严超过于日月，所有幽冥众生都能接受开晓，随意所趣作各种事业。
第三大愿。愿我来世得菩提时，以无量无边智慧方便，令诸有情众生皆得无尽，所要用的各种物品，不要让所有众生有所缺乏。
第四大愿。愿我来世得菩提时，假若诸有情众生有行邪道者，能令他安住余菩提道中，若是在修行声闻独觉乘者，都能以大乘而让他安立之。
第五大愿。愿我来世得菩提时，假若有无量无边有情众生，于我法中修行梵行，一切都令他们不缺戒具三聚戒，假设有毁犯梵行，听闻我名号后，能够得到清净，不堕恶趣。
第六大愿。愿我来世得菩提时，假若诸有情众生，其身躯下劣诸根不完具，不管是丑陋顽愚盲聋喑哑挛躄背偻白癞癫狂等种种病苦，听闻我名号后，一切皆得端正黠慧，诸根完具无诸疾苦。
第七大愿。愿我来世得菩提时。假若诸有情众生，因为各种疾病逼切无救无归无医无药无亲无家贫穷多苦，若我之名号一经过其耳听闻，则各种疾病悉得消除并身心安乐，其家属资具都能丰足，乃至于证得无上菩提。
第八大愿。愿我来世得菩提时，假若有女人，因为生为女人百恶之所逼恼！产生了极大的厌恶希望舍弃女身，若闻我名号后，未来世后一切皆得转女成男具丈夫相，乃至于证得无上菩提。
第九大愿。愿我来世得菩提时。能令所有有情众生，能出离魔网，解脱一切外道缠绕束缚，若堕入种种恶见稠林，都能引导他带入于正见之中，渐渐令他修习诸菩萨的行止，速证无上正等菩提。
第十大愿。愿我来世得菩提时。假若诸有情众生，因为犯法被关，缧缚鞭挞系闭牢狱或应当处以死刑，或者受各种无量灾难凌辱悲愁煎迫，身心受苦，假若听闻我之名号，以我福德威神力的缘故，皆得解脱一切忧苦。
第十一大愿。愿我来世得菩提时，假若诸有情众生，为饥渴所苦恼，为求得食物之缘故，作各种恶业，假若得闻我名号专念受持，我当先以上妙饮食饱足其身，然后以法味，让他毕竟安乐而建立之。
第十二大愿。愿我来世得菩提时。假若诸有情众生，因为贫苦而无衣服，被蚊虻寒热昼夜所逼而苦恼，假若听闻我名号专念受持，就能如其所爱好的，即得种种高上美妙的衣服，也能得到一切宝庄严具华鬘涂香鼓乐各种器具，随心所玩都令其满足。
佛陀告诉曼殊室利。上面所说就是世尊药师琉璃光如来应正等觉行菩萨道时所发的十二微妙上愿。
佛陀又告诉曼殊室利。该世尊药师琉璃光如来行菩萨道时，所发的大愿及该佛土功德庄严之事，我若一劫若一劫余也说不能尽，然而该佛土一向清净无有女人，也没有恶趣及苦音声，该国土以琉璃为地，金绳为界道，城阙宫阁轩窗罗网都是七宝所合成，也如西方极乐世界，其功德庄严都没有差别。在此国土中有二菩萨摩诃萨，第一位名字称作日光遍照，第二位名字称作月光遍照，是此国土中无量无数菩萨众的上首，都能完全持有该世尊药师琉璃光如来的正法宝藏。所以说曼殊室利，以及所有有信心的善男子善女人等等，应当发愿往生该佛的世界。
当时世尊又告诉曼殊师利童子说：曼殊室利啊，若有一些众生，不了解什么是善什么是恶心中只有贪吝，不知道布施及因果报应，愚痴没有智慧缺少信根，只知道多聚财宝勤勤加以守护，看见乞丐者来其心中就不高兴，假设不得以而行布施时，就好像在割身上的肉一般的深深感到痛惜。又有一些无量悭贪的有情众生，积集资量钱财，在其自己身上尚且舍不得用，何况能给与父母妻子奴婢使用或来乞食者，这些有情众生从此命终之后，会往生到饿鬼界或傍生趣。假若由于从前生为人时曾经听闻药师琉璃光如来名的缘故，在恶趣中，仅短暂得忆念该如来之名号，就在此忆念时从该处还往生人道中，得宿命担心恶趣之苦不喜欢享有私欲的快乐，就会好行惠施赞叹布施者，并一切所有都不会贪惜，慢慢的尚能以头目手足血肉身体，分施来乞求者，更何况是财物。
佛陀又告诉曼殊室利。假若诸有情众生，虽然于如来处学习佛法，但是却是违反规定，有的虽然不违反规定但却违反仪轨，有的虽然不违反规定仪轨但却毁弃正见，有的虽然不毁弃正见却放弃多闻，于佛所说的各种经典深义不能了解。有的虽然多闻但却增上慢，由于增上慢所以覆蔽其心的缘故，自然而然说是非，嫌弃并毁谤正法而成为魔的伴党。如此的愚人因为自己认为对的邪见而修行，又让其无量的门徒的有情大众堕入大险坑。这些有情众生，将会于地狱、傍生、鬼趣流转无有穷尽。假若能听闻此药师琉璃光如来佛之名号，便能舍弃恶行修诸善法，不堕入恶趣之中。假设有不能舍弃诸恶行而修行善法而堕入恶趣者，以该如来本愿的威力，能令其现在面前而暂闻药师佛之名号，就能从现有之命终了，重往生于人道之中，并得正见精进能够很好的调整自己的意志及喜乐，便能舍离家趣而于非家趣的如来佛法中，在受教于佛法中不会有任何的毁犯，因此有正见有多闻，能了解很深的佛理义趣，远离增上慢而不毁谤正法，不成为魔之伴侣，慢慢的修行各种菩萨行止速得圆满。
佛陀又告诉曼殊室利，假若诸有情众生，悭贪嫉妒常自己称赞自己而毁骂他人，应当堕入三恶道中，于无量千岁受各种剧苦，受完剧苦之后，从该处命终之后会来生到人间，作牛马驼驴，常常被鞭挞，饥渴逼恼，又常常要负重物随路而行，或得生为人但生来就下贱，作人的奴婢受他人驱役，永远都不自在，假若昔为人当中，曾听闻世尊药师琉璃光如来名号，因为此善因的缘故，今天又忆念起来至心归依，就能以佛神力的缘故而众苦解脱，诸根聪明有智慧有多闻，永远会求得正法常常会遇到善知识，永远断除魔网打破无明的种子，让烦恼如河水般的干枯，解脱一切生老病死忧愁苦恼。
佛陀又告诉曼殊室利。假若诸有情众生，喜好互相背离、互相争斗缠讼互相恼乱不管自己及他人，以身躯、言语、意念作各种恶业，此种种恶业不断增长，如此反覆发展都是一些坏事不作好事，互相谋害。并祭拜告召山林树冢等神祁，杀各种诸众生取其血肉祭祀药叉罗刹娑等等，并书写所怨恨的人之名，并制作其形像以恶咒术语而去咒咀他，或以各种媚蛊道咒唤起一些尸鬼，让这些尸鬼去取其性命或者让其生病。这些诸有情众生若曾听闻此药师琉璃光如来名号，则这些上述所说的种种恶事都不能加害，一切事情展转能生起慈心，利益安乐无损恼意及嫌恨心，各各都能欢悦于自己的一切，不相侵凌并互为饶益。
佛陀又告诉曼殊室利。假若有四众也就是比丘、比丘尼、邬波索迦、邬波斯迦，或者是其他净信的善男子善女人等。若有能受持八分斋戒，或经一年或经过三个月的受持学处，以此善根愿生西方极乐世界无量寿佛所，因听闻正法而心未定者。假若听闻世尊药师琉璃光如来名号，临命终时有八位菩萨，乘着神通而来示现其道路，即于彼界种种杂色众宝华中自然化生。或有因此而生于天上(即天堂)，虽然生于天堂之中而原本的善根亦不会穷尽，不会再往生到一些恶道之中。假若于天上寿命尽了还会往生在人间，也许会成为转轮圣王统理四洲，其威德自在能安立无量百千有情众生于十善道中。或者会往生于刹帝利婆罗门居士等大家之中，有很多的财宝其仓库满盈如溢，其人外形相貌端正庄严其眷属具足，其人聪明智慧，其人勇健威猛如大力士。假若是女人得闻世尊药师如来名号至心受持，于往后未来世中不会成为女身。
八位菩萨：(文殊师利菩萨、观世音菩萨、得大势菩萨、无尽意菩萨、宝檀华菩萨、药王菩萨、药上菩萨、弥勒菩萨)
当时曼殊室利童子秉告佛陀说：世尊我应当立誓于有佛像存在时的佛法运转时，以种种方便的力量，让所有净信的善男子善女人等，得听闻世尊药师琉璃光如来名号，乃至于睡中也以药师佛之名来觉悟其耳。
曼殊室利秉告诉世尊说：假若能于此经受持读诵，或者为他人他演说开示，或者是自己书写或教他人书写，恭敬尊重的以种种花香、涂香、末香、烧香、花鬘、璎珞、幡盖、伎乐而来供养，并以五色彩带作成容器来装盛，并扫洒净处设于高座的安全之处。就在此时，四大天王与他的眷属及余无量百千的天众，都会拜访他的住所来供养守护。
曼殊室利秉告诉世尊说：假若有此经宝的流行的地方，有能受持以该世尊药师琉璃光如来本愿功德及听闻此名号，当知道此处无有横死这样的状况，也不会被各种恶鬼神会来夺其精气，假设已有被夺其精气者能够再得回来与原本一样，得到身心安乐。
佛陀告诉曼殊室利。的确如此，如你所说，曼殊室利啊，假若有净信善男子善女人等，要供养该世尊药师琉璃光如来者，应先造立该佛形像，准备清净的台座而安置之，散撒种种花，烧种种香，以种种幢幡旗帜庄严其安置的处所，七日七夜受持八分斋戒，吃清净的食物，洗澡沐浴整洁，穿着新的清净的衣服，应生起无垢浊的心、无怒害的心，对于一切有情众生，生起利益他们的安乐慈悲喜舍平等之心，从右边绕着佛像以鼓乐歌曲赞叹。
再者，应该以该如来本愿功德来读诵此经，思惟其中涵义来演说开示，则随其心中所乐求的一切皆能顺遂，求长寿者得长寿，求富饶者得富饶，求官位者得官位，求男女者得男女。
假若有人忽然于睡中得恶梦，看见各种恶相或者是有怪鸟来聚集，或者于住处有各种百怪出现，此人若以各种神妙的物资器具，恭敬供养该世尊药师琉璃光如来者，其恶梦恶相各种不吉祥事物，全都能隐没不能成为祸患。
佛陀告诉曼殊室利，或者是有水、火、刀、毒等危险恶劣的情境，或有狮子、虎狼、熊罴、毒蛇、恶蝎、蜈蚣、蚰蜓、蚊虻等恐怖的事情。假若能至心思忆想念该佛而恭敬供养，则一切恐怖畏难之事皆得到解脱。假若有他国来侵扰或是盗贼反乱，若能忆念恭敬该如来者，也都能获得解脱。
佛陀又告诉曼殊室利，假若有净信的善男子善女人等，乃至于尽形不事的其余天界，如果应当一心归于佛法僧，来受持各种禁戒，像是五戒、十戒、菩萨四百戒、苾刍二百五十戒、苾刍尼五百戒。若于所受持的此些禁戒当中，或是有毁犯这些戒律，应该恐怖而堕入恶趣当中，假若能专心忆念该佛名号而恭敬供养者，必定不受生于三恶趣当中(地狱、恶鬼、畜生)。或是有女人于快要生产时承受了极大的痛苦，假若能至心称名礼赞恭敬供养药师琉璃光如来者，则所有众苦都能消除，且所生之孩子身分具足，形色端正、看见者都感觉到欢喜，其资质聪明，身体安隐少病，没有一些非人(如恶鬼等等)来夺其精气。
当时世尊告诉阿难说：如同我称扬该佛世尊药师琉璃光如来的所有功德，因为这是诸佛很深澳的愿力及行为很难了解，而这些事情你相信吗？阿难秉告佛陀说：大德的世尊，我于如来所说的经典完全相信不生疑惑，为何如此呢？因为一切如来的身、语、意业没有不清净的。阿难秉告世尊说：就好像日月的转动一般，诸佛所说的道理也是相同的，阿难秉告世尊：假若有诸众生因为信根不完备，听闻此说有关诸佛的广大宏愿及力量，就有一些想法如：为什么只是念药师琉璃光如来一佛名号便有那么大的功德胜利，便因为如此而不相信反而生起诽谤，则该人于岁月中失去了大利乐，有可能堕入诸恶趣中流转而无穷尽。
佛陀告诉阿难。是所有有情众生，假若听闻世尊药师琉璃光如来名号，全心全意的受持不生出各种怀疑及困惑，将不可能会堕入恶趣道中。佛陀告诉阿难，此乃是诸佛很深的行愿很难去相信了解，你今天能够相信，应当知道都是如来威神之力所造就。
佛陀告诉阿难，一切声闻、缘觉及未登地的诸菩萨等等，都不能如实的相信了解，除了一生所系菩萨。佛陀告诉阿难，人身难得，而能于三宝中信敬尊重也难可得，而能够听闻世尊药师琉璃光如来名号，则更难得。
佛陀告诉阿难，该药师琉璃光如来无可计量的种种菩萨行，及无可计量的种种善巧方便，及无可计量的广大愿力，我若一劫或一劫余而广为演说，虽然一劫时间可快速尽了，但该佛行愿善巧方便却不会有尽了之时。
当时在大众中有一菩萨摩诃萨，名字叫做救脱，就从座中而起偏袒右肩，右膝着地曲躬合掌，而向佛陀秉告说：大德世尊，像法转时，若有诸众生，为了种种苦患所困厄，如长久生病瘦弱不能饮食，喉咙及嘴唇干燥脸貌漆黑，死相现前。其父母亲属朋友了解其病危而围绕其身旁哭泣，而其自己躺卧在该处，看见阎罗王派遣使者引领其神识来到了阎罗王之前，每个有情众生都有负责的人称为(俱生神)，会随其此生所作所为，或有罪或有福都会书写而纪录，会拿给阎罗王定夺，此时该阎罗王会询问此人，算计其所作所为，并随其罪福而加以处断。
此时病人的亲属若了解此事，若能为该人归依世尊药师琉璃光如来，然后敦请众僧来转读此经，点燃七层的灯，悬挂五色续命的神幡，或即在该处，他的神识能够归回。如果是在梦中明了自见，经过七日或二十一日或三十五日或四十九日，他的神识回来时，就好像从梦中醒来，都能自己回忆起善与不善之业所得的果报，乃因为自己见证因果业报的缘故，将来乃至于自己生命遇难，也不造作各种恶业。所以净信之善男子善女人等，皆应受持药师琉璃光如来名号，随自己能力来能恭敬供养。
当时阿难就问救脱菩萨说：善男子，应当如何来恭敬供养该世尊药师琉璃光如来呢？而所谓的续命幡灯又应该如何制作呢？救脱菩萨说：大德，假若有病人要脱离病痛之苦，应当为此人，七日七夜受持八分斋戒，应该以饮食及各种生活的资具，随自己的能力来供养苾刍僧，且昼夜六时礼拜供养该世尊药师琉璃光如来，并且读诵此经四十九遍，点然四十九具灯，应打造该如来形像七尊，每一尊佛像前各放置七盏灯，每一盏灯其光量应大如车轮，乃至四十九日光明不绝。另应打造五色彩幡长四十九折，应当放生各种杂类众生等至四十九只，则可以度过危急命厄的大难，不被各种横行恶鬼所抓持。
救脱菩萨又告诉阿难：假若刹帝利灌顶王等(国王)，在灾难发起时，例如人众的疾病瘟疫难，或是他国侵逼难，或自己国家的叛逆难，或星宿变怪难，或日月薄蚀难，或非时风雨难，或过时不雨难。该彼刹帝利灌顶王等，当时应该对于一切有情众生起慈悲心，应该大赦牢犯，依照前面所说供养的方法，供养该世尊药师琉璃光如来。因为此善根及该如来本愿力的缘故，将令其国界即得安隐，风雨顺时谷稼成熟，一切有情无病欢乐。在其国土中，没有一些暴虐的药叉等神来恼乱有情众生，一切恶相都即将消失，而刹帝利灌顶王等，其寿命、色力、无病自在等等都能得到增益。
救脱菩萨又告诉阿难：假若有帝王、王后、妃子、主储君、王子、大臣、辅相、中宫辨女、百官黎庶。若为疾病所苦恼或者是各种厄难，也应制造设立五色神幡及点然灯具续明，并且放生各种生命，散洒各种颜色之花，烧各种名香，则疾病可得痊愈，各种苦难可以解脱。
当时阿难就问救脱菩萨说：善男子，什么是已尽之命而可增益呢？救脱菩萨说：大德，你难道不曾听闻如来说有九种横死吗？所以才会劝大众要造立续命幡灯并修习各种福德，因为修福德的缘故，所以在其寿命尽了之前不会经历这些苦患。
阿难又问救脱菩萨说：什么是九横呢？救脱菩萨说：有一些有情众生，其疾病虽然很轻，然而却没有医药及医生来看病，假设有遇到医生却不能对症下药，则其实再不应该死而却横死。又有一些人相信世间邪魔外道妖孽之师，狂妄的断说其祸福而便产生恐怖心惊，造成其心不正，到处卜问，惹来灾祸，就会去杀种种众生来告解启奏神明，或呼请各种魍魉，请他们能为己乞得福祐，想要益寿延年，而终究不可能得到，其愚痴迷惑信邪倒见，就会令其横死进入于地狱无有出期，是则名为初横。
二者横被王法之所诛戮。
三者畋猎嬉戏，耽淫嗜酒放逸无度，横为非人(鬼魅魍魉)夺其精气。
四者横为火焚。
五者横为水溺。
六者横为种种恶兽所啖。
七者横堕山崖。
八者横为毒药、厌祷、咒咀、起尸鬼等之所中害。
九者饥渴所困不得饮食而便横死。
以上是为如来略说横死有此九种，其余更有无可计数各种横难可来说明。
救脱菩萨又告诉阿难：该阎罗王主管世间人之各种名册，并纪录各种是非善恶。假若有诸有情众生不孝顺父母，做各种五逆之罪，破坏戒律侮辱三宝，毁坏君臣之法无信无戒。阎罗王会随其罪之轻重详加考察而加以处罚。所以我今奉劝诸有情众生能够然灯、造幡敬佛、并放生修福，令大家度过苦厄不遭逢各种危难。当时在大众之中有十二药叉大将都在会中安坐。其名有：宫毗罗大将、伐折罗大将、迷企罗大将、安底罗大将、頞你罗大将、珊底罗大将、因达罗大将、波夷罗大将、摩虎罗大将、真达罗大将、招杜罗大将、毗羯罗大将。
此十二药叉大将，每一位药叉大将各有七千位药叉来做为其眷属，同时发声禀告佛陀说：世尊，我等今天藉着佛陀的威力，得听闻世尊药师琉璃光如来名号，不会更有恶道的恐怖，我等当互相率领同心协力，乃至尽形归佛法僧，发誓应当荷负一切有情众生，为他们作一些有利的、饶益安乐的事。不管在何等村城国邑空闲森林中，假若有流布此经或是受持药师琉璃光如来名号恭敬供养者，我等及我们之眷属当卫护此人，皆使他们解脱一切苦难，若有什么愿望所求都令他们得到满足。假若有什么疾病危厄要求度脱者，也应读诵此经，并以五色丝缕或纸缕结我名字，当愿望达成后再解结。
当时世尊赞叹诸药叉大将说：善哉善哉大药叉将，你们等等念报世尊药师琉璃光如来恩德者，应当常常如此利益安乐一切有情众生。
当时阿难禀告佛陀说：世尊，应当如何将此经命名，而此法门我等应当如何奉持。佛陀告诉阿难：此法门名说药师琉璃光如来本愿功德，也可名说十二神将饶益有情结愿神咒，也可名拔除一切业障，应如是奉持。当时佛陀说此语后，诸菩萨摩诃萨及大声闻，国王、大臣、婆罗门、居士，天、龙、药叉、揵达缚、阿素洛、揭路荼、紧捺洛、莫呼洛伽、人、非人等，一切大众闻佛所说，皆大欢喜信受奉行。
药师琉璃光如来佛本愿经终
