抗战胜利后，方先觉卷入了内战的旋涡。1946年，他所在的第88军改编为整编第88师。旋即，他率领所部参加了围攻山东解放军的战斗。不久即因在鲁西南吃了败仗，被薛岳撤了师长的 职务，调任第一训练处副处长。其后，方先觉得到老长官李玉堂的照顾，担任第十绥靖区的副司令官。方先觉到任后本想尽心辅佐李玉堂，再有一番作为。可惜随着国军在山东江苏等地的接连战败，他也被迫逃往了福建。此后方先觉又陆续担任福州绥靖公署副主任、第22兵团副司令官、第1编练司令部副司令官、东南军政长官公署高参。1949年底携眷逃往台湾。 　　到台湾后，方先觉入“革命实践研究”第13期、圆山军官训练团第二高级班受训。1953年2月调任澎湖防卫副司令官。1954年6月入国防大学联战系第三期学习。毕业后陆续担任第一军团副司令官、联合勤务总司令部研究督察委员会主任。1968年退役后因其衡阳投敌的事被屡次抨击，遂出家为僧。 　　方先觉有一子六女，其中一子一女在美国成为了优秀的物理学家。但是因为种种原因，方先觉无法去美国与子女团聚。其晚年，经常一人独自手持手杖，站在海边凝望大陆。此时的方先觉又在想些什么呢？ 　　1983年3月3日，方先觉在台北病逝。其遗著有《子珊行述》、《衡阳坚守战回忆》。