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根据《波茨坦公告》以法律严惩战争罪犯的规定，1946年1月，驻日盟军最高统帅部在东京设立远东国际军事法庭，审判并惩罚以个人身份或团体成员身份犯有“破坏和平罪”、“破坏战争法规罪”和“违反人道罪”等罪行的日本首要战犯。
远东国际军事法庭是由在日本投降书上签字的11个盟国各委派1名法官组成，中国委派著名法学家、立法院外交委员会主席梅汝前往，庭长由澳大利亚法官韦伯担任，美国律师基南任检察长。
1945年9月12日，松井石根去东京湾海滨游泳。游泳回来，他悠闲地翻阅着报纸，这时，几个美国宪兵拿着盟军总司令麦克阿瑟签署的逮捕令登门来了!松井石根面对全副武装的宪兵们，顿时紧张起来，当看到那张逮捕令时，面无血色，喃喃自语：“这是一个误会!这是一个误会!”盟军司令部最终将他作为甲级战犯关进东京巢鸭监狱。
1947年5月5日开始，远东国际军事法庭开始着手审判“南京大屠杀”一案。
松井石根被指控对南京大屠杀负主要责任，在起诉的55项罪状中，与松井石根有关的达38项。关在监狱中的松井石根仔细读了对自己的起诉书，他在《狱中日志》上写道：“南京事件乃同余相关之主要问题，然亦指责其他众多人员为共同责任者，而对余个人不特别予以追究，实为奇事。将来欲作为所谓杀人问题另行审议乎?要之，起诉之所述之内容，纯系推断，至于将以何种证据追究责任，应视今后审判之进行予以判明。须为适时进行辩解而做准备。
”显然，松井石根是在谋划怎样为自己开脱罪责，如何辩解。他抓住了“共同责任者”一条，发现了一件“奇事”——“对余个人不特别予以追究”。这背后有一个背景，就是美国战后以盟军之名独占日本，妄图扶植日本，牵制苏联并控制远东，因而有意袒护日本战犯。美国只主张将偷袭珍珠港的东条英机等人判死刑，其他都可以从宽发落。为此，在远东国际军事法庭的中国法官们，肩负民族重托和正义的责任，四处寻找证据，与其他法官沟通，最终才使侵略中国、对中国人民犯下滔天罪行的日本战犯，受到了应有的惩罚。公诉人莫罗上校向法庭报告了松井石根所指挥的日军侵占南京后在这个城市所犯下的罪行。
莫罗上校曾亲自到南京取证，被一桩桩血腥的事实所激怒，因而说话时激动而愤慨。远东国际军事法庭差不多花了3个星期的工夫专门听取了亲历这一屠杀惨案的中外证人的口头证言及检察官和被告辩护律师的对质辩难，并且接受了100件以上的书面证词和有关文件。
公诉人向法庭提交了两份强有力的物证。一份是日本军部发给战区司令长官的“最机密”命令，命令中说：“士兵们把他们对中国士兵和平民的残酷行为说出来是不对的。”还有一份是苏联红军发现的德国驻南京大使馆发给德外交部的关于侵占南京的日军暴行的一封秘密电报。这封电报详细描述了日军在屠杀、强奸、放火、抢劫的种种情况后又写道：“犯罪的不是这个日本人，或者那个日本人，而是整个日本皇军——它是一部正在开动的野兽的机器。”这份来自法西斯同盟内部的证据，各国法官对它给予了很高的作证评价。除此以外，公诉人向法庭提供了650份证人的宣誓书面证言，并安排了一些目击者亲自出庭作证。
1946年7月27日，检察官首先请曾在南京大学医院工作的美国医生罗伯特?威尔逊出庭作证。威尔逊叙述了他亲眼目睹的日军强奸和屠杀的暴行，并且指出：“这类事件从1937年12月13日南京陷落后开始，六七个星期里不断发生，无数的伤号被送到医院，医院的一百八十张床位不断地满员。”
接着，南京沦陷时担任红十字会副会长的许传音博士也出庭作证，他痛诉道：“在一条大街上，我试着数了数那横着的尸体，数到约五百时，还是没有办法数清，只好罢休。我看到南京东西南北各个地区都是一样的状况”，“日本兵开着三辆卡车，来到一个难民营地，把所有的妇女全都拉到走廊里，一个个地强奸，我想阻止他们也毫无办法。
这些妇女从十二三岁到四五十岁之间，我亲眼看见了日本兵在强奸”。南京大屠杀中的幸存者尚德义、伍长德、陈福宝三人也相继走上证人席，讲述了他们在日军屠刀下死里逃生的亲身经历。
松井石根和他的辩护律师狡称中国人的证词不算数。南京大屠杀的恶行是无法掩盖的，这种狡辩马上就被证人有力的证言予以回击。7月29日，检察官邀请另一位亲历南京大屠杀的外籍人士——金陵大学教授贝蒂斯出庭作证。贝蒂斯教授以一桩桩事实不可辩驳地揭露了日本侵略者的罪行：
“我是当时南京国际安全地带委员会之创立委员，此会于1937年11月下旬成立，其主要任务为在南京陷落后救护难民。……入城日军对人民态度极坏，数周间发生杀人事件900余起，其残虐行为，极为广泛。据金陵大学教授罗伯特?威尔逊调查，有12000多名非战斗人员被杀。中国军队的士兵于解除武装后，均被押送到长江边用机枪扫射，在72小时内，南京国际安全地带委员会埋葬军民死尸达3万余具。此外被杀死者，尚不计其数。妇女亦多被强奸，我所认识的3个妇女曾被带去强奸，其中1人且为大学教授夫人，我曾5次目睹强奸事件。在金陵大学校舍内收容难民3万人，曾发生强奸事件数百次。日军占领南京后一个月内，计有妇女2万余人被强奸。日军对市民家具粮食任意刮取，且有军官指挥用卡车装运，即使各国大使馆有价值物品亦难幸免。日军曾任意没收私人财产，强征民房，使众多市民无地容身，多露宿街头。此种行为，直至占领南京六七周之后，仍在继续发生，日军高级军官亦有亲至暴行发生地点参观者。”
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