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9月2日夜，外务省有关官员得到情报，称占领军司令部可能要在日本实施军政，以便于统辖各行政部门。如果这样的话，日本将彻底被置于占领地行政之下，丝毫没有自主权。本已战败的日本政府听闻此讯，更加惶恐。
3日早晨，重光葵立即奉天皇之命前往盟军总部所在地横滨，与麦克阿瑟元帅交涉。他说，要在日本施行军政，这不适合日本的现状。同时，他反复论证日本皇室历来热心和平与人道主义，请求联合国军不要实行军政，而是对日本进行新政体改造。后来的结果证明，重光葵当时的活动确实起了作用，因为占领军并没有实行军政，也没有废除天皇制。可见，美国以盟军名义单独占领日本后，对日本的改造并不彻底。
盟军占领初期，美国报纸连日指责当时日本内阁中有指定为战犯的或与推行战争有密切关系的阁员，迫于这种压力，重光葵向首相东久迩提出辞呈。1946年4月29日，重光葵正式被列为甲级战犯，随后被关押于东京巢鸭监狱，等待远东国际军事法庭的审判。
5月3日，重光葵一瘸一拐、步履艰难地由两名庭警带上远东国际军事法庭的被告席，站在被告席上的重光葵憔悴而忐忑不安地听着检查官宣读《起诉书》。
远东国际军事法庭对战犯的审判，经历了漫长的质证和庭辩过程。对重光葵个人所犯罪行进行庭辩，主要集中在1947年12月3日下午到12月4日上午这段时间。
为了掩盖罪行，逃避罪责，重光葵想尽办法为自己辩解。他请为自己辩护的美国律师伐涅斯找他曾出使过的所有欧美国家，请这些国家中同他有工作关系并与他交好的外交官提供辩护证词，以体现自己是热爱和平的自由主义者和阻止战争的反轴心同盟者，妄想以此减轻罪责，蒙混过关。经过律师的活动，最后答应为重光葵提供证词的欧美外交官有：原英国驻日大使圣?罗伯特?克莱琪、原英国国务大臣汉基、原《晨邮报》主笔哈桑?奎因、原瑞典驻日公使韦特?伯格、原美国驻英国大使肯尼迪等。他想利用这些欧美外交官的证词比较有“分量”，能为自己脱罪。事实上，他即使曾经推行过“和平”外交，也是服务于日本对外侵略的活动和目的的工具而已，但是后来这些外交官们的证词的确在一定程度上影响了欧美国家法官对重光葵的量刑判决情况。
整个庭辩阶段持续至1948年4月16日结束，远东国际军事法庭宣布休庭到判决宣布之日。战犯们被关押在巢鸭监狱里，忐忑不安地等待着对自己的判决。重光葵像其他战犯一样，困于监狱，等待审判的每一天都难以忍受的漫长，他觉得自己“心已快要耗干了”。他在自己的日记中，曾痛苦地写道：
审判的判决，一拖再拖，据说最晚要到6月底才会最后判决，而现在又说是要到11月份了。4月16日休庭以后，已经过去3个月了，这3个月实在是太长了。昼夜在刺眼的电灯下受到严密监视，对人的神经是极大的负担。头对着二叠宽的房间门口，整夜在长明灯下睡觉。走廊里哨兵不断走来走去，难以入睡。多数哨兵毫无顾忌地喧嚣着，白天也未能躺下睡会儿……于是闭目养神也不行。为了消磨漫长的时日，不会下围棋、象棋、打麻将的人，通过木户的联系向监狱军官学做杜松子酒和苎麻网，每天起劲地做着。……最近，勃鲁姆大尉把收音机放在庭院里让人们听。等待命运之日的到来，人们的心已快要耗干了。
偶尔和木户畅谈，他回想过去我国的军方是多么横暴、祸国殃民，军务局就像是政府一样。
如果战争结束得早，今天军部还留着，那就不得了了。
昨夜，隔壁平沼突然用一种异样的怪声调哭起来，使哨兵发慌。此公时常这样发作，晚上做噩梦被魇住了。昨晚很早就睡了，恰好文森中尉来巡查，哨兵张惶失措。
从这些重光葵的日记中，可以看到那些罪孽深重的日本战犯们在巢鸭监狱中等待审判时，处于回忆自己的罪恶与不知最终命运的焦灼相交织的“煎熬”之中。
1948年11月12日，判决的时刻终于到来。由于有一些欧美外交官的辩护证词，重光葵被远东国际军事法庭判处有期徒刑7年，算是所有日本甲级战犯中判刑最轻的一个。在巢鸭监狱服刑一年后，重光葵于1949年11月获假释出狱。
1952年，重光葵获特赦减刑，之后重返政界，不久重光葵当选为众议院议员及改进党总裁。1954年，任民主党副总裁，并在第一届鸠山内阁中出任副首相兼外相。1956年，作为日本政府代表，重光葵出席联合国大会。在这次大会上，日本正式加入联合国，关于日本在联合国的角色定位，重光葵作了以“日本将成为连结东西方的桥梁”为题的演说。除了在政界活动外，重光葵还出版了他在监狱内所写的回忆录《昭和的动乱》和《巢鸭日记》两书。1957年，重光葵因突发心肌梗死，死于神奈川县的家中，终年69岁。
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