9月23日，松冈洋右被关进东京巢鸭监狱。被捕前，他的儿子松冈谦一郎担心他在狱中受苦，悄悄把一包毒药塞到他手里，示意他自杀。但松冈洋右拒不接受，并生气地说：“我不要这种东西，自杀是怯懦的表现，我绝不自杀。我不为自己蒙受侵略合谋的污名而悲叹，因为缔结三国同盟绝不是为了侵略。”松冈洋右在远东国际军事法庭审判中，一直坚持这种拒不认罪的态度。 　　1946年5月3日，在远东国际军事法庭的被告席上，松冈洋右虚弱而颓丧地坐着，光头腮上的胡须蓄了很长，脸色青肿。检查官宣读了《起诉书》，法庭指控他犯有《起诉书》中所列第1项、第27项、第29项、第31项和第32项等项战争罪行。当法庭庭长韦伯用英语问松冈洋右，主张有罪还是无罪时，松冈洋右用英语断断续续地为自己顽固辩解，称“我对全部起诉……主张……无罪”。 　　在接受远东国际军事法庭审判期间，松冈洋右因病住进了美军医院。1946年6月27日，在医院病逝，时年66岁，至死没有认罪。远东国际军事法庭对在审讯期间死去的战犯一律未进行最后判决，松冈洋右因而逃过了判决的结果，但他所犯下的累累罪行，永远逃脱不了历史的审判。