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取证工作得到南京人民的支持，非常顺利。1946年10月28日，南京审判战犯军事法庭号召市民揭发谷寿夫罪行的布告一张贴，就马上得到南京市人民的积极响应。中华门一带的受害者及其家属，纷纷起来揭发、控诉谷寿夫的罪行。
1946年12月31日，南京审判战犯军事法庭检察官陈光虞，以破坏和平罪和违反人道罪等对谷寿夫提起公诉。在《起诉书》的附件中，检察官附录了第六师团日军暴行有据可考的犯罪事实。由于谷寿夫及其所部制造暴行后就毁尸灭迹，所以《起诉书》中列举的罪行，仅是其制造的无数暴行中的极小一部分。
1947年2月6日，南京审判战犯军事法庭在南京中山路励志社大礼堂，开庭公审谷寿夫。法庭上座无虚席，通道上都挤满了人，除了法官、辩护人和监审官外，还有1500多群众和众多的中外记者。只见法庭上方高悬着“公审南京大屠杀主犯谷寿夫”的横幅格外醒目。早晨8时20分，公审开始。谷寿夫被两名法警押上被告席。身材矮胖的谷寿夫头戴深灰色礼帽，身穿黄色呢军服，戴着一双白色手套，蓄着仁丹小胡子，脸色灰白而麻木，毫无表情。检察官陈光虞宣读了长达两个小时的《起诉书》，历陈谷寿夫在南京大屠杀中所犯下的累累罪行。
在《起诉书》宣读完毕后，谷寿夫拒绝了法庭为其指派的梅祖芳、张仁德两位辩护律师，而是准备自己为自己辩护，并且声称说：“我比律师先生更了解事实真相，也更了解我自己。”
石美瑜法官问：“你对检察官指控你在南京大肆屠杀无辜百姓的犯罪事实，还有什么话说?”谷寿夫同预审时一样，不慌不忙地抵赖说：“军人以服从命令为天职，我奉天皇之命向中国作战，交战双方都要死人，对此，我只能深表遗憾。”
谷寿夫想借此推脱自己的罪责。于是，法庭下令让受害人出庭作证。第一个出庭的是大屠杀中幸存的一名南京建筑工人冯清江，他用自己的亲身经历和手臂被戮伤的伤疤血泪控诉谷寿夫及其部属的罪行。
随后英国《曼彻斯特卫报》驻南京特派记者特伯勒，以自己所写报道当时日军罪行的通讯《现代史上破天荒的残暴记录》，作为第二位证人。第三位证人是美国《纽约时报》驻南京记者杜廷，他的通讯稿《南京大屠杀目睹记》客观记录了日军在草场门、上新河、紫金山一带屠杀8万多名中国平民，以及强奸、抢劫的种种罪行。但谷寿夫百般抵赖，矢口否认所犯屠杀的罪行，说什么：“我部是有文化有教养的军人。两军对垒造成的伤亡不可避免。至于百姓伤亡，可能是由于别的部队士兵干的。”对他的一再狡辩，法官请出《陷都血泪录》的作者郭歧出庭作证。
南京大屠杀惨案发生时，郭歧为中国部队文化干事，他根据自己的亲眼所见写了这篇5000多字的《陷都血泪录》。该文首先发表在《中央日报》，后被日本《读卖新闻》全文转载，用以炫耀“皇军”的军威。这篇文章有专门记载第六师团屠杀罪行的章节，是非常有力的证据。在郭歧的文章被作为证据宣读后，谷寿夫还想狡辩，他继续说道：“不过，我部进驻中华门时，该地居民已迁徙一空，无屠杀对象了”云云，他的这番无耻狡辩，引得旁听席上群情激愤。庭长石美瑜连击几下惊堂木，庭内群众才平静下来，石美瑜待场面安静下来后宣布：“把中华门外万人坑内被害者的颅骨搬上来!”
两名法警将万人坑中挖出的颅骨用麻袋搬进法庭，这些头颅底部的切痕清楚表明，全是被大刀残忍砍下的。
为了让他伏罪，石美瑜庭长拿出在东京预审时，谷寿夫招认并签字画押的审讯记录，还请金陵大学美籍教授史密斯和贝德斯出庭作证，并放映了日军自己拍摄新街口屠杀现场的记录片，以及美国驻华使馆新闻处实地拍摄的有谷寿夫部队暴行的记录影片。谷寿夫在一桩桩铁证面前，张口结舌，再也无话可说，不得不俯首认罪。3月10日下午，审判庭准时开庭。谷寿夫被押至被告席，审判长询问其姓名、年龄后，郑重宣告宣判开始。审判根据《国际海牙陆战条例》和远东国际军事法庭处决战犯的有关条款，由庭长石美瑜宣读了叶在增执笔写的《对战犯谷寿夫之判决书》，判处谷寿夫死刑。3月18日，南京审判战犯军事法庭将对谷寿夫的判决以及谷寿夫的《申辩书》一并呈交南京国民政府审批。4月25日，南京国民政府正式批示：“讯证明确，原判依法从重处以死刑，尚无不当，应予照准。”
在这期间，视别人生命为草芥的谷寿夫，想到自己已命不久矣，凄凄哀哀地准备着自己早就应该料到的那一天的到来。
他在囚室里，给妻子留了一首绝命诗《赠清子》：
樱花开时我丧命，痛留妻室哭夫君。
愿献此身化淤泥，中国不再恨日本。
然后，他请求看守所所长，借来剪刀，剪下自己十个指头的指甲和三束头发，按日本的传统，将这些连同写完的绝命诗一同封在一个白色用手帕做成的小袋里。4月26日上午，谷寿夫被押解到南京雨花台刑场执行枪决。早晨9时30分，脸色灰白、神情木然的谷寿夫，被两个宪兵押上法庭。10时整，检察官告知谷寿夫：“核准执行命令已到，今日执行。你也应该明白，这是对你最公平、合理、合法的判决，你还有何遗言，现在就说。南京大屠杀主犯谷寿夫被处决”他再次给妻子写了几句遗言，最末二句为：“身葬异域，魂返清乡。”接着，谷寿夫从衣服口袋里掏出事先缝好的那只白色小口袋，递给检察官，有气无力地低声说：“这里面有我的头发、指甲和一首诗，请先生转寄东京都中野区富士町53号我的家属。让我的身体发肤回归故土。”
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