无论对什么人来说，管理世界第一大强国都是一项艰巨任务。在小布什连任美国第44任总统之后，一系列的挑战摆在他的面前。
伊拉克战争的后续问题依然有待小布什政府来解决。目前实施的以伊制伊，让伊拉克新政府和安全部队来对抗反美武装的策略不甚理想。
反恐将是小布什未来的施政重点。早在2002年，小布什就发表了他著名的“邪恶轴心国”演说。他把伊拉克、伊朗和北朝鲜三国贴上了“恐怖主义”的标签，并把它们列为美国和全世界敌人的阵营。他 “先发制人”式的国家安全策略使其在2002年底运用到伊拉克上，尽管美国国会和大多数美国民众都一致拥护布什发动战争，但随着美军在伊拉克伤亡人数的增加以及伊拉克重建的大笔花费，也让部分美国民众怨声载道。在未来的日子里，“战争总统”小布什是否还会发动战争？
经济上，虽然美国的经济一直有着增长的势头，但就业问题依然未能得到很好的解决。在小布什的上个任期内，美国人的就业岗位减少了80多万个。
在外交上，“单边主义”使小布什政府与欧洲盟友们出现了不太和谐的声音。在改善与法国、德国等国家的关系上，小布什要动些心思。另外，中东和平的问题也让小布什大伤脑筋。
2005年8月，飓风“卡特里娜”袭击了美国。几乎完全淹没了美国南方城市新奥尔良，造成惨重的生命财产损失。死亡人数达到近千人，经济损失则可能达到创纪录的千亿美元。经济学家指出，这可能抑制2006年美国经济增长，进而对全球经济造成影响，最严重的威胁是推高能源价格特别是汽油价格的上涨。布什承认，“卡特里娜”飓风暴露了美国各级政府应急反应能力中的严重问题，并于9月13日首次公开为飓风救灾工作不力承担个人责任。