商业模式遭质疑
百度所面对的另一挑战来自于自身。搜索竞价排名的商业模式既是百度的制胜法宝、盈利关键，又让百度遭来很多质疑甚至诟病。尽管李彦宏早已提出了搜索引擎自信心定律，尽管百度声称对竞价排名的位置有限制、并附有提示，但这也不能排除人们对它的种种不同看法。和讯网CEO谢文曾表示，目前百度竞价排名的结果与搜索结果混在一起，让人很头痛。而搜狐副总裁王建军此前也表示，竞价排名在中国要面临恶意点击的困扰。因此，这一模式能否在中国市场长期立足下去还有待时间的检验。
有极端的观点把百度的竞价排名比作是一剂慢性毒药。它认为，人们使用搜索引擎的目的本是为了获得对自己真正有价值的信息，而不是竞价排名的结果。竞价排名使得搜索出来的信息偏离了搜索的本意，人们需要的信息往往在几十页面之后。长此以往，将导致人们最终离开百度，因为人们无法从百度方便快捷地获得自己真正需要的信息。
甚至有Google的推崇者表达了对百度“搜索精神”和“游戏规则”的拷问。此观点认为，Google在商业上的成功来自于它对“搜索精神”的追求，Google每天要接受两亿多个搜索请求，平均在0.2秒钟内扫描30亿个网页，对36种不同的语言进行搜索，而这些有关连接状况所反映的重要性或普及程度对其浏览过的网页进行合理排序，在互联网上连接这一页面的重要网站越多，该页面的位次也就越高——这显然是神奇的技术驱动而形成的模式，而在技术的背后则代表了一种本质的“搜索精神”：尊重信息客观的来源、重要性和准确性，没有任何外界、主观和人为的因素操纵信息的生成。而对百度的搜索竞价排名则给予了质疑，它认为排在百度搜索最前面的信息背后代表的是付费厂商或机构的利益和需求，而且在搜索热门关键词时，用户还经常需要一页一页地越过那些冗长的付费广告，才能真正找到他们需要的信息。因此，对于百度这种企图用付费广告来代表网民的搜索意志的做法，此观点认为这是与真正的“搜索精神”背道而驰。
不过李彦宏对他的竞价排名显得非常有信心。他更看重的是这种模式可以让广告的商家很精确地找到它的客户，他对自己这种革命性商业模式的前途显得很有把握，并宣布百度将长期致力于此。这其实就是一个如何平衡科学技术与商业利益的问题。这也是一个困扰着高科技产业的经典问题，而它在搜索引擎身上、在百度身上表现得格外明显。对于这个两难命题，Google AdWords关键词广告的做法是让广告出现在右侧，独立于左侧自然搜索结果。但是它的这种广告与用户输入的关键词匹配的做法虽然在全球取得了好的成绩，却似乎并没有给它在中国带来多大的收益。
同样，Google的关键词广告也面临法律纠纷。2005年1月，法国巴黎地区法庭作出判决，禁止Google及其法国子公司出售与路易威登LV商标相关的搜索广告。同时，法庭判定Google赔偿25.7万美元。由于欧洲的法庭比较倾向于保护商标拥有人，所以此举判决给Google的广告前景带来了阴影，至少在欧洲如此。而被指遭侵权的广告多与Google的关键字搜索——Adwords服务有关。 网络搜索已经成为许多人寻找产品与服务的主要方式，Google的营收有98%来自关键词广告的链接，而许多这种类型的广告都会与产品或服务的品牌或商标相关。百度公司市场部相关人士称，百度公司现在没有类似的广告侵权纠纷。
营销渠道隐藏危机
Google在中国的三家广告代理已经全部在媒体面前亮相，并且将首次启用关键词广告服务销售代理制。虽然这几家广告代理商开展的服务更多地只是针对中小企业，但是相比于Google之前在全球市场采用的直接销售方式而言，它在中国市场采用直销和代理相结合的办法，至少表明了Google本地化的决心和力度。
同时，这也将使得百度本土化的营销模式面临挑战。有这么一句话：打败别人的最好方式是模仿别人。姑且不论是否最好，至少这句话是有道理的。Google就这样做了。中企动力、中资源、上海火速这些国内代理机构成为Google在中国的代理商。随着时间的推移，百度本土化营销的优势将越来越小。当双方的营销差距越来越小后，起决定作用的将是提供服务的核心内容。不过，相比之下，完整的本地化销售网络和渠道是百度花费两三年时间精耕细作、辛苦耕耘的结果，而Google要重新打造销售渠道也需要时间。
另一方面，百度的营销渠道自身也隐藏着某种危机。不久前百度调整了代理商策略，从前消费者是向百度的代理商付费，然后代理商再按照协议按比例向百度回款；经过调整，目前百度的渠道政策是有需求的消费者直接付款给百度，百度再对代理商进行一定比例的返点。百度这样做的意图何在呢？
其实，上下游之间的角力是渠道永恒的主题。无论是中国最大的搜索服务提供商百度，还是刚刚进入中国市场的Google，一旦选择了代理商体制，就都不得不面对搜索服务商与渠道商之间相当复杂的关系：代理商需要依赖服务商的产品，代理商的努力程度决定了服务商的收入，同时代理商自己的前途又掌握在服务商的手里，它本身不具备关键产品和核心竞争力。门槛不高也使渠道在供代关系上更为弱势。成为渠道商其实很容易，只要是有销售能力的员工熟悉一段时间业务后，就可以跑出去自己做代理商，这样往往导致渠道的发展速度远远超过搜索引擎运营商的发展速度。
对于百度广大的代理商而言，“千万大奖”永远只是高悬于渠道金字塔的顶端。在渠道末端的代理商一方面在以“扫街”等传统的方式发展着用户，另一方面其利润也非常微薄。按照规定，百度的各级代理享有不同的折扣和支持，那些不在核心代理名单之列的代理商的盈利状况可能并不乐观，但如果他们搞些小动作，倒也存在高利润的可能。
在电话暗访某北京代理商时，询问可否给自己的上海分店同时做广告，业务员爽快地答应：“没问题，哪个地方的都能做！”这种跨区销售是百度明令禁止的一种做法，因为它会损伤地区代理商的积极性。为此百度在技术上采取监管措施，防止类似现象的发生；如果个别代理商在技术上做了手脚，百度还可以通过客户回访，了解到客户的购买渠道。这些违规的代理商一旦被发现，轻则被经济处罚，重则被取消授权。百度表示，自己有一套有力的渠道监督体系，可以保证渠道体系的健康发展。
渠道建设和管理是百度不得不面对的一个大难题，因为即使是在传统行业，也没有谁能够建立一个无懈可击的渠道体系。但是与传统行业相比，百度认为自己是拥有优势的，因为百度的竞价排名需要经过其后台服务器，所以这个商品存在于一个闭环之中，至少可以保证它的功能性是完备的。而在传统行业，从商家到买家一般是线性单向的，中间的商品很可能是质量不过关的假冒伪劣产品，这正是传统行业无法解决的一个问题。