外科手术式的用人
当然，魏孝文帝的改革不可能一帆风顺，尤其是他的汉化政策更是遭到了守旧大臣的反对，他驾驭大臣的能力也由此可以看出来了。他首先将都城从平城迁到了洛阳，不但有利于更好地接触华夏文明，并且使得守旧大臣脱离了根据地，减小了改革的阻力。他力图推进改革的时候，鲜卑族元老穆泰坚决反对，守旧大臣拓跋丕、陆觳等人也纷纷响应。魏孝文帝首先让王肃、李冲、崔光等主张改革的官吏向他们陈说利害，做好理论宣传，把穆泰等人反驳到辞穷理尽，然后他就势表示自己改革之意已决，如有反对的，先免其官，再罪其身。
这样，通过软硬两方面的工作，排除了表面的压力，他开始落实各项具体改革措施。然而，穆泰等一班鲜卑元老只是表面上同意改革，暗地里则在阻碍改革的进行。他们利用太子拓跋恂对平城的留恋，鼓动拓跋恂反对迁都，反对改革，并且要跑回平城。魏孝文帝为了巩固改革成果，当机立断，下诏废太子为庶人。后来，拓跋恂又联络一些反对派，意图造反，被魏孝文帝察觉，他为了震慑朝廷中的反对派大臣，扫除改革障碍，于是下了狠心，将拓跋恂毒死。穆泰等人并没有引以为戒，而是联络了一批人在平城起兵叛乱。魏孝文帝统领宿卫军精兵出巡平城，捕杀大批反对派，终于把政变镇压下去，彻底肃清了反对势力，改革才得以顺利进行。
在这个过程中，魏孝文帝在处理手下反对派的时候，并不是一开始就除之而后快，而是软硬兼施，以图使他们和自己走到一起来。在自己的儿子违背了改革意图的时候，照样给予惩罚。看到反对派危害到自己改革的时候，他果断地痛下杀手，没有拖延，扫除了障碍。
魏孝文帝死后，庙号高祖。他的改革在历代史家那里评价不一，但是魏收在《北齐史》中给了他很高的评价，多次提及他重视士人，说他“爱奇好士，情如饥渴。待纳朝贤，随才轻重，常寄以布素之意”。