在联想局中，倪光南曾扮演过一个至为关键的正面角色，但是1993年开始胶结的矛盾在1995年夏天演变为一场战争，倪光南以失败者的身份灰溜溜地告别了联想。他的弱者形象容易引起同情，而他坚忍不拔和锲而不舍告状的行动，又给人以英雄的幻象。
倪光南通过组织告状，能告之处他几乎全告了。有关部门按照党纪进行调查，这些部门至少包括中央纪律检查委员会、国家监察部、国家审计署和中国证监会。1997年，倪光南的状子抵到了朱镕基和罗干那里，朱镕基和罗干均做了批复，罗干的批复是：“采取有力措施查清有关问题并向国务院报告查处结果。”
7月，中科院配合国家审计署和监察部，组织了院监察、审计、高企等司局，配备财会人员共13人，由党组副书记亲自带队，赴香港对柳传志和香港联想进行了调查。8月22日，中国科学院做出《关于香港联想有关问题调查结果的报告》。在这份“秘密”文件中，科学院结论是：“联合调查组报告中提出的问题，均系统工作中的不足和问题，调查中没有发现个人（包括港方人员）违法违纪问题。”
而在此前的8月31日，联想集团公司董事会出据了一个“机密件”《对倪光南同志反复举报联想集团总裁柳传志同志一事的说明意见》，其中说：“我们认为，倪光南同志的做法，出于个人目的，已超出正当行使公民权利的范围。在倪光南同志离开北京联想领导班子以后，公司的营业额和利润连续三年均超过100%的增长，也进一步说明了联想的领导班子以及柳传志同志的经营管理水平和对国家对公司的突出贡献。”
“机密件”说：“即使我们非常小心，也难免出现失误，如果再有人死盯住不放，不断从工作中挑出毛病上纲上线，那么企业的领导人只有两条出路，要么辞职，要么就任何事情都不要做，和企业一起坐以待毙。”
早在1995年，柳传志曾获得一个自辩的机会，他说：“对倪光南同志告状的内容，我并不完全了解，但我相信，我所做的事情，无论动机还是效果，都是经得起检查的。……令人难以理解的是他由于工作中的不同意见，两次采取告恶状的方式，用莫须有的罪名，甚至他自己都未弄清楚的问题对我向上告状，上纲上线，要把人置于死地。如果有了不同意见以后，他就用这种‘文化革命’的方式处理问题，我除了辞职以外，不可能再有其他道路。用这样的方法折腾联想集团，用不到两年就会彻底垮台。因此请倪光南同志离开联想是惟一的办法。”
倪光南最终离开了联想，但他持续的上告不仅让柳传志委屈、羞辱、痛苦和愤怒，也打乱了整个联想的布局。1994年倪光南的爆发使柳传志匆忙离开香港，直接引发了香港联想的大亏损，1997年的上告则使联想南北整合因“老问题没有查清”而遭到证监会的抵制。最终北京联想向香港联想注资整合推迟半年多，整合之后股市狂跌，损失惨重。
凡事有其弊必有其利。正是因为细致调查，中国科学院对“倪光南事件”有了清晰认识和判断，曾经对联想颇为反感的事情有了底，严义埙副院长也因调查柳传志，逐步了解联想和柳传志，而成为其坚定的支持者。
倪光南1997的告状先遵守组织原则，他先向曾茂朝递了状子，说柳传志在上市时逃走了1.2亿资金。
曾茂朝后来回忆说，他当时问倪光南：“这条你不是要让他掉脑袋？”
倪光南说：“我就是要将他送进监狱去。”
曾茂朝说：“联想发展到今天不容易，罪与非罪的界限国家是清楚的，他够不上犯罪。你将柳传志搞下来，联想怎么办？”
倪光南说：“联想好办，找个年轻人。”
曾茂朝说：“你来搞也不成，你没有柳传志那几下子，仅向银行借钱，你就借不来。”
曾茂朝说他曾试图通过倪夫人劝倪光南收手，倪夫人的答复是：“王宝森都能拉下来，不信他柳传志拉不下来。”
倪光南后来并不承认有过这场令闻者胆战心惊的对话。但从1997年开始，倪光南近乎偏执和疯狂的告状的确牵连了太多的人。