1942年3月11日傍晚，鱼雷快艇指挥官约翰·巴尔克利将PT－41号鱼雷快艇开进了科雷吉多尔港。甲板上高高地堆放着备用的汽油桶。乔纳森·温赖特少将，来到码头最后检查一下准备工作情况，并准备同麦克阿瑟等人告别。麦克阿瑟走后，巴丹和科雷吉多尔的部队由他指挥。挂着四星徽章的高级轿车很快开来了。麦克阿瑟只带7公斤重的小箱走下车子，看上去面容疲惫憔悴。每个随员只许带一个箱子和一个装罐头的食品袋。在快要离开时，麦克阿瑟让赫夫把四星徽章从车上摘下来一起带走。
同温赖特告别，令人感到心酸。他们两个人握过手，麦克阿瑟将一盒香烟和两瓶刮脸膏作为礼物送给温赖特。他说：“如果我能到达澳大利亚，你知道，只要有可能我会尽快回来的，能带来多少部队就带来多少。你得在这里坚守。”然后，麦克阿瑟举起他的软战斗帽，向送行的人致意告别，便登上了鱼雷快艇。
巴尔克利指挥的PT—41号鱼雷快艇上的乘客一共有9人：麦克阿瑟、琼、阿瑟（带着他心爱的玩具兔子）、阿珠、赫夫、萨瑟兰和其他三名军官。他们都在拥挤的快艇后部安顿下来。巴尔克利启动发动机，驾艇小心翼翼地穿过了海湾出口处的布雷区。在预定的集合地点同其他3艘鱼雷艇（PT－32、34、35）会合了。它们载着另外13名乘客，其中有麦克阿瑟的情报官查尔斯·威洛比、通信官斯潘塞·艾金和海军少将弗朗西斯·罗克韦尔。
那是一个漆黑的夜晚，鱼雷快艇高速航行在茫茫的大海上。因为阿瑟和阿珠占了铺位，麦克阿瑟和琼只好坐在下层后舱木地板上。赫夫回忆说鱼雷快艇像“软木塞”一样在海面上颠簸着。除琼和赫夫之外，其他人都晕船，现出一副可怜相。此时，麦克阿瑟对决定乘鱼雷快艇撤退，说不定已开始后悔了。
4艘鱼雷艇仍然保持着密集队形，向塔加瓦延开去，那是一个未被日军占领的小岛。要是日本舰只发现了他们，按计划巴尔克利将高速逃离，其他3艘则去迎战。可是后来在黑夜里，4艘鱼雷艇在大海上相互间失掉了联系，各自单独向预定集合地点航行。所幸的是谁也没有碰上日本舰只。
次日清晨，在黎明的微光中，PT－32号艇的艇长看见似乎有一艘日本驱逐舰快速追过来。艇长反应迅速，立即清理甲板准备战斗。他丢弃了备用的汽油桶，准备好了鱼雷发射管。这时乘坐该艇的艾金将军劝告艇长要在确实弄清情况后再开火。他照办了，也幸亏这么办了。他们很快弄清，所谓“驱逐舰”却是巴尔克利的PT－41号鱼雷艇。
由于途中PT－32号和PT—41号艇的发动机都出了故障，他们在下午5点左右才到达塔加瓦延。另一艘鱼雷快艇PT－34（罗克韦尔在艇上）已在那里等候。但鱼雷快艇PT－35号，却不见踪影，原来它已独自驶向最终目的地棉兰老岛的卡加延去了。
原计划“大鲹鱼”号潜艇在当天晚上到达，接他们去澳大利亚。因罗克韦尔海军少将预言那天夜晚海上会比较平静，于是他们决定继续乘鱼雷快艇去卡加延，而把燃油不足的PT－32艇留下，以便潜艇到达后，把麦克阿瑟一行已乘鱼雷快艇前往棉兰老岛的消息告诉艇长。
下午6点30分，PT－34和PT－41号艇由塔加瓦延启航，向卡加延驶去。启航不久，天还不太亮，巴尔克利发现了一艘日本巡洋舰，两艘鱼雷快艇立即高速逃去。显然他们未被发现，但敌情是确实无疑的，两艘艇上的人都紧张异常。那天夜里海上风大浪高，令人胆战心惊。麦克阿瑟又晕船了。
后来，赫夫回忆说，那天晚上他经历了一生中“最不可思议的两个小时”。大约在午夜时分他刚打了个盹，麦克阿瑟把他叫醒了，滔滔不绝地同他说了两个多小时。麦克阿瑟回顾了近6年来在菲律宾的工作情况，他为加强防御力量所做的努力，战争的爆发和吕宋的抵抗运动。他大概“把想到的话都说出来了”。赫夫回忆说，此事“有点离奇”，“很富于戏剧性”，“很使人伤感”。“他一定是认为自己被人们从顶峰上推了下来”。
那天晚上，他们又未能按预定时间到达目的地。拂晓时，他们距卡加延还有3个小时的航程。大家都警惕地注视着空中和海上，看是否有日军的巡逻飞机或舰只。靠近港口时，他们还不敢肯定那里是否已落入日本人的手中。
鱼雷艇驶进港口后，大家祝贺巴尔克利出色地完成了任务，他们这次通过敌人控制的水域，航行了近900公里。不久，他们看到PT－35号鱼雷艇也到达了，大家都松了一口气。
驻卡加延的美国陆军司令威廉·夏普准将告诉他们说，虽然日军就在附近，可是德尔蒙特机场仍然可以使用；但澳大利亚派来的3架破飞机，途中坠毁1架，因故障返航一架，剩下那架勉强飞到这里，但已不适合执行这项任务，打发它回去了。
尽管日军就在附近，他们也只好在卡加延等待。麦克阿瑟气得暴跳如雷。他发电报要求派安全的飞机来接他们。他们等了三天半，在澳大利亚的美国海军起先不理睬麦克阿瑟的要求，最后才勉强派了3架崭新的B－17飞机来。飞机于3月16日傍晚到达德尔蒙特。经过近1500公里的飞行之后，飞行员们都精疲力竭了，但他们喝过咖啡后，很快便载着麦克阿瑟一行起飞了。
快飞到澳大利亚时，他们得到消息，说日军飞机正在空袭他们要降落的达尔文机场。于是飞机调头飞往距达尔文80公里的巴切勒机场。他们于3月17日9点30分着陆。以后他们转乘飞机和火车，到达了澳大利亚南部的墨尔本。在途中，应记者的要求，麦克阿瑟发表谈话：
“就我所知，美国总统命令我冲破日本人的防线，从科雷吉多尔岛来到澳大利亚，目的是组织对日本的反攻，主要目标之一是解放菲律宾。我现在脱险了，但我会打回去的。”
麦克阿瑟逃离科雷吉多尔的消息立即成为人们谈论的中心，成为二次大战期间一个鼓舞人心的故事。当时是美国历史上暗淡的时期，军事上一事无成，麦克阿瑟竟然耍弄了狡诈的日本人，使大家感到很兴奋。再加上罗斯福授予他荣誉勋章，更给他的事迹增添了光彩。
到澳大利亚以后的一段时间，是麦克阿瑟一生中最为消沉沮丧的日子。虽然他获得了崇高的荣誉，像他父亲一样获得了荣誉勋章（这种父子都获得荣誉勋章的事，在历史上是绝无仅有的），在澳大利亚又是一个路人皆知的英雄，可实际上，他内心正在忍受着痛苦的煎熬。
麦克阿瑟来到澳大利亚时，本来满怀希望地想从这里率领一支强大的军队打回菲律宾去，解救被围困在巴丹和科雷吉多尔的部队，可是他所看到的却是另一番景象。在整个澳大利亚，只有不到2.5万名陆军和空军人员，而且大部分是工兵和后勤部队，甚至连一个作战师也没有。空军总共只有大约250架飞机，仅有一小部分能用。盟国海军有6艘重巡洋舰和轻巡洋舰，以及美国亚洲舰队的25艘潜艇。这些潜艇都需要彻底检修；艇长和乘员经过4个多月的战斗生活都感到精疲力竭了，大肆吹嘘的所谓超级鱼雷其实根本无用，也使士气一落千丈。
大话他已说出去了，可现在他这个光杆司令拿什么打回去呢？那时就有人称他为“坐冷板凳的将军”。新闻记者克拉克·李曾这样写道：
“当将军发现在澳大利亚的军事力量是那么薄弱，毫无希望援救他在菲律宾的部队时，确实感到大吃一惊。……他常常既伤感又无可奈何地说道：‘上帝怜悯我们吧。’”
当时，不要说没有反攻的兵力，就连澳大利亚自身也处于危险之中。日本人除了在婆罗洲、苏门答腊、爪哇和帝汶岛横行外，还占领了澳大利亚的领土新不列颠。他们以新不列颠为前进基地，继续用武力向西南和东南推进。他们在新几内亚的莱城和萨拉茅阿建立了基地，入侵布干维尔岛，并直接威胁澳大利亚前哨基地莫尔斯比港。日军占领所罗门群岛，对盟军从夏威夷至澳大利亚的海上通道和各补给基地，都是致命的威胁。
只有700万人口的澳大利亚随时都可能遭到日本人的侵袭，恐惧笼罩在人们的心头。澳大利亚的军事防御力量本来就薄弱得可怜，仅有的一点队伍又大部分是民兵，根本不可能击退日本人的进攻。当时，澳大利亚军事决策人已经准备撤退到“布里斯班防线”一带，把澳大利亚约3/4的领土拱手送给侵略者。这样一来麦克阿瑟不但没有营救出他在巴丹的部队，反而面临着这样一个令人痛心的现实，即澳大利亚本身也有可能变成另一个巴丹。对这个失败主义的消极战略，麦克阿瑟是坚决反对的，作为久经沙场的一员老将，他深知大敌当前，只有坚定信心才能取得最后胜利。
到墨尔本后不久，麦克阿瑟曾驱车500多公里，到堪培拉会晤澳大利亚总理约翰·柯廷。因为有共同的利益把他们联系在一起，他们的会晤取得了圆满成功，达成了“通力合作，坚持到底”的共识。在为麦克阿瑟举行的宴会上，他发表了讲话：“我们深信我们将取得最后胜利，这是任何人都阻挡不了的。为了实现我们共同的奋斗目标，我今晚在这里，向各位明确表示我们誓死夺取胜利的决心。”
此后不久，麦克阿瑟领导制订了一个积极的防御计划。这个计划的要点是：把防线推移到巴布亚东部，在新几内亚的欧文·斯坦利岭阻击敌人，即是在境外进行保卫澳大利亚的战斗。这个作战计划使人们受到鼓舞，也使军界一些人士感到困惑，因为预定的战区自然条件极为恶劣，实现这个计划的可能性不大。关于这个计划，麦克阿瑟后来写道：“这是我最困难，最危险的决定。它后来成为世界上最具战略意义的决定……一切都按着我的预计实现了，澳大利亚因此得救了。”
按照官方的说法，麦克阿瑟虽然人在澳大利亚，但仍然负责指挥巴丹、科雷吉多尔和菲律宾其他地区的部队。他也有十分正当的理由要求保留他的指挥权。如果把指挥权交给温赖特，当温赖特被迫投降时，温赖特就有权下令让美国在整个菲律宾的所有部队投降。只要麦克阿瑟还掌握着全部指挥权，温赖特就只能让巴丹和科雷吉多尔的部队投降，而其余的部队还能继续坚持战斗。
华盛顿显然不赞同这种观点，不然就是对麦克阿瑟不予理睬。3月20日，陆军参谋长马歇尔在未告知麦克阿瑟的情况下，就在一份送给温赖特的电文中，称他为“美国陆军远东总司令”。麦克阿瑟得知此事之后，向马歇尔提出抗议，陈述他的看法。马歇尔电告他“并没有把他解职”，但认为他在澳大利亚指挥美国在菲律宾的部队是不现实的。麦克阿瑟用外交语言告诉马歇尔，他“打心眼里赞同”华盛顿的安排，但在私下里他却感到十分愤怒。
1942年4月3日晚上，已得到增援的日军在飞机、大炮狂轰滥炸之后，开始向巴加克—奥里翁一线大举进攻。此时的巴丹守军已被恶劣的自然环境和饥饿拖垮了，个个骨瘦如柴，有的连枪都举不起来了，哪里还有战斗力。在日军的猛烈进攻面前，他们毫无还击之力，纷纷弃阵而逃。温赖特部队在巴丹的司令官小爱德华·金少将报告形势危急，他的部队无法再坚守了。
罗斯福总统在2月间颁发的“不准投降”的命令还没有解除，麦克阿瑟又从澳大利亚电令温赖特，“在任何情况下”都不许投降。“如果食物弹药不足”，麦克阿瑟说，“你们可以对敌人发动一次进攻，从敌人那里夺取。”同时附上一份详细的进攻计划。麦克阿瑟又向马歇尔报告说，他准备返回巴丹，亲自率领部队进行反击。尽管已毫无希望了，温赖特把这一切都转告了金少将，要求他立即进行反攻。金少将在冷静地分析情况后，认为不但反攻是不现实的，连守住阵地都很困难了，他的阵地已被日军分割，部队正在溃散。
4月8日下午，金少将发出了绝望的呼喊：“我们已经不能进行抵抗了！”到了午夜，为了挽救部下的生命，他命令在早上6时挂起白旗投降。他事先没有请示温赖特，因为他不想让温赖特承担责任。
4月9日早上，美菲军阵地上挂起了白旗。9时，金少将乘车去日军司令部，把手枪放在桌子上，就这样有7.5万人的美军投降了，这在美军历史上是没有先例的。
虽然是意料中的事，但巴丹美军投降的消息得到证实后，麦克阿瑟还是感到震惊、气愤和沮丧，并且无计可施。
这7.5万名饥病交加的俘虏兵，被日军驱赶着在丛林中长途跋涉100多里前往圣费尔南多战俘营。一路他们很难得到食物，坚持不住的，不是弃在路边就是被刺刀挑死。这次可怕的“巴丹死亡行军”，夺去7000多名战俘的生命。
麦克阿瑟得知“死亡行军”的详情时，伤心得流下了眼泪，他发誓要打回巴丹，报仇雪恨。为此，他把自己的“吉恩”号专机改名为“巴丹”，连司令部的代号也叫“巴丹”。当后来他的部队在布纳取得第一次胜利后，他只说了一句话：“在巴丹阵亡的将士今晚可以安息了。”
日军保间中将继续小心翼翼地向前推进，一直等到5月5日，他才率部登陆。那时，罗斯福已经放弃了“决不投降”的政策。5月6日中午，温赖特下令在科雷吉多尔升起白旗。
正如麦克阿瑟所担心的那样，保间要求温赖特命令菲律宾的部队全部投降，不然，就要屠杀科雷吉多尔岛上的1.1万多人。5月7日，温赖特通过无线电命令整个菲律宾的美国部队全部停止抵抗。麦克阿瑟被激怒了，他要求剩下的部队不惜一切代价继续战斗。他电告在棉兰老岛的夏普将军：“温赖特将军发布的命令无效。”他还给马歇尔发电报说：
“我相信温赖特不过是一时失算，他的处境使他容易被敌人利用。”但这一切都是徒劳的。夏普和别的人都投降了——他们害怕在科雷吉多尔的部队遭受大屠杀。
麦克阿瑟在菲律宾的部队完蛋了。他认为温赖特没有做任何努力去抵抗，所以不能原谅他。当华盛顿建议给温赖特颁发荣誉勋章时，麦克阿瑟持反对意见，他认为别的人更有资格受领。由于马歇尔和陆军部长斯廷森坚持，温赖特还是得到了那枚勋章。
在麦克阿瑟还没有从驻菲美军投降的打击中恢复过来，他又受到一次新的打击。他曾经猜测，他会被任命为整个太平洋战区的最高司令官，由他单独指挥对日作战。马歇尔将军原来也是这么打算的，但是海军上将金认为，太平洋战争在很大程度上是一场海战，他不信任麦克阿瑟，因而反对这项任命。他认为，太平洋战区应当由一名海军将领来指挥。结果达成一种妥协解决方式，英美联合参谋部把巨大的太平洋分成两个独立战区：驻珍珠港的切斯特·尼米兹海军上将指挥的太平洋战区和麦克阿瑟指挥的西南太平洋战区。这样一来，麦克阿瑟就要与一位资历不深的海军将领平起平坐了。这个地位比他预计的低多了，这使他感到难以忍受。
麦克阿瑟认为，华盛顿一直在耍花招，先是让他离开他在菲律宾的部队，去澳大利亚寻求根本不存在的援助。华盛顿方面从他手中夺去他在菲律宾的指挥权，交给了温赖特，这个人不去进攻，却反而可耻地投降了。华盛顿曾让他相信他将指挥太平洋战区，而后却又让他自己和尼米兹平分秋色。他真正拥有的，不过是澳大利亚未经训练的少量部队，而这块大陆本身也在受到威胁，即使他能守住澳大利亚，也要好多年才能打回菲律宾去。在气头上，他甚至指名道姓地攻击马歇尔，说海军部是个“阴谋小集团”，还说过，他最凶恶的敌人“不是在前线，而是在我背后的华盛顿”。
麦克阿瑟在墨尔本住了下来，在澳大利亚设立了军事指挥中心。他和琼、阿瑟、阿珠，以及他的参谋人员住在孟席斯饭店六楼。
麦克阿瑟一家常常应邀出席社交活动，在公共场合露面和发表谈话，但是除了与澳大利亚总理约翰·柯廷有密切的私人交往和工作关系之外，他们基本上不与别人交往。
在这段接连遇到挫折的日子里，麦克阿瑟对儿子更加关注了。赫夫回忆说，将军从在菲律宾时就开始了，每天早晨都要给阿瑟一件新礼物，实际上是两件同样的礼物，以便阿瑟能把一件给他的小伙伴。“有时我们很难找到不同的礼物”，但是因赫夫同国内一家玩具公司的一个海军老伙伴保持着联系，解决了这个问题。
除了家庭生活之外，麦克阿瑟的活动范围就局限在他的司令部了。以萨瑟兰为参谋长的参谋部几乎全都是由“巴丹帮”的人组成的，他们像琼一样以麦克阿瑟为中心，组成了一个怨恨和怀疑“外人”的排外集团。
