当总司令部终于意识到布纳处于危险境地时，麦克阿瑟急忙采取措施抗击日军的入侵。他命令善于打硬仗的澳大利亚第7步兵师开赴巴布亚，并让澳大利亚的西德尼·罗厄尔少将指挥巴布亚的所有部队。
这时，“卡斯特”密码破译人员在侦听拉包尔频繁的通信联络时发现，日军正打算在莫尔斯比港右翼的米尔恩湾实施登陆。因为那里有一个比莫尔斯比还优良的港口，美军的3个机场已开始在那里修建，所以米尔恩湾一旦落到日本人手中，那对盟军来说就是个灾难。米尔恩湾距莫尔斯比港只有370多公里，从那里出发，日军可以轻易地在莫尔斯比实施两栖作战。日军轰炸机从米尔恩起飞可以轰炸澳大利亚东北部、莫尔斯比港、瓜达尔卡纳尔，甚至布里斯班的新建空军基地也在其攻击范围内，这将对盟军构成严重的威胁。
这一次，麦克阿瑟对“卡斯特”密码破译人员搜集到的情报很重视，采取了防范措施。他命令澳大利亚第7师的一个旅同支援部队一道赶到米尔恩湾，使那里的总兵力达到9500人左右。一位具有战斗精神的澳大利亚人西里尔·克洛斯少将指挥这支部队，向罗厄尔将军负责，那时他已经在莫尔斯比港设立了司令部。这一切都是在高度保密的情况下进行的，这样就不致使日本人怀疑他们的密码已被破译。
这一次，由于严重地低估了盟军在米尔恩湾的防御力量，日本人上了当。8月25日，他们派1500人实施登陆时，遇到了盟军的空袭和地面部队的顽强抵抗。4天后，日军又派出约800人的增援部队登陆，还是无济于事。经过大约一个星期的激战之后，日军命令残部全部撤退，在海滩上留下了600具尸体。
9月5日，就在日军从米尔恩港败退的同一天，堀井富太郎却率部沿科科达小路又向前跃进了一步。尽管丛林密布，小路崎岖，后勤补给极为困难，还受到澳大利亚军队的阻击，堀井还是取得了很大的成功。
在军事形势仍令人感到担忧的时候，麦克阿瑟撤换了陆、海、空三军司令官。其中海军司令是一个无足轻重的人，而其他两个人，后来成为麦克阿瑟的得力助手，在麦克阿瑟的战斗生活中都是举足轻重的角色。直到战争结束，他们与麦克阿瑟一直同舟共济。
麦克阿瑟的海军司令利里中将由阿瑟·卡彭德上将接替。他平庸无能，好管闲事，对麦克阿瑟没有多大帮助。他的任命是金海军上将轻视麦克阿瑟的又一表现。第一流的海军军官都被派给尼米兹或大西洋舰队去了。在那些岁月里，“麦克阿瑟的海军”只能得到平庸之辈。以澳大利亚为基地的盟军海军主力仍然是潜艇，现在已增加到大约31艘。目前指挥这些潜艇的是两名新调来的军官：小查尔斯·洛克伍德和拉尔夫·克里斯蒂。洛克伍德指挥弗里曼特尔基地的20艘潜艇。他正忙于清除那些胆小如鼠的艇长，着手解决鱼雷失效的问题。洛克伍德是尼米兹的人，6个月后，他就离任前往珍珠港指挥尼米兹属下的潜艇部队去了。
克里斯蒂指挥布里斯班基地的11艘老式潜艇。克里斯蒂远比洛克伍德善于交际，他和卡彭德交往甚密，同麦克阿瑟也建立了亲密的工作关系。他后来成为麦克阿瑟海军中的一颗明星。
克里斯蒂的旧式近程潜艇主要偏重于战术上的应用。他们在所罗门群岛和靠近通往拉包尔的南部海路上巡逻，主要依赖“卡斯特”密码破译人员和侦察机提供的情报，来掌握敌舰的活动情况。在巡逻中，这些旧式潜艇用老式鱼雷击沉了日军大型布雷舰，重型巡洋舰和大型运兵舰各1艘。
潜艇曾经在林加延湾使麦克阿瑟大失所望，可如今在澳大利亚，他简直被潜艇的战绩迷住了。
空军领导也作了意义重大的变动。布雷特在懊恼中乘船回国了，接替他的是51岁的乔治·肯尼。肯尼于7月下旬到达，那时正值布纳战役的早期阶段。肯尼有能力，工作认真，精明强干，很快就显示出卓越的才能。
肯尼后来在他著的《肯尼将军的报告》和《我所认识的麦克阿瑟》两本书中谈到他刚上任时的情况。在他首次会见麦克阿瑟时，将军“显得有点疲劳，拉长着脸，神情紧张”，花了半个小时的时间发泄他的不满：“布雷特的人，上校衔以上的军官，一个都不能用”，说飞行员是“对战争毫无贡献的乌合之众”，说他们同总司令部对抗，“简直到了不忠诚的程度”。
肯尼对这些尖刻的指责感到迷惑和惊讶。他坦率地表示将效忠于麦克阿瑟，并把那些碍事的人一扫而光。会见结束时，麦克阿瑟把他的一只胳膊搭在肯尼的肩上说：“乔治，我认为我们会配合得很好的。”
一离开总司令部，肯尼就急忙赶到基地去视察。空军基地“骇人听闻的”混乱状态使他感到震惊。飞行员和地勤人员士气低落，地面上摆满了因缺乏小零件而停飞的飞机。肯尼还了解到，245架战斗机中，只有50架可以飞行；62架B－17轰炸机中只有5架能飞；领取飞机零件需办繁杂的手续。实际执行任务的飞行架次和投弹数，与飞机总数相比，实在低得可笑。飞行员技术水平低，起飞执行任务时，确实能飞抵目标的只是少数人，投弹命中率极低。
肯尼像一阵旋风似地迅速整顿了他的司令部。他撤掉了5名将军和许多校级军官，提拔了恩尼斯·怀特黑德准将任副司令。肯尼雷厉风行的作风激发了大家的工作热情，经过几个星期，能够起飞作战的飞机数量就增加了一倍。
随后肯尼制订了对拉包尔进行大规模空袭的作战计划。当萨瑟兰试图修改他的计划时，他气愤地冲进这位自以为是的参谋长的办公室，用铅笔在一大张白纸上点了一个点，然后对萨瑟兰说：“你对空中力量的了解就是这么一点，而我了解的就是这张纸这么大。”并威胁说：“如果你不同意，咱们就到隔壁去找总司令，看空军的事谁说了算！”在他的坚持下，参谋长只得同意他的计划。
当盟军部队在瓜达尔卡纳尔岛登陆时，肯尼已经牢牢地控制了他的部队。他的飞机从澳大利亚东北、莫尔斯比港和米尔恩湾出击，对敌军进行轰炸、扫射，并同敌战斗机在空中混战。8月7日，他给麦克阿瑟和戈姆利送了一件特殊的礼物。经过最大的努力，肯尼在当天早上派出18架B－17轰炸机飞往拉包尔，这是迄今为止太平洋战争中规模最大的一次猛烈空袭。肯尼声称他的轰炸机摧毁了在拉包尔地面上的75架日军战斗机，在空中击落11架（战后查证，实际没有消灭那么多敌机）。麦克阿瑟得到这个喜讯后欣喜若狂，下令嘉奖有功的飞行员。
8月下旬，总司令部将第1军（美军第32师和第41师已编入该军）交给了56岁的罗伯特·艾克尔伯格少将指挥。他是一个勤奋好学，人缘好，有能力的西点军校毕业生。他是在米尔恩湾战斗最激烈的时刻到来的。
艾克尔伯格将军到任后视察了部队。自4、5月以来，部队一直在澳大利亚进行训练。他来到时，以为这些师都经过丛林战的良好训练，可是，实际上“美军根本没有做丛林战的准备”。有一个士兵向他报告说，在长达数月的备战训练中，他们只进行过一次夜战训练。因为艾克尔伯格将军在报告中提到这些抱怨的话，总司令部认为是在指责他们，感到十分不高兴，后来让他坐了3个多月冷板凳。
当时肯尼定期往返莫尔斯比港，他向麦克阿瑟报告说，澳军司令西德尼·罗厄尔有一种“失败主义情绪”，已对他的部下造成不良影响，若不采取断然措施，我们就可能失掉莫尔斯比港。
为了打击日军，总司令部制定了一个冒险的军事计划。他们准备派澳大利亚部队去增援科科达山道上的守军，然后派一支强大的陆军部队从陆上绕过去，来一个“大迂回行动”。这支部队将穿过欧文斯坦利山脉，翻越一段陡峭山路，从背后袭击堀井少将，迫使他从科科达山道撤退下来。这是一次冒险行动。因为部队要穿越丛林密布的崎岖山道，需要有一条很长的补给线。若是日军在瓜达尔卡纳尔岛迅速取胜，他们就可能把部队调往布纳，用两栖作战围歼这支战线拉得过长的部队。
布莱米将军亲自去莫尔斯比港落实这次具有决定意义的行动，并解除了罗厄尔的职务，以便在澳军部队消除消极影响。为了尽快将部队调到莫尔斯比，肯尼建议将美军第32师的126团和128团空运到莫尔斯比。参谋长不采纳这个建议，肯尼就直接去找麦克阿瑟，得到他的同意，这才有了“美军首次大量空运部队”的行动。
在此期间，瓜达尔卡纳尔岛的日军进展很不顺利。9月12日夜间，日本曾发动一次夺取机场的总攻，两天以后，以失败告终。受瓜岛形势的影响，堀井将军奉命在瓜达尔卡纳尔岛到手之前停止向莫尔斯比港出击。不久以后，因为瓜达尔卡纳尔岛的形势更加恶化，他又奉命从科科达山道撤退，在布纳海滩建立一道坚强的环形防御阵地。堀井大概是历史上最倒霉的一位将军，莫尔斯比港已经在望了，可是现在却要他后撤，前功尽弃了。
堀井开始后撤时，布莱米将军派澳军在科科达山道上追击，并且开始按麦克阿瑟的指示进行“迂回行动”。美军第126团向日军后方迂回行动，并向日军发动进攻，这是麦克阿瑟指挥的美国陆军对日军发动的首次进攻。他们穿过几乎无法通行的山道，翻越了欧文斯坦利山脉。
日军边打边撤，竭力推迟后撤的时间。盟军要赶在堀井的部队撤到布纳之前，把它在平原上包围后歼灭。
眼下虽说艾克尔伯格的部队已经投入了战斗，可他本人还在一旁坐冷板凳。艾克尔伯格在进攻布纳之前曾前往莫尔斯比，准备接受指挥任务，但是麦克阿瑟、萨瑟兰不信任他，让他立即返回澳大利亚去训练他的第41师。作为地位仅次于麦克阿瑟的美军指挥官，竟然不让他参与指挥作战，这简直使他“不敢相信”。艾克尔伯格是位忠诚守纪的职业军官，他服从了命令，坐一架参谋长故意给他安排的破旧飞机离开了前线。萨瑟兰还设法不让艾克尔伯格的名字在麦克阿瑟的新闻公报中出现，以致许多个星期过去了，美国公众对第1军少将军长艾克尔伯格还一无所知。
