日军虽然在海战中遭到惨败，但他们没有就此善罢甘休。他们很清楚，莱特岛战役的胜败，对他们是生死攸关的大事。为了守住莱特岛，日本投入了一切可以投入的飞机，猛烈攻击盟军在莱特湾的舰船和岛上的部队。他们几乎每天都从马尼拉派出护航舰队，向莱特岛后侧的奥莫克运送援兵。疯狂的空袭使金凯德的舰船蒙受很大损失，急需物资的供应受阻，还严重影响了机场和道路的修建。不久，又没完没了地下起倾盆大雨，到处都变成了一片无边的泥沼。

　　大海战后，美军舰队已撤回基地休整，补充给养，空中支援只有靠肯尼了。盟军登陆后7天，到10月27日，肯尼才把34架飞机调到未完工的塔克洛班小机场。但是，机场的修建质量和设备很差，而且雨季到来，天气不利于飞行，再加上日军飞机不断地空袭，使肯尼的空中支援行动受到限制。正是由于这些原因，日军运兵船才得以较顺利地向奥莫克运送增援部队，到11月上旬，日军共向岛上运去5万多名官兵和大量物资。这些增援部队的到来，加之恶劣的天气和泥泞的地面，严重地限制了盟军在莱特岛的作战行动。

　　当时的形势是非常严重的，如果不尽快制止日军的增援行动，莱特岛就会变成另一个瓜达尔卡纳尔岛，美军将被迫在沼泽和丛林里进行一场长期的浴血战斗。麦克阿瑟紧急要求哈尔西的第3舰队回来给予空中支援。哈尔西于11月初，带领他的4个分舰队中的3个回到莱特湾。他对吕宋岛进行了两天的攻击，摧毁439架日军飞机，并轰炸了港口里的舰船，击沉“那智”号重巡洋舰及其他一些舰只。

　　“卡斯特”密码破译人员探听到消息，11月10日—11日夜里，又有一个大型运输船队（15艘船）驶出马尼拉开向奥莫克。麦克阿瑟要求哈尔西派所有的飞机去阻击这个船队。11月11日拂晓，哈尔西派347架飞机，在距奥莫克岛1.6公里的海域发现了这个船队。经过几次攻击，这个船队全部被歼，有1万多名日军官兵葬身鱼腹。

　　在11月的下半个月，哈尔西的飞机反复轰炸了吕宋岛上的机场和港口，击沉了以前受到重创的“熊野”号重巡洋舰、“木曾”号轻巡洋舰、5艘驱逐舰及大约10艘商船。日军飞机和“神风队”也对哈尔西的舰只进行了反击，重创美军的3艘航空母舰。

　　到11月底，空军的情况稍有好转。应麦克阿瑟的请求，尼米兹派来87架陆战队飞机，这些飞机为克鲁格的地面部队提供了有限的空中支援，保护了塔克洛班和杜拉格机场，使其免遭日军飞机在夜里进行的空袭。

　　盟军的登陆部队并未摆脱危急状态。克鲁格的陆军成功地登陆后，便开始陷入泥潭。“泥潭”这个词无论就比喻或字面上的意义来看，都是恰如其分的。由于连降大雨，主要进攻目标莱特谷地变成一片沼泽，日军巧妙地利用沼泽地进行防御，盟军的伤亡情况达到惊人的程度。

　　在塔克洛班陆上指挥所里指挥作战的麦克阿瑟，显得特别勇敢镇定。许多人后来回忆说，他在敌机扫射、轰炸声中，若无其事地主持会议，给他的参谋人员下达指示。麦克阿瑟有好几次险些送命，会议室里弹痕累累，百孔千疮。

　　那段时间，在指挥部里还发生了一件事：萨瑟兰将军把他的秘书，一个澳大利亚女人，带到塔克洛班来了。因为这样做违反了军队的纪律，大家都感到很意外。有传言说，萨瑟兰将军和这个女人关系暧昧，麦克阿瑟被激怒了，同时也担心总司令部出现丑闻，他严肃地训斥了萨瑟兰一顿，并立即让萨瑟兰把那个女人送回国。自此以后，这个自以为了不起，其实最被人看不起、见风使舵的萨瑟兰，在总司令部里便失宠了。

　　11月初，盟军已有10余万兵力参战，与其对抗的是7万多名决心死战到底的日军，战斗比以前任何一次都更艰难、更残酷。

　　到11月中旬，克鲁格的部队已在沼泽地里紧张地战斗了3个星期，精疲力竭，士气低沉。他们什么都缺，尤其缺乏弹药、食品和药品。到11月底，又增派3个师参加战斗，这时盟军在莱特岛上的兵力已达到18万人，但胜利仍然遥遥无期。

　　在困境中，麦克阿瑟富于想象力地提出一个大胆的计划：在正面发起进攻的同时，派兵在奥莫克登陆，切断日军与这个补给基地的联系，从背后分割已在莱特岛上挖沟筑垒的日军。

　　这个计划被批准后，克鲁格派新调来的第77师担任进攻任务。这个师于12月7日，完全出其不意地在奥莫克登陆。在滩头上，他们几乎未遇到什么抵抗，但日军的“神风队”战斗机却使两栖部队的5艘舰船受到重创。日军地面部队从突袭中清醒过来之后，展开了争夺奥莫克的激烈战斗。到12月10日，该港完全被美军占领。第77师继续向前推进，于12月21日与在奥莫克进行正面进攻的第10军会师，这时岛上大部分地区已被盟军控制。12月26日，麦克阿瑟宣布，除了要肃清残敌之外，莱特岛战役可以说已经结束了。

　　费力不讨好的肃清岛上日军的任务，落到了艾克尔伯格将军的肩上。他在圣诞节这一天接替了克鲁格，总司令部已派克鲁格负责计划于1945年1月9日对吕宋岛发起的进攻。对于“肃清残敌”的说法，艾克尔伯格曾愤愤地写道，这种说法太不确切，“为‘肃清残敌’去死是不值得的”。他的部队又用4个月才肃清了莱特岛上的日军。在大约7万日本守军中，总共只有828人被俘，有不到1000人乘小船逃掉了，多数被击毙（或病饿而死），其中起码有三分之一是在所谓的“肃清残敌”中被盟军击毙的。盟军也付出很大代价，共伤亡1.55万人，其中有3500人阵亡。

　　就在过早地宣布莱特岛战役取得胜利之后，麦克阿瑟又得到一颗将军星。当时国会创立了一种新的特级军衔，授予那些战功卓著的将领。马歇尔、麦克阿瑟、艾森豪威尔和“航空兵”的阿诺德均被提升为五星上将。同时莱希、金、尼米兹被提升为海军五星上将。

　　在圣诞节后的第二天，在司令部举行的简单仪式上，参谋人员将新领章钉在将军的衣领上。那领章是用6国的硬币熔化后铸成的，这6个国家都派有部队在麦克阿瑟的指挥下作战。在庆祝会上，麦克阿瑟发表了简短的讲话：“我作为这次战役的总司令，对所有参战的官兵，在最困难、最复杂和最危险的情况下，所表现出来的决心、刚毅和勇气，表示敬佩和感谢！”