剃发令下后，太仓、秀水、昆山、苏州、常熟、吴江、嘉定等广大地区义民纷起，纷纷杀死清军安排的地方官吏，开始了反清复明的抵抗运功。其中有嘉兴徐石麒、松江沈犹龙、常熟何沂、太湖徐云龙、昆山朱集璜等等。
多铎忙派八万清军回师江南，并以李成栋这样的明朝降将为主力，进攻义军占领的城市，仅在昆山和江阴就杀害了十多万起义的居民。
昆山本来局势平静，剃发令下，“人心方骇”，民众争起，杀掉清军委任的阁丞茂才，烧掉县衙，并把巡抚官署也一把大火烧为平地。清军李延龄受李成栋指派，以铁骑围城，先杀义民数千，而后，清军入城，开始屠城，大杀三天，方下令“封刀”。“是两日天气晴明，而风色惨淡，空中无一飞鸟，暮皆大雨，震雷轰烈……初八日，王师（清军）拘掠千艘，载虏获西去。约计城中男妇踰垣得出者，十无一二。巧掩得全者，百无一二。骤遇炎雨，尸皆变色……其死亡状，有倚门、卧床、投阁、扳槛、反缚、攒捆、压木柱、斩首、斫颈、裂肩、断腰、剜肠、陷胸、肢解、寸磔种种之异，以至悬梁挂树，到处皆是；井坎池潭，所在皆满，呜呼惨矣！”（《鹿樵纪闻》吴伟业）如此惨状，1937年南京倭寇屠城又扩大数十倍而重演。
李成栋明将出身，善用大炮攻城。屠掠昆山后，他又率清军拥数十门巨炮，进攻江阴城。一时间炮声震天，江阴城墙塌落多处。在此之前，江阴军民先上演一出真假“空城计”，大开城门，诱清军入城，夜中时分伏兵四起，斩清军大将一名以及早已降清的明将许定国（杀高杰那位）。李成栋军猛攻六天，才把江阴城攻克。“王师（清军）乘烟雾混杂时，逾入屠之……丁壮在城者，战死已十六七，空壁而已。”江阴城虽不大，抵抗最力，最后阖城遇屠，情状惨烈！
1645年7月底，李成栋率所部五千多人向嘉定进逼，并于路上就开始奸淫杀烧嘉定居民。
在明朝进士黄淳耀等人带领下，用大木、巨石填塞城门，誓死拒守。8月中旬，李成栋猛攻嘉定城北的娄塘桥，杀死上万民众。8月24日夜，由于天降大雨，城上不能张灯，李成栋趁黑派兵潜伏于城根下挖地道，在其中暗埋火药。黎明时分，李成栋用大炮猛轰，引燃火药，“地裂天崩”，城墙倒塌，清军乘间蜂拥而上，“悉从屋上奔驰，逼行无阻。城内难民不得逃生，皆纷纷投河死，水为之不流。”黄淳耀兄弟奋战力竭，最后相对自缢殉国。
由于李成栋的弟弟在此之前在一次伏击战中被杀死，出于野蛮的报复之心，他下令部下屠城。“成栋持刀，下令屠城，约日入后闻炮即封刀。时日暑正长，各兵遂得悉意穷搜，家至户到……”（吴伟业）。清军“家至户到，小街僻巷，无不穷搜，乱草丛棘，必用长枪乱搅”，一心要杀个鸡犬不留。当时的惨景，有亲历者朱子素的《嘉定屠城略》作证：“市民之中，悬梁者，投井者，投河者，血面者，断肢者，被砍未死手足犹动者，骨肉狼籍”，一幅活的人间地狱图。
清军遇见年青女人，就当众白昼轮奸。如遇抵抗的妇女，这些人形兽物就用长钉把抵抗妇女的双手钉在门板上，然后再肆行奸淫。一顿杀戮过后，李成栋属下又四处劫掠财物，见人就喊“蛮子献宝”，随手一刀，也不砍死，被砍人拿出金银，清兵（其实是前明军）就欢跃而去；腰中金银不多者，必被砍三刀，或深或浅，刀刀见骨。当时“刀声割然，遍于远近。乞命之声，嘈杂如市”。最后，这五千拖着大辫子的汉人清军竟抢夺三百大船的财物，统统在李成栋的指挥下运离嘉定。此为嘉定一屠，共有近三万人被屠杀。
几天之后，有一名叫朱瑛的义士聚集逃跑于周遭的民众共两千多人，重新回到嘉定，并处死归降清军的汉奸和清军委派的官吏，在葛隆一带还设伏消灭了李成栋的一支小分队。气恼至极的李成栋忙率军回攻嘉定，并在路上把葛隆和外冈两个镇子的居民全部杀光。被民众赶走的清军委派的县令浦嶂为虎作伥，又领着李成栋军士直杀入城里，把许多还在睡梦中的居民杀个精光，积尸成丘，然后放火焚尸。浦嶂不仅把昔日几个朋友娄复文等人整家杀尽，还向李成栋进言：“若不剿绝，必留后患！”清军杀得兴起，嘉定又惨遭“二屠”。
二十多天后，原来南明的一个名叫吴之番的将军率余部猛攻嘉定城，周边民众也纷纷响应，竟在忽然之间杀得城内清兵大溃出逃。不久，李成栋整军反扑，吴之番所率兵民大多未经过作战训练，很快就溃不成军，吴将军自己也提枪赴阵而死。李成栋军第三次攻城，不仅把吴将军数百士兵砍杀殆尽，顺带又屠杀了近二万刚刚到嘉定避乱的民众，血流成渠，是为“嘉定三屠”。
经过如此残酷的“三屠”，江南大部分地区远近始剃发，称大清顺民。可见，血海肉山终于使反抗的烈焰渐趋熄灭。李成栋也因此“赫赫”功劳，被提拔为江南巡抚。不久，清廷又把他调往东南，派他去平灭南明的另一个皇帝隆武帝。