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中国医药学大致可分为医学和药学两大部分，与古代化学有关的是药学部分。但中国古代的药学，特别是制药学较医学的发展要晚很多。在远古的时候，人类对疾病的原因还弄不清楚，产生过很多迷信的想法。例如商代的人认为疾病和死亡是神鬼或祖先所降的祸祟或惩罚，所以那时一旦染上疾病，便请巫师占卜，并作祈祷、祭祀，祈求神、祖宽宥。固然偶尔也曾用骨针穿刺静脉放血，刺破痈疡排脓，或用尖锐的细小石片(称作砭石)割剖疖疽，但至今没有发现商代人用药治病的记载。直到春秋战国时期，人们才开始注意采集以植物药为主的药物治病。所以中国药学，传统上称作“本草”。从前期本草学著述的内容看，主要是讨论各种药材的药性、生理效应、主治疾病、产地、采集季节和加工炮制的方法，只偶尔提及某些化学性质。大约到宋代以后，又附记些药方。可见单纯的药学家(不从事炼丹术活动)初时并不注意对天然药物的提纯和化学加工，更绝少研究药物的人工合成。唐宋时期的本草著作中虽已有一些是人工通过化学过程制作出的药剂，如灵砂、轻粉、粉霜、铅霜、铅丹、砒霜等等，但究其根源，实事求是地说则绝大多数是炼丹术活动中的发明，经由炼丹家的研究、推荐而进入医药行列的。
中国的方士较医药学家则有过分的奢望，希图实现人的长生不死，羽化成仙。为了达到这种目的，初时也是把希望寄托在神仙的身上。所以战国时齐国、燕国的国君以及后来的秦始皇都曾听信他们的诡言，不断掀起过大规模的寻仙求不死药的航海活动，结果都失败了。于是又有人倡导“食金饮玉”，但也没有收到什么效果。后来在汉代初年便兴起了炼丹术，专门从事这种活动的人被称为炼丹术士，但一般仍称为方士。他们主要是以某些矿物为原料，按设想的配方，放在密闭的器皿中(最初是土釜，后来是铁或铜制的丹鼎，甚至金、银的盒子，称作神室)，加热升炼，希图用人工的方法制取到可令人长生不死的神丹大药。虽然这种活动必然要以失败告终，但是他们却认真地观察了化学反应，做了大量的化学实验，制取到了一系列自然界所不存在的化合物，也人工合成了很多非常纯净的化学制剂，这种活动也唤起他们对化学变化的规律进行思考、探讨，形成了原始的化学思想。所以炼丹术活动最后虽然消亡了，但那些有科学价值的成果实际上并没有湮没，那些有医疗效果的制品而为医药学家所继承和发扬光大，并且也启发了医药学家对化学的研究，致力于新药物的合成。所以明代以后的本草著作中就很注意总结这方面的知识和经验了。而且实事求是地说，中国古代的很多炼丹家其实就是早期的医药学家，并兼通医术。例如东晋时的葛洪、南朝时的陶弘景、唐代的孙思邈、孟诜，五代时的大明(道号日华子)等都是很有声望的医药学家，又都是大名鼎鼎的炼丹家。所以中国炼丹术对古代化学和制药学是作出过重大贡献的。炼丹术化学是古代化学的极重要的组成部分，或者说是化学的原始形式。
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