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后弘期西藏佛教先后出现过宁玛派、噶当派、萨迦派、噶举派、格鲁派等独立教派。
宁玛派是藏传佛教各派中历史最久远的一派。“宁玛”，意为“古”或“旧”。因为该派僧侣多戴红帽，所以俗称“红教”或“红帽派”。该派的特点是重密(教)轻显(教)，组织涣散，无正规的学经制度，教派和传承也不统一。僧侣多从事生产，可以娶妻生子。
在清初五世达赖喇嘛的支持下，宁玛派一度达到极盛，并开始在前藏地区建立起较大规模的寺院。
噶当派是后弘期各教派中较早出现的派别，由阿底峡弟子仲敦巴(公元1005—1064年)建立。“噶”意为“佛语”，“当”意为“教授”、“教诫”；“噶当”，意为一切佛语(包括显、密二教的经、律、论三藏)都是对僧徒修行的指导。该派认为，显教和密教是相通的，互不排斥的。在修习程序上，则主张先修显教，再修密教。该派在藏传佛教中享有教法“纯净”的声誉。
仲敦巴去世后，其三大弟子分别传法，形成教典派、教授派和教诫派三个分支。教典派注重佛教经典的学习，传授阿底峡的思想。教授派偏重于师长的指导，注意念咒、供佛和静修。教诫派侧重戒律和修行。
萨迦派因其主寺萨迦寺围墙上涂有红、白、蓝三色线条，所以俗称“花教”。该派的创始人是贡却杰布(公元1034—1102年)，教主由贡却杰布家族世袭。自13世纪中叶到14世纪中叶，该派在西藏地区占有统治地位。其第五祖八思巴(公元1235—1280年)曾被元世祖忽必烈封为“帝师”，被召入宫，深受恩宠。后来他又被任命为西藏法王兼藏王，掌握西藏政教大权，自此开创西藏“政教合一”的制度。在他去世后，被封为“大法宝王”。元朝势力衰落后，萨迦派失去政治依靠，只能偏安一隅，其地位渐为噶举派取代。
噶举派因注重密法的口授传承而得名(“噶举”，意为言传)。又因该派僧侣多穿白色僧服，所以俗称“白教”。该派有两个系统：一是玛巴尔(公元1012—1097年)所传的达布噶举，二是琼波南交巴(公元1086—？年)所传的香巴噶举。后来达布噶举迅速发展，分出四大支八小支，并曾直接或间接掌握西藏地方政权，对西藏政治影响很深。至明代崇祯十三年(公元1640年)，固始汗进藏，噶举派才失去政治势力。
噶举派主张显、密教兼修，要求修习者把自己的思想专注于一境，不起分别，持之以久，进入禅定，然后再观察安于一境的“心”是在身外还是身内，若能明白此心无处可寻(空)之时，就算达到“空智解脱合一”的境界。该派最高的修法，是所谓“无上瑜伽密”的“双身修法”(即通过男女修法者交媾的形式去证悟“空性”的道理)。
格鲁派是在噶当派基础上建立的。“格鲁”，意为善规，表示该派的教义最为完善。因该派提倡戴黄帽，所以俗称“黄教”或“黄帽派”。这是藏传佛教中最后兴起的、也是最有实权的大教派。
格鲁派的创始人是宗喀巴(公元1357—1419年)，本名罗桑扎巴，生于青海湟中。七岁出家，受沙弥戒，并从顿珠仁钦学习藏文和佛经，10年内在显教经论和密教仪轨等方面打下坚实基础。17岁起入藏深造，在前后藏各地投师求法，广泛学习西藏佛教显密各派的教法，取得很高造诣，而且对因明、声明、医明①等也颇有研究。27岁受比丘戒。
宗喀巴在西藏学习期间，逐步形成自己的宗教思想体系。他以印度大乘佛教中观学派为正宗，综合西藏各教派流行的显、密教法，在吸收噶当派教义的基础上，进行了“宗教改革”。
当时藏传佛教各派戒律废弛，教风败坏，上层僧侣享有特权，他们飞扬跋扈，生活放荡，引起民众的强烈不满，逐渐失去宗教的号召力。所以，宗喀巴的改革，从整顿戒律入手。他要求僧侣严格遵守戒律，独身不娶，脱离生产；主张强化寺院的组织和管理制度，僧侣必须常住寺院。这些措施，得到封建领主和地方政权的支持。
1409年，宗喀巴在拉萨大昭寺召集了一个大规模的全西藏佛教徒祈愿法会。这是一次不分教派和地区的佛教大会。通过大会，奠定了他作为西藏佛教界领袖的地位。同年，宗喀巴在拉萨以东的达孜县兴建甘丹寺，标志着格鲁派的正式形成。除甘丹寺外，格鲁派后来又相继建立哲蚌寺、色拉寺、扎什伦布寺。随着势力的扩大，格鲁派逐渐由西藏向其他地区传播，并作为藏传佛教的正统教派，一直延续至今。
由于格鲁派禁止僧侣娶妻生子，为了解决宗教首领的继承问题，他们采取了活佛转世相承的办法。
所谓“活佛”，在西藏佛教中，是指在宗教修行方面取得较高成就、能够根据自己的意愿而转世的人。活佛转世过程大致为：一位活佛逝世后，按照他生前提供的线索，或由寺院上层通过占卜、降神等仪式得出的线索，在指定的范围内去寻找符合条件的婴孩即“灵童”，经过某种宗教仪式对灵童加以确认之后，他便在寺院中继承原活佛的宗教地位。
在宗喀巴的再传弟子根敦嘉措去世后，找来了年仅三岁的索南嘉措，作为转世灵童，成为格鲁派活佛。此后，格鲁派形成达赖和班禅两大活佛系统，转世制度也被格鲁派寺庙普遍采用，许多寺庙都有活佛。
“达赖喇嘛”，意思是“智慧深广犹如大海能包容一切的上师”。这一称号始于第三世达赖索南嘉措，前二世均属追认。明万历六年(公元1578年)，索南嘉措应邀到青海会见蒙古土默特部首领俺答汗，出于政治需要，两人互赠尊号，俺答汗赠给索南嘉措的尊号是“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”，意思是在显、密两教方面都有最高成就的、学问如大海般的超凡入圣大师。清顺治九年(公元1652年)，五世达赖赴北京朝觐，受清政府的优厚款待。翌年，他受清廷册封，取得藏传佛教各派总首领的称号，确立了达赖喇嘛系统在西藏的政教地位。
“班禅”，意思是“大学者”。以班禅作为历代转世活佛的称号，是从第四世班禅即扎什伦布寺主罗桑却吉坚赞开始的(前三世均属追认)。明崇祯十四年(公元1641年)，蒙古和硕特部固始汗率军进藏，为了巩固他在西藏的统治，赠罗桑却吉坚赞“班禅博克多”称号。“博克多”，意为智勇双全。自此，原来西藏地区习惯上用于博学高僧的“班禅”称号，成了历代转世活佛的专有称号。清康熙五十二年(公元1713年)，朝廷派员入藏，封五世班禅罗桑益西为“班禅额尔德尼”，正式确立了班禅的地位。“额尔德尼”，意为“珍宝”。
达赖和班禅这两大活佛转世系统形成后，他们代代相传，同为格鲁派教主。在清王朝的大力支持下，格鲁派成为西藏佛教的正统派和西藏地方执政的教派，并在蒙古等地区广泛传播。
清乾隆五十七年(公元1792年)，中央政府颁行“金瓶掣签”制度，即达赖和班禅转世灵童的产生，须按宗教仪轨寻访若干候补灵童，在释迦牟尼像前经“金瓶掣签”认定，最后报请中央政府批准。从此以后，历代达赖和班禅的转世，均须经中央政府册封，才算有效。这已成为历史惯例和定制。
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注释：
①因明、声明、医明以及工巧明、内明，总称“五明”，是印度佛教徒的五种学问。“明”，意为学问。因明，相当于逻辑学；声明，指音韵学和语文学；医明，指医药学；工巧明，即工艺、技术、历算之学等；内明，即佛学。
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