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《内经》中已经有了关于人体生理活动呈现节律性周期性变化的概念。2000多年前，人们已经意识到人体的生理活动与自然界的昼夜周期变化有着密切的关系。《素问·金匮真言论》说：在自然界里是阴中有阴、阳中有阳。从早晨到中午(6—12时)这段时间里，自然界中的阳气是阳中之阳，从中午到黄昏(12—18时)这段时间里，自然界中的阳气是阳中之阴。从黄昏到鸡鸣(18—24时)这段时间里，自然界中的阴气是阴中之阴。从鸡鸣到平旦(0—6时)这段时间里，自然界中的阴气是阴中之阳。自然界中的阴阳之气是这样的，人体内的阴阳之气也是这样的。这种周期性的阴阳节律变化观念，颇类现代的“近似昼夜节律”(日钟)。《内经》具体谈到了人体的这种节律。《素问·生气通天论》中说：人体的阳气，一天里都是属于外部的。天晓时，人的阳气开始生发，到中午时，阳气最旺盛；到了日落时阳气衰退，气门也就随着关闭了。在中医学中，“卫气”具有营养温煦机体、抗御外邪的作用。《内经》已经认识到“卫气”在体内的运行和作用，与人的睡着和醒来这种周期性节律有着密切的关系。《灵枢经·卫气》说：阳在白天，阴在夜间，所以卫气的运行和天体环周一样地有规律。在一日一夜中要循行全身50周次。白天在阳分行25周次，夜间在阴分行25周次。《灵枢经·大惑论》中又说：卫气循环运行周身的顺序是经常在白昼行于阳分，夜间则行于阴分。所以夜间阳气逐渐衰尽的时候，就要睡眠；阴气逐渐衰尽的时候，就会醒来。这里明确指出“卫气”运行有“昼夜节律”，这是很正确的。现代医学认为白天醒时交感神经兴奋，占优势，基础代谢旺盛；相反，夜间睡眠时副交感神经兴奋占优势，基础代谢相对降低。
不仅这样，《内经》还指出：人体在生病时，其征兆的轻重，也会呈现“昼夜节律”的变化。《灵枢经·顺气一日分四时》中说：各种疾病的变化，常常是早晨觉得清爽些，白昼较为安静；而到傍晚则病势加重，夜里更为严重。这是什么缘故呢？答案是：这是四时变化造成的。春生、夏长、秋收、冬藏，这是一年四季气候的正常状况。人体生理和它是相应的。以一日分为四时，早晨是春天，中午是夏天，傍晚是秋天，夜半是冬天。早晨人体正气开始活跃，病邪暂时衰退，所以感到清爽些。到中午，人体正气趋于旺盛，以正克邪，病邪愈趋衰亡，所以感到平静。到午夜人体正气已经入脏，邪气在体内占绝对优势，所以病势就更趋于严重。《内经》关于人体生理昼夜节律的认识，都是从大量实践中总结出来的，是有一定科学根据的。
除“昼夜节律”以外，《内经》中还有关于“潮汐节律”、“周月节律”以及“周年节律”的记述，也很值得研究。
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