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明清时期，紧密联系农业、畜牧、水产、园艺实用的谱录，有了新的发展，其特点是，范围广、种类多、数量大，内容更为丰富、深入，是我国传统生物学知识宝库的重要组成部分。这里特别要介绍的是《群芳谱》、《广群芳谱》和《花镜》等著作。
《群芳谱》(公元1621年)是一部内容非常丰富的谱录。作者王象晋是明代山东济南府新城县(今桓台县)人，万历三十二年(公元1604年)进士。他爱好种植花卉、蔬菜和果木，家门外有园圃，专供他种植各种植物。他不仅种植奇花异草，而且还试种甘薯等。因此王象晋在园艺方面有着丰富的实践经验。《群芳谱》是以南宋陈咏《全芳备祖》为蓝本写的。全书以讨论植物为主，兼论金鱼与鹤。由于种植与时令有关，因此列有这方面内容。全书28卷，分为天谱、岁谱、谷谱、蔬谱、果谱、茶竹谱、桑麻葛苎谱、药谱、木谱、花谱、卉谱、鹤鱼谱等12类(谱)。每谱下，先有“小序”，说明作谱意图；再有“首简”，是概括本谱的要点，记历史文献。再后记每种植物的形态特点。《群芳谱·谷谱》为早期著录玉蜀黍(玉米)的重要文献。王象晋写道：“干叶类似蜀黍而肥矮，亦似薏苡。苗高三四尺，六七月开花。穗苞如拳而长，须如红绒，粒如芡实，大而莹白。花开于顶，实结于节，以其曾经进御，故曰御麦。出西番，旧名番麦，味甘平，调中开胃。磨为面，蒸麦面者少加些须，则色白而开大……一名玉蜀黍，一名玉高粱，一名戎菽，实一物也。”这里王象晋对刚从国外引进不久的玉米作了相当详细的描述。不仅如此，王象晋还对许多品种的观赏植物作了实验，并首先作了著录。由他首先著录的品名，现今载于《中国植物图鉴》和《植物学大辞典》的就有30多种。
《群芳谱》所选取的种类除《药谱》外，其他都是食用、纤维、木材及观赏用的植物种类。因此，从某种意义上说，《群芳谱》可称为农艺植物学著作。
18世纪初年，康熙命刘灏等按照《群芳谱》的格式，扩充材料，再重新编一部书，这就是康熙四十七年(公元1708年)出版的《广群芳谱》，全书除天时谱外，有谷谱记谷类及豆类43种；桑麻谱记纤维植物10种，蔬谱记蔬菜类140种，茶谱记茶三种，花谱记观赏植物花234种，果谱记食用果类156种，木谱记树木241种、竹谱记竹六种，卉谱记草本植物191种，药谱记药527种，共记植物1557种。除药物外，所记植物都是与实用有关的栽培植物，即使对药谱所载植物的描述，也仅限形态和种植方面，而不涉及医疗。这与以往的本草著作是完全不同的。如《群芳谱》一样，它的内容更偏重于农业生物方面。《广群芳谱》每类后附有历代传记、序辩、题跋、杂著、诗词等文艺作品，因此本书又带有一定的文艺性质。
清陈淏〔hao浩〕子的《花镜》是我国著名观赏植物专著，是作者毕生养花经验的总结。其中“花木类考”部分又分为花木、藤蔓、花草三部分，共收录295种植物，对其中11种重要种类记载有品种性状和释名：花木类有牡丹、梅、山茶、桃、荔枝；藤蔓类有竹、灵芝；花草类有芍药、兰花、莲花、菊花。其中如牡丹就记有黄色、大红色、桃红色、粉红色、紫色、白色、青色等131个品种，十分丰富。特别基于对花木习性的深入理解和长期实践经验，书中对植物栽培方法(例如扦插、嫁接、杂交、选择、盆景制作、瓶花培养等)有精到记述。对植物形态描述也很细微。如写凌宵：“蔓生，高可数丈，蔓间有须如蝎虎足，着树最坚牢……春初生枝，一枝数叶，尖长有齿，深青色。开花每枝十余朵，大若牵牛，花头开五瓣，上有数点黄色，夏中乃盈，深秋更赤。八月结荚如豆角，长三寸许，子轻薄如榆仁。”对茎、叶、花、实都记得很仔细，突出表明了紫葳科植物的特点。书末还记述了鹤、猫、蟋蟀、金鱼等40多种观赏动物。
《群芳谱》和《花镜》的一些编排体例和写作方法，对我国古代晚期植物学著作(如《植物名实图考》)也有影响。
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