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清代绝大多数书院已演变成同官学无区别的考课式书院，并同官学一样沦为科举的附庸。但也有几所独具特色、影响极大，在学术史和教育史上占有重要地位的书院。
(1)黄宗羲和甬上证人书院
甬上证人书院是明清之际杰出的早期启蒙思想家、著名教育家黄宗羲创办的。康熙七年(公元1668年)，黄宗羲应众门人之请，赴宁波讲学，遂创甬上证人书院。
甬上证人书院原为甬上证人讲社，又称甬上讲经会、甬上五经会。
甬上，即以宁波为中心的浙东一带，素有结社讲论之风，故家子弟多结文社。先后有秋水社、澹园社、文业之会，又有策论会。康熙六年(公元1667年)策论会曾联合甬上27人，集体到余姚黄竹浦向黄宗羲拜师求学，返回宁波后，成立讲经会，根据黄宗羲“受业者必先穷经，经术所以经世”的思想作为讲经会的宗旨。
讲经会一反明中后期“高谈性命，直入禅障，束书不观”的学风，认真研读儒家经典，反而招致“阖郡惊疑”，甚至有人“间出违言”。黄宗羲为了支持讲经会，欣然应邀至甬上讲学，正式创立甬上证人书院，并亲主教席。
甬上证人书院不设固定的院址和讲堂。多借僧寺、祠堂，或在学生家中讲习，颇像一个流动的讲学团体、学术团体。
黄宗羲在甬上证人书院讲学，强调穷经、读史、经世，力改明末空疏浮华浅薄的鄙陋学风。全祖望在《甬上证人书院记》中指出：“先生始谓学必原本于经术，而后不为蹈虚，必证明于史籍，而后足以应务，元元本本，可据可依。”重视发扬经史致世的学风，是黄宗羲学术思想的一大特色，也是甬上证人书院的独特学风。
甬上证人书院，除重视经史、文学之外，还重视天文、地理、数学等自然科技知识的传授，有弟子回忆说：“维时经学、史学以及天文、地理、六书、九章至远西测量推步之学，争各磨厉，奋气怒生，皆卓然有以自见。”(郑梁：《寒村杂录·寒村七十寿序》)以经术为本，辅之以史学、文学，以及天地律算诸学，归之于“经世”、“应务”，因而使“讲堂痼疾，为之一变”。
黄宗羲在甬上证人书院教学中，提倡学生独立思考、自由发挥，不唯司讲者从，不专主一家之说，而要“参伍而观”，“积思自悟”。这正是黄宗羲明显的实学思想和初步民主意识在书院讲学中的表现。
(2)颜元和漳南书院
颜元，明末清初著名的早期启蒙思想家和卓有贡献的教育家。其思想特点是重习行而不尚空谈，因而改号习斋。 一生潜心自修，边事稼圃，边读书教学，不喜交际，不慕名利。他最得意的弟子是李塨〔gong工〕。后人称其师生的学说为“颜李学派”，其突出特色是“实”，强调“实文，实行，实学，实用”。在教育上强调习、行、动。
漳南书院，原为河北省肥乡县屯子堡所建的一所义学，县丞许三礼题此义学为“漳南书院”，郝文灿主持该学，因问学者日众，感到有必要另觅师长，以满足来学者的求学要求和愿望。康熙三十三年(公元1694年)，郝文灿远涉数百里之遥到河北博野造访颜元，意欲聘请颜元前往主持漳南书院。开始颜元未应，后经反复力请，颜元才答应受聘，赴漳南书院任教。但因漳水时常洪水泛滥，终于将院舍冲毁。颜元在漳南书院任教仅四个月，即归里还乡。
颜元在漳南书院任教的第一天，即在欢迎他讲学的开讲仪式上，讲读了他精心准备的《习斋教条》，表示要在漳南书院推行周公、孔子的六艺之学。他说：
昔周公、孔子，专以艺学教人。近世士子惟业八股，殊失学教本旨。凡为吾徒者，当立志学礼、乐、射、御、书、数，及兵、农、钱、谷、水、火、工、虞。予虽未能，愿共学焉。一六日课数，三八日习礼，四九日歌诗习乐，五十日习射。”只在二七日习八股举业。(《颜习斋先生年谱》卷上，商务印书馆《丛书集成》初编本)
颜元在漳南书院最有价值的工作，就是为漳南书院制订了一个宏伟的远景发展规划。
请建正庭四楹，曰习讲堂。东第一斋西向，牓曰文事，课礼乐书数，天文、地理等科；西第一斋东向，牓曰武备，课黄帝、太公以及孙吴五子兵法，并攻守营阵陆水诸战法，射御技书等科。东第二斋西向，曰经史，课《十三经》、历代史、诰制章奏、诗文等科；西第二斋东向，曰艺能，课水学、火学、工学、象数等科。其南相距三五丈为院门。悬许公“漳南书院”匾，不轻改旧称也。门内直东曰理学斋，课静坐、编著程朱陆王之学。直西曰帖括斋，课八股举业，皆北向。以上六斋，斋有长，科有领，而统贯以智仁圣义中和之德，孝友睦姻任恤之行……置理学、帖括北向者，见为吾道之敌对，非周孔本学，暂收之，以示吾道之广，且以应时制。俟积习正，取士之法复古，然后空二斋，左处宾价，右宿来学。(《颜李丛书·习斋记余·漳南书院记》)
颜元以复古的形式，构想了一个近代分科大学的蓝图。虽未能得以实施，但却提供了一幅发人深省的近代教育的早期理想模式。
(3)阮元和诂经精舍、学海堂
阮元(公元1764—1849年)是清代考据学派的代表，这一学派在乾隆、嘉庆年间发展到高峰，故又称乾嘉学派。其学术宗旨为“崇宋学之性道，而以汉儒经义实之”，以六经为根柢，由古书文字音训求义理，故也称汉学或朴学。
清代自雍正十一年(公元1733年)以后，积极兴办省城和州府县官办书院，书院数量大增，然而书院固有的讲学传统几乎丧失殆尽，师徒醉心于应考的时文帖括，只求功名，不务实学。引起众多有识之士的忧虑和不满，寻求改革的呼声日起，人们积极探索改革的途径。如：程廷祚(公元1691—1767年)在《上李穆堂先生论书院书》中，要求天下书院慎选山长，并“仿苏湖、白鹿之遗意以为教，入其中者先行谊而治经治史、务使各尽其材，以核其实，而勿责以科举之文”。乾隆二十四年(公元1759年)陈宏谋(公元1696—1771年)为紫阳书院新订条规，要求“每月课文两次，讲书六次，或四书，或经，或史，不拘长短”。钱大昕、杨绳武、卢文弨〔chao超〕、章学诚等都曾进行过改革，中心思想是“穷经学”，“通史学”，“博文道古”，“通经致用”，以摒弃举业时文，但均未能从根本上扭转书院沦为科举附庸的局面。正是在这种背景下，阮元走上了弘扬汉学，恢复书院优良传统的道路。
阮元从青少年起就不满意“徒钻时艺”的学风，决心穷究经学，广泛涉猎自然科学，接触西方数学和天文学。嘉庆五年(公元1800年)在出任浙江巡抚时，大胆进行书院改革，在杭州西湖孤山之麓，就昔日编纂《经籍纂诂》时的旧屋50间，创立新型书院，名为“诂经精舍”，“选高材生读书其中”，“专肄经史辞赋，一洗旧习”。道光元年(公元1821年)阮元在任两广总督时，又亲自选址，在广州城北粤秀山上，开“学海堂”课士。
诂经精舍、学海堂的指导思想是“以励品学，非以弋功名”，不务浮华，专勉实学。教学内容以经史为主，小学、天部、地理、算法等兼顾。阮元强调“士子读书当从经学始”，“欲论经济，舍经史未由也”。而要通经，只能由训诂通义理，“舍诂求经，其经不实”，只有掌握训诂考据之功，才能“庶免凿空逃虚之病”。但是，阮元极力反对为训诂而训诂，为考据而考据。他认为：“圣贤之道，无非实践”，“凡所论述，期实有济于用”，“通天地人之道”者才配称为“儒”。所以，诂经精舍、学海堂不仅传授经史、苍雅、星纬、金石、考订、文艺之学，而且传授兵刑漕河等经济之学。
诂经精舍、学海堂在教学方法上也有不少创新，首先，阮元虽亲自任教，更强调教师共同研究，“各用所长，协力启导”，以免门户派别之偏见。其次，教学以学生自学和独立研究为主，鼓励学生“识精而思锐，不惑于常解”，提倡集体讲议，辨难同异。再次，注重培养学生虚心、务实的学风。阮元反复强调：“讲学是非须实事，读书愚智在虚心”，“不能实学者，先入之见填满于胸，不虚心求是非，终于愚而已”。
在清代，绝大多数官学、书院学风腐败，不务实学，专事举业的恶劣环境中，阮元能够坚持“以转移末流之失，于以崇实学，育英才，厘而工之，将以驱而一之”，实在难能可贵！
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