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从顺治元年(公元1644年)到道光二十年(公元1840年)近200年间，清代的学校教育基本上是沿袭明代旧制，亦分为中央官学和地方官学两大类。
清代的国子监，亦称国学和太学，始设于顺治元年，置祭酒、司业、监丞、博士、助教、学正、学录、典簿等官。设六堂为讲习之所，六堂为率性、修道、诚心、正义、崇志、广业。又设号房521间，为学生读书之所。
国子监的学生通称为监生。因其资格不同，又分为贡生和监生。贡生有六种：岁贡、恩贡、拔贡、优贡、副贡和例贡。所谓岁贡，也叫常贡，每年各府、州、县学均根据定额选送贡生若干人，故称岁贡。所谓恩贡，凡国家遇有庆典或新君即位，特别开恩选送生员入监，以当年正贡作恩贡，陪贡作岁贡。所谓拔贡生不限于府州县学的廪膳生，而于科试一二等生员中选拔，故谓拔贡。优贡为每三年选送“文行兼优者”入监，仅限于廪生和增生。副贡即选取乡试中列名副榜的生员入监。例贡为生员捐纳资财入监。岁贡、恩贡、拔贡、优贡、副贡，时称“五贡”，被认为是正途，以区别于例贡。监生有四种：恩监、荫监、优监和例监。所谓恩监，为八旗官学生考取者。满汉文官京四品、外三品以上、武官二品以上送一子入监，为荫监生。优监为优秀附生入监学习者。例监则是庶民通过捐纳资财入监者，与例贡一样，被认为是杂流。例贡、例监的出现，反映了商品经济的发展，商人阶层的文化教育需求。
清代国子监直接教课的有博士、助教、学正、学录等。每月初一、十五，各监生到国子监随祭酒、司业行释奠，然后听六堂官讲“四书”、《性理》、《通鉴》等，听博士讲“五经”等。听讲后，各监生读讲章、复讲、上书、复背诸课。如有未能通晓明白者，即到讲官处再请讲解，或到西厢询问教官。平日则由助教、学正、学录课以制义——八股文及策论。 由此可见，国子监既重教师传授，又重学生自学和质疑问难。
国子监博士生活也很清苦。孔尚任(公元1648—1718年)是孔子第六十四世孙，山东曲阜人，康熙帝南巡至曲阜祭孔时，被召讲经，大受赞赏，破格提拔为国子监博士。他在《燕台杂兴四十首》序中说：“蜗寓在宣武门外，距太学十五里。每月堂期六次，计一岁往返二千二百里；予十年博士，在馆者六载，盖行一万三千二百里矣。”请看他的诗二首：
雀噪新槐吏散衙，十年毡破二毛加。
不知城外春深处，博士厅前老荠花。
算袋诗囊不离身，低垂白发走红尘。
我通乐律君精历，都是长安乞米人。
前一首通过对国子监博士厅周围景物的描写，叙述了10年博士寒“毡破”、“二毛加”的穷困生涯和暮年衰老的惆怅之情。后一首描述孔尚任和天文数学家梅文鼎(公元1633—1721年)，都过着“长安乞米”、老“走红尘”的贫困生涯。
监生在国子监学习的时间原先不统一，雍正五年(公元1727年)规定各类监生学习时间皆以三年为期。考试分月考与季考两种：月考每月举行，由司业主试；季考每三月举行一次，由祭酒主试。凡月考列一等的给一分，列二等的给半分。如有“五经兼贯、全史精熟”而又善书法者，虽作文不及格，亦准给一分。在一年内以积满八分为及格，但名额每年不得超过10人。及格的由国子监分别咨送吏部，在吏部历满考职后，按照成绩，分别录用。如一年内积分不及格而仍愿留监者，听其自便。
国子监的长官原是祭酒、司业，雍正三年(公元1725年)开始另设管理监事大臣一人，成为国子监的主管官。
清代国子监实施分斋教学制度。乾隆二年(公元1737年)根据刑部尚书兼管理监事大臣孙嘉淦的建议，国子监依照宋代胡瑗的“苏湖教法”，实施“经义”、“治事”等的分斋教学制度。“经义”以“御纂经说”的《钦定四书》为主要教材，兼及各家学说；治事教兵刑、天官、河渠、乐律、算法之类，专治一事或兼治数事。当时名贤分掌六堂，各专一经，进行教授。由于乾隆皇帝重视国子监，孙嘉淦则“严立课程，奖诱备至”；各堂教师又都是挑选当时比较优秀的人才，可谓“极一时之选”，因此，国子监在此时已达到全盛。
清朝廷对国子监师生管理极严，曾制定“监规”28条，要求国子监主要官员与教师明确职责，起“表率”与“模范”作用，“用心讲解”，一旦学生违犯学规或“课业不精”，则连教师也一同惩治。
清代国子监也接受外国留学生，当时有琉球、俄罗斯等国经常派遣学生来国子监学习。外国留学生也同样“月给银米器物”，待遇很好，学成后则回到自己的国家。
清代宗室官学有“宗学”和“觉罗学”。“宗学”是专为清宗室子弟设立的学校。“觉罗学”是专为清爱新觉罗氏子弟设立的学校。“觉罗学”属于宗学性质，只是其学生来源比宗学广，扩展到了整个爱新觉罗氏。有些地方，把宗学和觉罗学合二为一。
清为八旗子弟设立的旗学，有“八旗官学”，隶属于国子监；“景山官学”、“咸安宫官学”，隶属于内务府管辖。此外，清朝廷为八旗子弟设立的旗学还有“盛京官学”、“八旗蒙古官学”、“八旗义学”、“八旗教场官学”、“八旗学堂”等。重视对旗人子弟的教育，广泛设立旗学，这是清代学校教育制度的一个重要特点。
不过在清中叶以后，王公宗室及大臣子弟多是相当腐败的，有人形容当时的贵胄学堂：“贵胄学堂学生，类皆王公、贝勒、宗室子弟，故其膳极丰厚精美。人设一席，日需库平银七八两。稍不遂意，即遭呵叱，甚且飞盆掷碗焉。总办、教习皆为学生之奴隶，呼往喝来，唯命是听学生每日到堂，须由教习遣人往请，有请至四五次，至午刻始蒞止者。抵堂即索午餐，餐毕扬长而去，并不上课。亦有偶尔兴至，入讲堂，高唱京调一出者，故时人拟之为安乐园云。”(《清朝野史大观》卷二)清末北京竹枝词，亦有讽刺贵胄学堂的，其词曰：
而今贵胄列专科，功课平均嫖赌多；
最有惊人可传事，也能唱得几军歌。
清代算学设立于乾隆三年(公元1738年)，招收满、汉学生各12人，蒙古、汉军(清制以八旗辽东人号为汉军)学生各六人，隶属于国子监，也称为国子监算学。
俄罗斯文馆是清代为培养俄语人才而设立的一所俄文学校，创立于乾隆二十二年(公元1757年)，原为安置来京俄商之所，后来在此设学馆，“专司翻译俄罗斯文字，选八旗官学生二十四人入馆肄业。”开始聘请驻京俄罗斯人充任教习，后由考得职品之学生留任。
清代的地方官学有府、州、县、卫学，府、州、县学同于明代，所谓卫学是在军队驻地设立以教育“武臣子弟”，后一般的卫学也并于府、州学。
府、州、县学的学生，通称生员，和明代一样，分为廪膳生、增广生、附学生三种。初入学者称附学生员，须经岁、科两试，成绩优秀等第高者才能递补廪膳、增广生员。附学生员人数各学校均无限额，而廪膳、增广生员则有定额。清代地方官学的考试方法，分为岁考与科考两种：岁考每年举行一次，科考每隔年举行，都由学政主试。岁考试卷列入优等的可升等，如附生可补为增广生，增广生可补廪膳生；列入劣等的则依次递降。最优的或在学为廪膳生最久的，可升入中央官学国子监，为拔贡生、优贡生之类。科考的试卷列入优等的，则许以有应乡试的资格，其他等级亦有分别给奖。
清代地方官学的待遇，远不及明代，除升格以外，仅有补为廪膳生而已。一般学生入学后得免除本身徭役；家贫不能自给的，发学田租谷，予以救济。凡游学远方，到祖父、父亲所在地或临时有病的，得给假限期补考。凡遇父母丧事，得三年免试。凡学生犯罪，情节轻且有改悔表现，允许改名后恢复；已经定罪的，允许以原名再应童子试。如所犯罪细微，地方官报告学官会同教官加以戒饬，不得像平民一样加以鞭挞其奖惩办法，由学政会同各教官，将诸生优劣事迹报告学部，再由学部复核批准。凡优等学生行为表现最显著者入国子监；其次量予升级奖赏；最劣等的除名。评定学生优劣，完全以顺治九年(公元1652年)的《训士卧碑文》和康熙三十九年(公元1700年)所颁的《圣谕十六条》为标准。《训士卧碑文》虽然对地方官学中学生的为人、求学以及教师的教学等提出了一些具体要求，但其实质是禁止学生过问社会现实问题，剥夺他们结社和出版的权利，要求他们成为“忠臣清官”，心甘情愿地为清朝廷效劳。《圣谕十六条》亦是以封建的政治和伦理道德为标准，对学生的思想、行为、学习、生活等各方面都提出了明确的要求，成为全国各级各类学校培养、教育学生的准则。
清代继承了明代广设社学的传统，康熙九年(公元1670年)下令各省设置社学、社师。社学是设在乡镇地区最基层的一种地方官学。雍正元年(公元1723年)又重新审定办理社学的规定，肯定了社学与府、州、县学在学制上的相互联系性，并提出凡在社学中学习成绩优秀的，经考试可升入府、州、县学为学生；反之，若成绩不佳，则被退回原社学。
清代于各省设提督学政，简称为“学政”，以侍郎、京堂等官由进士出身者充任，掌管地方文教事务。学政任期三年，三年中两次巡历所属之府及直隶州，集府、州、县所取的童生加以考试，合格者则为府、州、县学生员。学政又为地方教职的直属长官，教师须受地方长官的指导考核，但体制上地方长官对教师不以属员相待，一般称之为“老师”。清代凡文官皆回避本籍，只有教职以用本省人为主，但仍回避本府或直隶州籍。
清代学制系统图
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