宋太宗晚年时，有两件大事困扰着他，并直接影响着宋朝的安危。一是西夏与辽的扰边，不断威胁北宋；二是太宗迟迟拿不定主意确定自己的继位人。寇準被召回，不完全是太宗个人感情所致，重要的因素是想起用寇準，以协助稳住宋朝江山。 　　至道元年（995），冯拯、黄裳和王世则等上疏，请立许王元僖为太子。 　　太宗晚年多疑忌，容不得臣下谈立储这样的大事。太宗一怒之下，冯拯被贬知端州。从此，朝廷内外没有人再敢提继位人之事。太宗身体一天不如一天，对立储内心也焦急。所以，寇準回朝，太宗还责怪他为什么回来这样慢。太宗问寇準，皇子中哪一个“可以付神器？”寇準说：“陛下为天下择君，谋及妇人、中宫，不可也；谋及近臣，不可也，唯陛人择所以副天下望者。”太宗低头仔细地考虑后，屏退左右，问立襄王元侃是否可以？寇準说，知子莫如父，这事当要果断地定下来。 　　在西北边事上，寇準主张要用安抚的办法解决。太宗同意寇準的意见，派他出使渭北。 　　至道三年（997）三月，宋太宗死，原襄王赵恒继位，是为宋真宗。真宗信任寇準，不断提高寇準的地位。先迁尚书工部侍郎，咸平初徙河阳，改同州，后又徙凤翔府；再迁刑部，权知开封府。咸平六年（1003），真宗对宋初的制度作调整，合盐铁、度支、户部为一使，寇準迁兵部，为三司使。景德元年（1004）名臣毕士安任同中书门下章事，毕士安荐寇準，赞其“秉资忠义，能断大事，臣不如也。”真宗担心寇準刚直难独任，毕士安还是力荐，说其“忘身徇国，秉道疾邪”，不为流俗所喜，在契丹人不断南下时，正应当重用这样的大臣。真宗诏寇準为集贤殿大学士，拜同中书门下平章事，名列毕士安之后。 　　景德元年（1004）闰九月，辽圣宗耶律隆绪与萧太后，率领大军南下攻宋。急书一日五至，寇準却平静如常。真宗得知后，震惊不已，质问寇準。寇準说：陛下要退辽兵，不过五天时间即可。并主张真宗亲征。真宗犹豫，面带难色，要回内宫。寇準劝陛下不要动摇，力促真宗成行。真宗这才决定讨论亲征事。参知政事王钦若是江南人，曾密请真宗去金陵；佥枢密院事陈尧叟是四川人，请真宗“幸蜀”。真宗就此事问寇準，寇準晓得此中内情，佯作不知，当着王钦若、陈尧叟的面说：“谁为陛下画此策者，罪可杀也。”指出只要皇帝亲征，人心振奋，文武大臣协作团结一致，辽军自可退去。辽军来攻，我们可出奇计骚扰，打乱其进攻计划；也可以坚守不出，使辽军疲惫不堪，再乘机打击。这样就可稳操胜券。如果退至江南或是四川，则人心动摇，辽军乘势深入，大宋江山还能保得住吗？王钦若、陈尧叟对寇準更加忌恨。 　　辽军攻岢岚军、莫州、瀛州等。十月，瀛州城下，萧太后亲自擂鼓，宋辽大战，矢集如雨，辽军死伤3 万余，也无法破城，乃退师。 　　鉴长编》系此事于淳化四年六月壬申；《续资治通鉴》系事件发生在淳化四年六月壬申，寇準被贬在冬十月壬申。 　　十一月，真宗启行亲征，军至韦城，朝臣中一些人再一次劝真宗南幸金陵，真宗又犹豫。寇準说，辽军迫近，四方危急，只可进一尺，不可退一寸。寇準并请太尉高琼进言真宗。真宗这才决心至澶州。 　　到了澶州城南，真宗驻跸，又不愿再进。寇準、高琼固请真宗过河。寇準说，此时不过河，则人心危。各地的赴援之师日至，不能再犹豫了。到了渡河口浮桥处，真宗又停下来。高琼以锤击驾真宗御车的辇夫的背，迫真宗渡河。当真宗登上澶州的北城门楼，城楼上飘起黄龙旗，城下宋军，大受鼓舞，齐呼万岁，踊跃欢呼，声闻数十里。十二月，东京留守雍王元份暴疾，真宗回驾，把抗辽军事大权全部交给寇準。 　　宋辽两军相持十余日，辽统军萧挞凛督战，宋军的床子弩机发矢，萧挞凛中箭身死。辽军秘密派人来求和，真宗本来就无意攻打辽军。景德元年十二月（1005 年1 月），宋辽议和，宋许给辽岁币银10 万两，绢20 万匹，宋真宗与辽圣宗以兄弟相称，尊辽萧太后为叔母，这就是“澶渊之盟”。