从宋代太医局之医疗和教学体制可知，其临床医学已分为大方脉即内科、小方脉即儿科、疮肿兼折伤即外科骨伤科、产科、眼科、口齿咽喉科、针灸科、金疮书禁即战伤与画符咒禁以及专治风疾等，有时作九科、十科，有时分为十三科。但以内、外、妇、儿科发展较大。例如：内科除伤寒、杂病等有许多专著外，还有专门论述脚气病的《脚气治法总要》（1093），着重总结水肿治疗经验的《鸡峰普济方》，专门论述肺结核病的《十药神书》等等。在外科骨伤科方面，除出现许多专论外科疮疡疾病的综合性和专门外科疾病书籍外，首次出现了用外科命名书名的书籍，如吴起予的《外科新书》及继而成书的陈自明《外科精要》（1263）。在妇科方面，杨子建撰《十产论》（1090），对横产、倒产、臀产、碍产等各种非正常难产以科学的论述，并详载了各种难产的助产方法。尤其所述转胎手法是医学史上异常胎位转正① 李经纬：《北宋皇帝与医学》第五届国际中国科技史会议论文，1988 年8 月，美国圣迭戈。术的最早记载。陈自明所撰《妇人大全良方》（1237）24 卷是妇产科学集大成的著作，所论调经、众疾、求嗣三门全面系统论述了妇科诸种病证；胎教、候胎、妊娠疾病、难产、产后五门，详论了产科诸种生理、病理和病证治疗等内容，对中国妇产学发展发挥了巨大的影响。在小儿科方面，其贡献和影响与陈自明齐名者可推著名儿科学家钱乙（1053—1117），他从事小儿科学研究和疾病治疗四十余年，积累了丰富的理论知识和临证经验，撰有《小儿药证直诀》，于重和二年（1119）经学生阎孝忠整理成书。该书在小儿生理上强调“五脏六腑成而未全，全而未壮”，指出小儿病理上“易虚易实”，“易寒易热”等特点，故在治疗原则的确定上主张“柔润”，反对大泻、蛮补和痛击之法，有着很高的科学依据。其他如眼科、口齿科、咽喉科等等方面也都取得新的进步。