在1206 年蒙古国建立前后，蒙古族医药卫生保健还处于较原始的状况。 　　虽然也积累一些医疗经验和技术，如正骨技术、灸术、刺血放血术，以及应用马奶酒等作为药物治疗方法等，但治疗疾病大多由巫医所掌管。医与巫的界限尚不很清楚，故卫生保健制度也是较原始的。 　　蒙古国建立后，医事制度逐渐引起统治者的重视，特别是元世祖忽必烈建立元朝后，对医疗保健提出迫切要求，得到迅速发展。这发展主要是通过继承蒙族医药经验，特别是汉族历代形成的先进医疗和卫生保健制度而实现的。忽必烈时期基本上形成了元代医事制度的完整系统。在此期间，他还引进了阿拉伯医学和医事制度。 　　早在1237 年，元太宗窝阔台吸取宋代经验，始于燕京等十余路设置了惠民药局，以奉御田阔阔、太医王璧、齐楫为局官，给银五百锭为规运之本，择良医以疗贫民之疾。1260 年，元世祖忽必烈正式建立了太医院，其官员为正二品，掌医事、制奉御药物以及领各属医职等。1261、1263 年，忽必烈又先后建立了大都惠民局和上都惠民局，其官员为从五品，掌收官钱经营市药、修剂，以惠贫病之民。1262 年，太医院使王猷、副院使王安仁提出关于“医学久废，后进无所师友”，提倡兴办医学教育的意见，仿效宋徽宗创设“医学”，进行医药生徒的培养教育，提高医师医疗理论和技术水平。为了满足统治阶层蒙、回、汉族官员，以及日益增多的回回士兵民众等的需要，于1270年创设了“广惠司”（原名京师医药院），其提举为正三品，级别仅次于太医院，掌修治御用回回药物及和剂以疗诸宿卫士及在京孤寒者。广惠司的官员和回回医不断增加。忽必烈为了提高医生医疗水平，淘汰不合格医生，于1272 年正式建立“医学提举司”，专门负责太医以及各级医学人才的考校，并负责校勘医籍指导各路医学及辨别药材等。1282 年，又正式建立了为太子保健服务的“典医监”等机构。1288 年还在地方设立了“官医提举司”，管理医户差役词讼等事务。1292 年，于广惠司下建立“回回药物院”，职别从五品，专门管理回回药事，使阿拉伯医学在中国得到更广泛的传播。1294 年又建立掌医监及广济提举司，管理修合药饵，以施贫民。至此，元代的医事制度，已基本形成，并有较完整的医疗保健制度。元代的医事制度，给予医官待遇和职务也是较高的，这说明医药卫生在当时地位和作用。