元顺帝逃往上都后，于明洪武元年七月，又被赶出上都，逃往应昌（今辽宁克什克腾旗西达米诺尔附近）。洪武三年（1370）正月，朱元璋命徐达为征虏大将军，李文忠、邓愈为左副将军，冯胜、汤和为右副将军，统领大军兵分两路往征沙漠，明军取得了沙儿峪（今甘肃定西以北）和应昌两大战役的胜利，迫使元朝残余势力北撤。这时元顺帝已死，其子爱猷识理达腊继位，奔和林旧都，蒙古尊号称必力克图可汗，仍奉“大元”国号，史称“北元”。 　　元势力虽退居塞北，但对中原地区“犹有觊觎之志”①，企图重新入主中原，恢复元朝的统治。因此，为了解除蒙古贵族对北方的压力，统一大漠南北，明朝几次派兵北征。 　　洪武五年（1372）正月，朱元璋仍命徐达为征虏大将军，李文忠为左副将军，冯胜为右副将军，发兵十五万，兵分三路远征岭北，号为“清沙漠”。徐达率领中路军出雁门直捣和林，李文忠领东路军经应昌赴岭北，冯胜西路军进兵甘肃。明军此次远征岭北，只有西路获胜，中路主力惨败，兵力大损。经过这一次战役，朱元璋也感到蒙古军事力量一时难以全部平定，就改变为以防御为主的战略，此后十余年间，明朝与岭北的元廷，暂时处于对峙状态。在北方边境，明朝与蒙古虽仍有战争，但规模都不大。 　　洪武二十年（1387）明太祖命冯胜为大将军，蓝玉、傅友德为副将军，领兵二十万，大举征讨盘踞在金山的纳哈出。纳哈出见明朝强兵压境，遂向蓝玉投降，部下诸将也相继降明。纳哈出降明后，北元失去了辽东兵力，意欲西迁。洪武二十一年（1388）四月，蓝玉奉明太祖之命，率十万大军再入漠北，从大宁至庆州（今内蒙古林西）追击，至捕鱼儿海（今贝尔湖），直捣元营，杀元太尉蛮子，元主脱古思帖木儿西逃。行至土剌河畔，为其部将也速迭儿所缢杀，北元内部陷于混乱，“部帅纷挈，五传至坤帖木儿，咸被弑，不复知帝号”①。建文三年（1401），鬼力赤杀坤帖木儿，自称可汗，废北元国号，称鞑靼。蒙古分裂为三部势力，各自为政。辽河、西辽河、老哈河流域（今在吉林、辽宁一带）为兀良哈部，科布多河、额尔齐斯河流域及其以南的准噶尔盆地为瓦剌部，处于兀良哈部和瓦剌之间的是鞑靼部，它以和林为中心，活动在鄂嫩河、克鲁伦河流域以及贝加尔湖以南地区。 　　①徐祯卿：《翦胜野闻》。 　　①《明史》卷三二七《鞑靼传》。