弘光政权灭亡以后，志在抗清复明的士大夫，拥戴不同的藩王，在南方各省又相继建立了几个政权。 　　清军攻下南京、弘光政权灭亡的消息传到浙江，原籍鄞县的明末官僚钱肃乐，联合号称六狂生的宁波秀才董志宁、陆宇■、王家勤、毛聚奎、华夏、张梦锡等，在宁波举义反清，明定海总兵王之仁起兵响应。在这一事件的推动下，余姚、东阳等地都出现抗清义军。余姚山中的一支义军，号“世忠营”，是由明末著名学者黄宗羲组织的。浙江义军和原弘光朝廷的官僚，如总督江上军务的尚书朱大典、协理兵政的尚书张国维、总兵方国安等，将流落在台州的鲁王朱以海迎到绍兴，以监国的名义建立政权。在鲁监国的旗号下，义军控制了福建的长乐、永福、兴化、海口、福安等地。朱以海一度入驻福宁州。清兵南下浙、闽，鲁监国的军队接战不利，所经营的地盘相继失去。大臣张煌言、武将张名振等奉朱以海占据舟山。顺治六年，清军攻下舟山。朱以海沿金门、天台逃亡。顺治八年，张煌言劝说朱以海去鲁监国名号，接受永历政权的辖制。 　　清顺治二年（1645）闰六月，差不多与鲁监国建立的同时，原弘光朝廷委任的镇江总兵郑鸿逵、南安伯郑芝龙、礼部尚书黄道周、福建巡抚张肯堂等人迎奉唐王朱聿键在福州称帝，改福建为福京，福州为天兴府，建元隆武，由郑氏兄弟主持军事，黄道周为首辅，张肯堂为左都御史，政权粗具规模。隆武政权得到福建以外各地义军的拥护。明湖广巡抚何腾蛟招抚了李自成的部将李过、郝摇旗、袁宗第、王进才等及左良玉的旧部，号荆、襄十三家军，这时也投到隆武的旗帜下。 　　朱聿键“性率直，喜诗书，善文翰”①。崇祯八年，他曾兴师勤王，因未曾奉旨，反遭弹劾，禁锢凤阳。后被弘光朝廷赦免，避难到浙江。他的品行和经历既不同于昏庸的朱由崧，也不同于无所作为的朱以海，本该有一番建树，但是，他既然被推上了皇帝的宝座，对邻近的鲁王政权就不能不有所猜疑，对明末农民军的余部就不能不有所忌讳。在隆武的旗帜下，各派抗清力量无法联合起来，朱聿键主要是依靠郑芝龙的军事力量。 　　郑芝龙原来是福建沿海一带的海盗头目，后来接受明朝的招安。他虽然拥立朱聿键，对兴复明室却并不热心。降清的明朝大臣洪承畴和他是同乡，二人早就秘密勾结。 　　黄道周出师北伐，是隆武政权下最壮烈的一幕。黄道周弟子散布江西，他请求去江西募兵。朱聿键要郑芝龙助资助饷，郑芝龙不与一钱。黄道周凭着朱聿键发给的密札百道，招来门下百人。闻风而至的群众达数千人，没有武器，便用农具、木棍装备起来，号“扁担兵”。黄道周的夫人还组织了“夫①《明季南略》郑七《闽中立唐王》。 　　人军”作为后援。北伐军进至广信府，准备攻打徽州。兵败，黄道周被清兵抓去，不屈而死。在他穿的袍子上，有用血写的“大明孤臣黄道周”七个大字。 　　由于郑芝龙撤回仙霞岭守军，南下福建的清兵得以直趋福州。驻守延平的朱聿键出奔。郑芝龙以征剿海寇为名，弃朱聿键于不顾，回到南安老巢。在位一年的隆武帝在汀州被俘，死于福州。 　　郑芝龙不听他的儿子郑成功的劝告，决意降清。使他失望的是，清廷既没有对他封王，也没有任命他为闽粤总督，而是把他送到北京，做了“寓公”，后因郑成功始终不肯投降，而把他处死。 　　隆武政权的大学士苏观生在朱聿键死后，于广州拥朱聿键之弟朱聿■称帝，建元绍武。绍武政权根本没有来得及和清军交手，朱聿■等人还在练习朝仪的时候，李成栋率领的清兵已打进广州城。这个政权只存在了四十天。隆武政权灭亡后，原弘光朝廷的两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜等，在肇庆拥立桂王府永明王朱由榔建立永历政权，据有两广、湖广、云南、贵州、四川、江西等地。永历政权的主要地盘在广西，由瞿式耜镇守桂林，形势比较稳定。 　　永历政权是南明政权中历时最长的一个政权。大顺军余部在内的荆襄十三家军，和张献忠的部将李定国、孙可望等先后归附永历政权，在一定程度上实现了南明政权和明末农民军的联合抗清。何腾蛟、瞿式耜在明末官僚中是比较开明和讲求实务的人物，在各派抗清力量中努力调和。然而在不同派系的官兵之间，不同派系的农民军之间，官兵和农民军之间，矛盾重重，不是靠一两个人的意愿和努力就可以化解。郝摇旗因受不了官军的歧视，与刘体纯等仍屯兵于荆襄地区，发展为夔东十三家军，永历政权无力节制，削弱了抗清的力量。 　　顺治四年（1647），清朝在广东的大将李成栋和在江西的大将金声桓等分别在广州和南昌打出反清的旗号，依附永历政权。李成栋派人接朱由榔还都肇庆，与金声桓策划夺取赣州，打开广东、江西通路。这一变局牵制了清军，使永历政权得到了极好的发展机会。何腾蛟的部将收复了全州（今全县），瞿式耜的部将围攻永州，李过、高一功攻打长沙，北上汉水间。但李成栋、金声桓二部未能实行协同作战的计划，也未能与永历政权的其他力量联合作战，只一年时间，便被清军逐一击败。 　　顺治六年初，荆襄十三家军内部矛盾尖锐，何腾蛟在湘潭只有三十多名士卒守城。清兵乘虚而入，何腾蛟被俘，绝食七日后被杀。湖广的抗清武装失去了统帅，全线崩溃。 　　顺治七年十一月，清将孔有德攻陷岩关，永历政权守将不是弃城逃跑，就是出守阳朔，桂林也差不多成了一座空城。瞿式耜、张同敞（总督，张居正后人）置生死于度外，秉烛危坐。清兵把他们关押在民舍，二人赋诗唱和，得百余首，题为《浩然吟》。十天以后，清兵在独秀山下把他们杀害。 　　桂林丧失，永历政权在广西无立足之地。朱由榔依附孙可望、李定国，辗转于贵州、云南。孙、李二人争夺权位，关系本来就不相睦，现在要争夺对朱由榔的控制权，矛盾更加激化。顺治十二年，李定国奉朱由榔至昆明。孙可望由贵州进攻云南，被李定国打败，向清军投降。顺治十五年，清军分三路攻云南，清将铎尼的中路军迅速抵达曲靖，使昆明两面受敌。永历政权由昆明退到永昌（今保山），由永昌退到腾越（今腾冲），再由腾越逃入缅甸。李定国沿怒江设三道埋伏，虽被吴三桂攻破，总算遏住清兵穷追的势头。清康熙元年（1662），缅甸当局把朱由榔交给清军处置，吴三桂用弓弦把他绞死，李定国得到这个消息也悲愤而死，坚持了十多年的永历政权灭亡。