这次大会后，宗喀巴所创立的新噶当派（格鲁派）也就开始形成了。 　　但是，直到这时为止，宗喀巴还没有自己的寺院，要创建一个新的教派，首先必须有自己的寺院。大祈愿会后不久，宗喀巴在帕竹集团贵族仁钦贝、仁钦伦布等的财力支持下，在拉萨东五十里的旺古尔山创建了甘丹寺，这个寺院成为格鲁派的主寺。 　　在宗喀巴创建新教派新寺院的同时，原来的噶当派则正感到没有出路。 　　他们虽然寺院众多，僧人云集，但是组织涣散，缺乏有权威的大师。于是这一年岁末，宗喀巴作隐语诗，公开宣布直承噶当派创始人阿底峡之传。他在诗中宣称，永乐七年（1409）十二月初三之夜，见到了文殊菩萨十九尊之曼陀罗。文殊手执瓶水，对宗喀巴说道：“此瓶之水，是阿底峡住那哩当水边时与文殊慈尊抉择一身（法报化）二身（法色）法义和合之水。从阿底峡至今三百余年，未有所付，今当付汝也。”①很明显，既然阿底峡三派传承法义全部授予宗喀巴，宗喀巴自然便成为了噶当派的领袖。其结果也只能是噶当派寺院逐渐改宗格鲁派。 　　甘丹寺的建设由于帕竹贵族大力支持布施而进展极快，一年后便建起了七十余院，定基百余处。宗喀巴这时却感到身体不适，他带了数十名弟子去闭关“息灾”。但他终于还是病倒了。永乐十年（1412）十一月闭关修行时病情渐加重，最重时二十余日不能安眠，他自己也相信这是魔劫之至。直到永乐十二年（1414）六月初五日宗喀巴始病体痊愈，这时他已经五十八岁。这一年多闭关养病并未影响到宗喀巴名声日著。永乐十二年明成祖第二次派遣使臣迎请他入京，因而使他声望更有所提高。遗憾的是这一次他因大病初愈，不胜劳累，又未能成行，他再次派弟子释迦也失随同使臣入京。这次入朝，《明史》中有所记述：大慈法王，名释迦也失，亦乌思藏僧称为尚师者也。永乐中，既封二法王（按即大宝法王、大乘法王），其徒争欲见天子邀恩宠，于是来者趾相接。释迦也失亦以十二年入朝，礼亚大乘法王。明年命为妙觉圆通慈慧普应辅国显教灌顶弘善西天佛子大国师，赐之印诰。十四年辞归，赐佛经、佛像、法仗、僧衣、绮帛、金银器，且御制赞词赐之，其徒益以为荣。①释迦也失在京师（南京）受封西天佛子大国师的同一年，宗喀巴受札巴坚参之请，在闻地的札希垛喀为丹萨替寺、节塘寺和烈伍栋僧官僧众讲经，并且为丹萨替寺京俄（阐化王札巴坚参胞弟，帕竹教派最高首领）授比丘戒。虽然明廷并未直接授予宗喀巴封号，但他作为明封西天佛子大国师之师，同时也是藏区最受推崇的至高无尚的宗教领袖。 　　宗喀巴的晚年是极其忙碌的。随着格鲁派势力的不断扩大，永乐十四年（1416）宗喀巴命弟子绛央却杰在拉萨西郊又建起一座新的寺院哲蚌寺，宗喀巴亲临其地，为寺院加持地基。两年后，又命释迦也失在拉萨北郊建立色拉寺。这两座寺院与原建甘丹寺被称为拉萨三大寺，奠定了黄教进一步发展的基础。 　　① 法尊：《宗喀巴大师传》卷三，第二章《别明现世事迹》第十六节《根本道场》。① 《明史》卷三三一《大慈法王传》。 　　永乐十七年（1419）秋天，宗喀巴应徒众之请，往朵垅温泉沐浴。但他只是在那里略濯其足便转往哲蚌寺，为两千多僧俗听众讲论《菩提道次第》，他过去从来不传此经于俗人的，这一次却例外了。这是哲蚌寺修密法之殿竣工的日子，僧众请宗喀巴讲经以为开光。但是宗喀巴未及讲完，便因故返回拉萨去了。不久，又受释迦也失之请，往色拉寺讲经。宗喀巴大约已经感到自己寿命不会长久，他是在勉力而为。不论何处之请，凡无二次者，他全都应许下来，他要利用自己不多的时间，去力争多传此教法。 　　直到这一年入冬后十月二十日，年迈多病的宗喀巴才回到甘丹寺，回到他自己的住室中，他感到安心了。 　　当天夜晚，宗喀巴病情发作。三天后，他留下遗嘱，由达玛仁钦继承住持寺院事务。二十四日夜，重病中的宗喀巴仍在竭力修持，他要用佛家的绝对虔诚走完一生的最后一段路程。二十五日清晨，宗喀巴逝世，享年六十二岁。