嘉靖四十三年（1564）十月，海瑞升为户部云南清吏司主事。嘉靖皇帝自中年以后，崇信道教，一意修仙，侈兴土木，劳民伤财；刚愎自用，喜欢阿谀奉迎，拒绝廷臣劝谏，以致国事日非，民不聊生，怨声载道。四十四年十月，海瑞愤时政阙失，为维护封建皇朝的久安长治，列举事实，犯颜直谏。上疏严厉抨击嘉靖皇帝，名曰《治安疏》。因该疏主旨为“直言天下第一事，以正君道，明臣职，求万世治安，故又称为《直言天下第一疏》。这就是当时震惊朝野、后人所说的“海瑞骂皇帝”。海瑞一生在政治上影响较大的有两件事，此为其一。该疏谓：君者，天下臣民万物之主也。惟其为天下臣民万物之主，责任至重，凡民生利瘼一有所不闻，将一有所不得知而行，其任为不称。是故养君之道，宜无不备，而以其责寄臣工，使尽言焉。京工尽言而君道斯称矣。..陛下则锐精未久，妄念牵之而去矣，反刚明而错用之，谓遥兴可得而一意玄修。富有四海，不曰民之膏脂在斯也，而侈兴土木。二十余年不视朝，纲纪弛矣。数行推广事例，名爵滥矣。二王不相见，人以为薄于父子；以猜疑诽谤戮辱臣下，人以为薄于君臣；乐西苑而不返宫，人以为薄于夫妇。天下吏贪将弱，民不聊生，水旱靡时，盗贼滋炽，自陛下登极初年，亦有之而未甚也。今赋役增常，万方则效陛下，破产礼佛日甚，室如悬磬，十余年来极矣。天下因即陛下改元之号，而亿之曰：“嘉靖者，言家家皆净而无财用也。”..一意玄修，是陛下心之惑也，过于苛断，是陛下情之偏也。..君道不正，臣职不明，此天下第一事也。于此不言，更复何言！大臣持禄而外为谀，小臣畏罪而面为顺，陛下诚有不得知而改之行之者，臣每恨焉。是以昧死竭惓惓为陛下一言之。①此疏一出，海瑞“直声震天下。上自九天，下及薄海内外，无不知有海主事也”②。海瑞自度此疏呈上，必触怒皇帝，获罪而死。因此买好棺材，告别妻子，遣散僮仆，托人料理后事，毫无惧色，从容赴朝，席櫜待罪，“真是铮铮一汉子”。果然不出海瑞所料，皇帝大为震怒，将该疏掷之于地，命令左右：赶快把海瑞抓起来，不要让他逃跑了。宦官黄锦说：海瑞素有痴名，听说上疏时自知必死，已安排好后事，在朝听候处置。皇帝默然。少顷，复取疏览之，若有所动，遂将其留在宫中者数月。至次年二月，皇帝余怒未消，还是以“骂主毁君，悖道不臣”之罪，下旨逮捕海瑞，杖六十，抛入锦衣卫狱，后转刑部狱。户部司务何以尚疏请释放海瑞，皇帝命锦衣卫杖之百，亦锢之诏狱，昼夜榜讯①。 　　同年十二月，世宗病逝，第三子朱载垕继位，是为穆宗。次年改元隆庆，颁布遗诏，大赦天下，海瑞、何以尚同时获释。海瑞复官户部主事。不久，改为兵部武库司主事。隆庆元年（1567）二月，升为尚宝司丞。海瑞上疏请求归家养母，不予允准。四月，擢大理寺右侍丞。时内阁首辅徐阶与高拱之间的矛盾愈演愈烈，高拱欲夺徐阶之权，指使门生、广东道试监察御史齐康① 《治安疏》，《海瑞集》上册，第217—221 页。 　　② 王国宪：《海忠介公年谱》，《海瑞集》下册，第588 页。 　　① 《明史》卷二二六《海瑞传》。 　　奏劾徐阶。海瑞上疏支持徐阶，说：徐阶为首相，“天下骎骎然有向治之渐”，而且“不招权，不纳贿”；高拱为人“狡且凶”，才不足任；齐康捏架无影虚词，“以是为非，以非为是”，请罢斥高拱，重治齐康②。结果九卿科道合疏挽留徐阶，齐康被谪远出，高拱落职回家闲住。为此，高拱心里痛恨海瑞。是年冬，海瑞改调为南京通政司右通政，次年二月初至南京任上。七月，徐阶致仕还乡，次辅李春芳为内阁首辅。隆庆三年春，海瑞迁通政司右通政。六月二十四日，晋升都察院右佥都御史、总督粮储、提督军务，巡抚应天十府③，遂离开京师，启程南下，出任江南巡抚。这是海瑞一生在政治上影响较大的另一件事。 　　② 《乞治党邪言官疏》，《海瑞集》上册，第226—227 页。 　　③ 时应天巡抚驻苏州，辖地包括应天、苏州、松江、镇江、常州、徽州、宁国、池州、太平、安庆等府和广德州，兼理杭州、嘉兴、湖州三府税粮。