著《医林改错》的原意，“乃记脏腑之书”，事实上此书在临床医学方面的贡献并不逊于解剖学。他最突出的成就是提倡气血学说。这一学说在祖国医学中很早就有记载，我国中医经典《内经》中就提出疏理气血，使其通调畅达，这是中医学治病的关键之一。王清任对这一理论有了发挥，认为治病之要诀，在于明气血。无论外感内伤，要知初病由何而起，不能伤脏腑，不能伤筋骨，不能伤皮肉，所伤者无非气血。气病有虚实之分，实则指邪气实；虚是指正气虚。血病有血亏血瘀之分。血亏，必定有引起亏血的原因。或因吐血、衄血，或溺血、便血，或破伤流血过多，或崩漏、产后伤血过多。若血瘀，必有血瘀的表现可查验。他根据自己数十年的临床实践，总结出气虚症六十种，包括半身不遂门四十种、小儿抽风门二十种，以及血瘀症五十种，供临症参考。 　　在临床治疗用药上，王清任有两个鲜明特点，即活血化瘀和补气。在《医林改错》中，除了收有古方之外，他还提出了三十三个处方，大部分用的是活血化瘀法。直接以活血逐瘀命名的处方有会厌逐瘀汤、血府逐瘀汤、膈下逐瘀汤等八种。他提出的以膈膜为界划分疾病部位，用不同的逐瘀汤分治上、中、下三个不同部位的瘀症，都是非常新颖合理的治疗方法，弥补了前人所未备。在用药上，他用得最多的是桃仁、红花、川芎、赤芍等。这四味药普通易得，价格便宜，而又疗效显著，至今仍是活血化瘀的首选药物。 　　王清任的补气法以其特殊的选药用量及配伍方法独树一帜。在《医林改错》中，补气方有补阳还五汤、黄芪防风汤、足卫和荣汤等十一种。其中十种均用一两以上的黄芪为主药，并有八种配合逐瘀法。这种补阳还五汤至今仍是特别著名的效方，也是他的补气法的典范。方中重用黄芪达四两以上。补气药中，参类价格昂贵，不是久服之品。而黄芪价廉物美，针对性胜于参类，疗效也很好，重用黄芪补气确是谙熟药学的选择。 　　活血化瘀及补气逐瘀法，在临床上的使用范围非常广泛。王清任本人曾用血府逐瘀汤治疗了一女子胸任重物，仆妇坐胸才能入睡；一男子胸不任物，揭被露胸方能入睡。用活血化瘀均获奇效。随着医学科学的发展，此法在今天临床应用范围更为广泛，是内科、外科、妇科、伤科多种疾病最重要的治法之一。王清任的方子在临床上的使用也仍然很有价值。如补阳还五汤治疗脑血管意外，尤其是后遗之半身不遂，至今仍为首选。再如血府逐瘀汤治疗颇为棘手的急性弥漫性血管内凝血也取得较好的疗效。目前，尚有一些单位及个人以王氏的方子及他的常用药物，作为课题进行现代研究。可见王清任的临床成就至今受到医务界的关注。 　　在病因学说方面，王清任也敢于否定前人的错误论述，提出一些独到的新见解。如，对于天花，王清任便推翻了历来胎毒学说，他指出自汉代以前无出痘者，如果说是胎毒，汉代以前之人岂不是父母所生？他根据自己的实际观察和天花流行时少则一省，多则数省的特点，反复论证天花并非胎毒，而是“遇天行触浊气之瘟疫”①，自口鼻而侵入人体，由浅入深，再从皮肤发出而形成天花。并认为天花的轻重和感受瘟毒的轻重有关。治疗方面主要在于辨明轻重，清解瘟毒，活血化瘀，补气助阳。尽管在世界范围内天花已被①《医林改错注释》第146页。 　　彻底消灭，但王清任为治疗天花而创制的治法，如解毒与活血，养阴与活血，补气与活血等的配合，以及他的一些治疗方药，如解毒活血汤，助阳止痒方等对今天的中医临床仍有很大的启发，还常用于麻疹、风疹、喉痹、音哑等症的治疗。