咸丰六年（1856），大理政权建立伊始，提督文祥奉朝廷命自姚州向大理进发。都司何有宝奉恒文命西上，与文祥会师。何有宝骁勇当前锋，所向披靡，从镇南直攻至红岩、赵州，距大理30里。杜文秀亲率大军前往迎敌。暗派吕藩诱说何有宝之子自清。文祥拟诱捕何有宝父子斩之。何有宝杀捕者，远遁。杜文秀挥兵掩杀，文祥营溃乱，退回镇南。清军第一次西征，被杜文秀击败。 　　十年（1860）二月，提督褚克昌倾师西犯，连陷姚州、大姚、云南等县后，又分兵进攻红岩、弥渡、宾川。大理震动。杜文秀亲率大军于红岩、赵州对敌，急调扬威大都督蔡发春于云州星夜来援，乘其不备，相继克复红岩、弥渡、云南县等要地。时迤东南友军马如龙率领东南回民义军赴迤西援助，自曲江出发，取道通海、.峨（峨山），出易门，入南安州（今双柏）。宜良汉族诸生李芳园亦率部由安宁经易门至南安州，联合攻取广通县，进占楚雄，截断褚克昌后路。褚克昌粮运不济，军心动摇。七月，蔡发春攻克褚克昌的宾川大营，褚克昌兵败身亡，全军覆没。清军第二次西征，也被杜文秀击败。 　　同治二年（1863）八月，署云南布政使岑毓英镇压了迤东曲靖等地回民起义军，率大军西征，破杜文秀于罗川，进占楚雄，分军取景东，复元谋、镇远。邓川、云南、赵州、浪穹、鹤庆、弥渡、宾川均不战而得。继陷永北，败杜文秀于镇南。岑毓英遂命张润、张愉等攻上关，钱大川攻下关。杜文秀督师力战，清军攻上下关者皆败。杜文秀挥兵追击，诸城已失复得。岑毓英腿部中伤，命李惟述扼楚雄，余部退归省城。清军第三次西征，历时一年，终被杜文秀击败。 　　同治六年（1867）正月，马如龙已降清，为临沅镇总兵，继署提督，久久无功，不为清廷大吏信任，急于立功自效。清军分中路（西路）、北路和南路发起攻势。中路又分为二支：一由参将杨振鹏、副将李惟述指挥，自楚雄攻镇南；一由参将杨先芝、游击合安国指挥，夺取姚州。北路由昭通镇总兵杨盛宗指挥，自昭通进攻永北，再出鹤庆、丽江，攻占上关。南路由署腾越镇总兵田仲兴和署普洱镇总兵李锦文指挥。其一自景东攻蒙化，一自普洱攻威远、云州和缅宁。马如龙亲率宾9000，在楚雄、定远之间往来策应①。四月，杜文秀分三路反攻，一出大小骠川进攻楚雄；一援镇南，攻大姚；一驰援姚州。马如龙本与杜文秀同时起兵反清，其部下大都为回民，今马如龙同室操戈，屠杀同族兄弟，部下多不乐意。合安国、杨振鹏且与杜文秀暗有联络。马如龙军容虽盛，实无战志。未几，杨振鹏溃于宾川，合安国溃于姚州，李惟述退保楚雄。其北路杨盛宗溃于永北，撤回昭通。南路以“瘴疫盛行，粮饷不继”为借口，田仲兴退守新平，李锦文部撤归普洱①。马如龙称病，引兵东归昆明。清军第四次西征，又被杜文秀击败。 　　①田汝康：《有关杜文秀对外关系的几个问题》的文章后注文43引“印度事务部档案”称：大理文职官员等级表中包括一些宗教领袖的官衔，如维持清真寺都掌教（从二品），都掌教（正三品），副都掌教（正四品），都掌教典籍（从四品），都掌教中书（正五品），司经馆教□（谕）（正五品），司经馆训导（正六品），司经馆主簿（正八品），司经馆司务（正九品）等。这段记载的实施情况，尚不了解。①《钦定平定云南回匪方略》卷28，6页。