8月，同盟会与另4个小党在北京合并组成国民党，孙中山被选为理事长。担任代理事长的宋教仁为争取成立“政党内阁”而积极活动，并使国民党在国会选举中获胜。袁世凯视宋教仁为眼中钉，于1913年3月20日派刺客在上海车站暗杀了他。接着又不惜出卖国家权益与五国银行团签订“善后大借款”的协议，企图用作镇压南方革命党人的军费。正在日本访问的孙中山闻悉宋教仁被刺的消息，立即于25日赶回上海，力主“先发制人”，组织南方各省武力讨袁。7月12日，江西都督李烈钧在湖口誓师，宣布独立，揭开了“二次革命”的序幕。接着，江苏、上海、安徽、广东、福建、湖南、重庆等各省市也先后宣布独立。在北洋军队的攻击下，南方各省讨袁军在短短一个月内相继失败。孙中山原打算到广东直接领导讨袁，因大势已去，不得不于8月再度流亡日本。 　　1914年7月，孙中山在东京成立了由他担任总理的中华革命党，继续部署反袁斗争。这期间，孙中山与原配卢慕贞离婚，并于1915年10月在东京与他的忠实助手宋庆龄结婚。1916年，反袁护国运动的激流冲毁了洪宪帝制，袁世凯也随即殒命。孙中山回到了上海。然而，掌握北京中央政权的北洋军阀头子段祺瑞承袭了袁世凯的衣钵，对外卖国，对内毁弃《中华民国临时约法》，继续推行独裁统治。孙中山乃于1917年南下广州，联合西南军阀势力成立中华民国军政府，被推举为大元帅，发起了“护法”运动。但他没有自己的军队，不久便遭到桂系军阀的排挤，不得不于次年再赴上海。在上海期间，他撰写了《孙文学说》、《实业计划》等重要著作。1919年10月，他将中华革命党改组为中国国民党，继续担任总理。1920年，命粤军陈炯明部驱逐盘踞广东的桂系军阀势力，11月重回广州。次年4月，在广州召开国会非常会议，孙中山被选举为非常大总统。5月5日，孙中山就任非常大总统，再次揭橥护法旗帜，部署北伐。1922年6月，陈炯明部在广州叛变，炮轰总统府，孙中山在白鹅潭的军舰上坚持战斗50余天后退居上海。在此前后，孙中山曾与俄国共产党代表和中国共产党人有所接触，并在他们的帮助下，开始着手改组国民党。1923年，陈炯明的部队被滇军逐出广州，孙中山第三次回到广州建立革命政权，任陆海军大元帅，重新部署北伐。 　　1924年1月，孙中山主持了在广州召开的中国国民党第一次全国代表大会，重新解释三民主义，接受了中国共产党提出的反帝反封建的革命纲领，确立了“联俄、联共、扶助农工”的三大革命政策。同年6月创办黄埔军校，仿照苏联红军的建军原则和军队政治工作制度，训练培养革命武装干部。10月，亲自作出有力部署，平息了广州的商团叛乱。11月，应北京政变领导人冯玉祥等的邀请，北上商谈国是。他提出了对内召开国民会议，结束军阀统治，对外废除不平等条约，反对帝国主义侵略的主张，并同北洋军阀进行不调和的斗争。1925年3月12日，孙中山因患肝癌在北京逝世。临终时留下了“必须唤起民众及联合世界上以平等待我之民族，共同战斗”的宝贵遗嘱。孙中山的著作甚丰，版本不少。中华书局1981年至1986年出版的《孙中山全集》（凡11卷），是迄今为止收录著作最多的全集版本，共收入孙中山的论著、文告、公牍、函电、演说、谈话纪录等约8200篇，400余万字。