黄兴避居上海后，因万福华谋刺前广西巡抚王之春案的牵连，被捕入狱。后经多方营救，得以出狱。后避难到东京，过着流亡生活。 　　光绪三十一年六月（1905年7月），经日本人宫崎寅藏介绍，黄兴与孙中山初次会见。二人畅谈革命大势，交流思想，共议组织统一的革命团体。六月二十七日（7月29日），黄兴约集华兴会骨干商议与兴中会合组革命团体问题。会上，陈天华明确主张“以吾团体与之联合”；刘揆一主张“不入孙会”；黄兴则主张“形式上入孙逸仙会，而精神上仍存吾团体”；宋教仁认为“既有入会不入会者之别，则当研究将来入会者之关系如何”①。众说纷纭，最后在东京的华兴会员除少数人外，其他都决定参加统一的革命团体。六月二十八日（7月30日），孙中山和黄兴派人分头邀请各省倾向革命的留学生，到东京举行建立统一革命团体的筹备会。与会者包括兴中会、华兴会、光复会以及留日学生中其他团体的部分成员和日本人宫崎寅藏、内田良平、末永节，共计70余人。会上，确定新成立团体的名称为“中国同盟会”，以孙中山提议的“驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权”为宗旨。黄兴在会上发表演说，慷慨陈述革命大义，并被推举为同盟会章程的起草人之一。 　　七月十三日（8月13日），黄兴、宋教仁等在东京发起组织留日学生欢迎孙中山大会，到会者达1300余人。孙中山在会上作了长篇演说，指出当前民族思想蓬勃发展，号召到会者摒弃改良主义道路，采取革命手段，致力于反清斗争。 　　光绪三十一年七月二十日（1905年8月20日），同盟会正式成立大会在东京举行，到会者约百余人。黄兴首先在会上宣读章程草案30条，经大会讨论修改后通过。章程规定以东京为同盟会本部所在地，本部机构遵循三权分立原则，在总理之下设执行、评议、司法三部。在选举总理时，黄兴提议：“公推孙中山先生为本党总理，不必经过选举手续。”①提议获得一致通过。黄兴还提议把《二十世纪之支那》杂志作为同盟会机关报（后改称《民报》），得到与会者赞同。 　　黄兴在与孙中山共建同盟会上起了重要作用，可以说，同盟会是以孙中山、黄兴为轴心建立起来的。同盟会的成立，加强了革命力量的团结和统一，使中国资产阶级民主革命进入了一个新阶段。 　　①刘揆一：《黄兴传记》，《辛亥革命》第4册，第276页。 　　①宋教仁：《宋渔父日记》，《辛亥革命》第2册，第210—211页。