关于生物与生物之间和生物与周围环境之间的相互关系，这一时期也产生了不少新的认识，有些还试图从理论的高度来加以解释。例如，动物对天气将雨的变化会产生反应，蝼蛄和蚂蚁要搬家，蚯蚓会钻出地面，王充认为，“天气变于上，人、物应于下矣。”①这是“风雨之气感虫物”②的结果。王充还提到：“夫虫之生也，必依温湿。”③“何知虫以温湿生也？以蛊虫知之。”④指出了温湿环境和季节对昆虫繁殖的影响。仲长统《昌言》也谈到温度对蚕的生长发育的影响。《吕氏春秋》已谈到蚌蛤等水生生物的生殖活动受月亮周期的影响。《淮南子·天文训》载：“月死而蠃蛖膲。”《论衡·顺鼓》载：“月毁于天，螺蚄舀缺。”都是说，月晦时，螺类动物的肉就变得不丰满。发现月亮周期对水生生物的影响，是我国古代动物学上的一个重要成就。动物的共栖现象，早在《尚书》中就有记载，《尔雅·释鸟》称：“鸟鼠同穴，其鸟为鵌，其鼠为鼷。”在古代文献中第一次具体地指出了同穴共居的鸟鼠名称。《汉书·五行志》载：“成帝永始元年春，北海出大鱼，长六丈，高一丈，四枚；哀帝建平三年，东莱平度出大鱼，长八丈，高丈一尺，七枚，皆死。”这是鲸鱼集体自杀现象的最早记载。王充在《论衡》中说：“夫东风至，酒湛溢，鲸鱼死，彗星出，天道自然，非人事也。”正确地认为这是与人事无关的自然现象。植物的生态环境，如水分、土壤、阳光、空气、温度等，对于植物生长发育的影响和作用尤为重要。《氾胜之书》指出，种豆时要灌水，“临种沃之，坎三升水”，种麻遇“天旱，以流水浇之，树五升”，说明要根据天气、土壤等环境状况，进行合理灌溉，以保持植物体的水分平衡。《氾胜之书》还介绍了利用雪水处理种子使稻麦耐旱多实，利用灌溉水控制田间温度促进稻麻生长，用手摩擦果实控制瓠定向生长，以及独特的施用种肥的溲种法等一系列方法。这些方法都是改善农作物或园艺作物生态环境的增产措施。《神农本草经》载：“大豆黄卷（即黄豆芽），味甘平，主湿痹，筋挛，膝痛。”《盐铁论》载“冬葵温韭”，冬季用加温方法生产韭菜，生长出来的是韭黄。说明我国一千多年前就已认识到因光照不足而产生的植物黄化现象并且加以利用，在世界蔬菜栽培上增添了重要的一页。 　　①王充：《论衡·变动》。 　　②王充：《论衡·变动》。 　　③王充：《论衡·商虫》。 　　④王充：《论衡·商虫》。