萨特回到巴黎后变多了，那是一种从内到外的变化，连一直与他保持着联系的波伏娃都感到他有些陌生了。他的表情常常是严峻的，有时甚至是僵硬的。他满口集中营的语言，动不动就对人进行道德说教。然而让朋友们惊诧不已的还不止于此：萨特说，他回巴黎不是为了享受自由的甜蜜，不是为了单纯地活着，而是为了采取实际行动。在德国势力如此嚣张的巴黎，能采取什么行动呢？波伏娃既有些担心，又有些疑惑。萨特认为人们之所以感到无能为力，是因为彼此闭塞，而个人的力量太微弱了。他要做的正是打破这种闭塞的局面，把人们团结起来，组织强有力的抵抗运动。
事不宜迟，萨特立即着手与政界发生联系。他找到了他以前教过的学生，他们中间有不少是坚定的反德分子。此外，高师时的同学梅隆·庞蒂也被他联络上了，大家决定成立一个抵抗组织。萨特和小组成员们决定把这个组织取名为“社会主义和自由”——这既是他们的行动纲领，也是组织的基本目标，同时也是他们为解放后的新政府设想的名字。“社会主义和自由”组织很快开展活动了，第一次会议就在米斯特拉尔旅馆波伏娃的房间内举行，成员们就活动的具体方式展开了讨论。一些人倾向于使用暴力，但最后会议决定：在短期内，组织应以吸收新成员、搜集情报、散发传单、设法与其他抵抗者取得联系为主要任务。
声势并不浩大，“社会主义和自由”小组的成员们投入了紧张的斗争中。他们常常在旅馆里或某一位成员的家里碰头。萨特忙于撰写一些煽动性的文章，然后在小组创办的地下小报上刊登出来，其他人则马上把这些简报以及其他宣传小册子散发出去。从未写过政论文的萨特惊讶于自己一开始写就驾轻就熟，而那种首次融入斗争团体的感受又让他兴奋不已。是的，早该行动了！
传闻越来越不令人乐观，法西斯势力在各条战线上节节胜利。萨特和他的小组开始感到必须准备面对盟国彻底失败、法国无法收复的可怕前景。即使到了那一步，萨特他们也决不轻易放弃。“倘若德国赢得战争的最后胜利，那么我们的任务就是使法国失去和平。”萨特在他创办的第一份新闻简报中悲壮地写道。过了不久，萨特发现：许多与他们相类似的抵抗组织早就有了，而其中一个组织的负责人还是他的一个少年伙伴——阿尔弗雷德·佩隆，萨特立即与这个组织取得了联系。“组织”联合会议常常在丁香花小园圃或卢森堡公园里举行，更多的人走到了一起。
萨特一边一丝不苟地履行着自己所担负的任务，一边对巴黎乃至国内的局势进行全面的观察了解和冷静的分析思考。他发现抵抗运动的前景是不容乐观的，虽然抵抗组织遍地皆是，但它们几乎都有两个致命的弱点：力量有限，缺乏必要的谨慎，没有一个具有极强号召力和极高威信的领导者。如何使“社会主义和自由”小组具有更强的生命力，在抵抗运动中产生更大的影响呢？作为一个作家，萨特自然而然地把目光投向了他的同行们。
这年夏初，萨特和波伏娃决定骑自行车离开巴黎，去同一些眼下逃避在自由地区的知名作家取得联系，以争取赢得他们对“社会主义和自由”组织的支持。在一名勇敢的妇女的带领下，他俩艰难地穿过了田野和森林，终于抵达自由地带。白天，他们骑车赶路，晚上，他们就露宿于田野、草地中。第一站是瓦利尔斯，这里隐居着曾经十分赏识萨特的文坛元老纪德。然而他们很快大失所望地离开了，因为纪德对他们的组织和计划不感兴趣，他甚至没有邀请两位远道而来的客人到家中小憩。也许马尔罗会有所不同吗？萨特和波伏娃没有泄气，又向第二个目标出发了。马尔罗也是当时法国最杰出的作家之一，而且是一位积极参与政事的斗士。在西班牙内战中，他显示了一个作家在革命事变中所能起到的干预作用。人们常常赞扬他说，马尔罗简直胜于一个营的兵力。因此，当萨特和波伏娃奔往马丹角马尔罗的府第时，他们满怀信心。这次，他们受到了主人热情的接待，在豪华舒适的别墅内，马尔罗让仆人特意为萨特和波伏娃烹制了美味的马里兰小鸡。然而一谈到正题，这位曾经斗志昂扬的作家却情绪低落下来，由于最后法西斯还是统治了西班牙，这位领导政治活动已经10年的作家感到累了，生出了隐退之意。“你有武器吗？”仅仅这个问题萨特就被问得哑口无言。马尔罗认为：现代战争的结局完全在于哪一方拥有技术上的优势，就萨特他们的抵抗组织来看，在这个时候有所行动不仅是危险的而且是荒谬的。萨特和波伏娃受到了第二次沉重打击。
一无所获的萨特和波伏娃回到了巴黎。这次出访他们共骑了2000多公里，风餐露宿，历尽艰险。然而巴黎的境况更是每况愈下，开创阶段曾经蓬蓬勃勃的各种组织都已经陆续散伙了，仅剩的几个也正处于解体阶段，连“社会主义和自由”组织也不例外。其实这也该是意料之中的。这些组织主要由一群没有任何地下工作经验的中产阶级知识分子组成，他们各自为阵，缺乏较强的凝聚力，这就注定了他们不可能有什么大作为。没有政党领导的组织难免会因为散漫而显得薄弱，当时，法国共产党非常强大，它有严明的纪律、严密的管理机构，然而他们不信任这些由小资产阶级知识分子组成的组织。他们甚至怀疑萨特之所以被德国人释放，是因为他同意当奸细。这样一个人领导的组织，又怎么能与之建立共同阵线呢？萨特感到日渐孤立。
巴黎的气氛愈加阴郁，墙壁上处决法国人的布告与日俱增，人们过着提心吊胆、战战兢兢的日子。萨特开始苦苦思索马尔罗的话：“时机也许真的还不成熟。”风声越来越紧，萨特的那个儿时伙伴被捕，紧接着，波伏娃以前的一个学生也遭到了同样的命运。
形势不容再三考虑，萨特痛下决心：立即解散“社会主义与自由”组织，因为它已经势单力薄，它的继续存在只会给其成员带来危险。对一个人的死负有责任并不是一件轻而易举就能被原谅的小事。组织的解散令萨特痛心不已。他在战俘集中营就开始筹划建立这样一个抵抗组织；被释放之后，又耗费了这么长的时间，这么多的精力，想使它逐步壮大。然而冒险与达到目的是完全不相同的两码事，尽管人人都觉得殊可惋惜，“社会主义和自由”组织就这样夭折了。
萨特的第一次行动就遭到了挫败，然而这又算得了什么呢？对于那种认定了一条道就会义无反顾地走下去的人，失败的阻力几乎可以完全忽略。既然时机决定了与人联合行动就会使别人冒险，萨特决定采取自己一个人就能进行的抵抗形式——写作。现在，写作对于萨特而言，已经有了全新的意义。
这次，萨特决定写一部戏剧，在集中营上演的《巴里奥纳》的非凡成功鼓舞了他，也使他发现戏剧竟有那样强大的鼓动人心的力量。现在，无论在哪里，法国人都在受到德国人的蹂躏，都受到亡国命运的折磨；而卖国的贝当政府却大肆宣传和平，要人们悔过自新，俯首称臣。萨特感到必须立即唤起民众起来抗争，呼吁他们站起来去争取和平与自由。为此，他决定写一个容易被人接受，通俗易懂，却具有强烈号召力的戏剧。
1941年冬季，法国人开始了第一次真正的对德国人的反抗。11月，一颗颗手榴弹投进了德国人霸占的饭店和旅馆，铁路上的破坏也跟着出现了。到处有德国人遭到暗杀，在波尔多，每50个德国人中就有一人可能在什么时候被杀死在街上。作为报复，盖世太保立刻枪毙了50个法国人质，并贴出布告：惩治范围将波及恐怖主义者的全家。为了平息这种恐怖活动，维希政府试图将其忏悔政策强加给法国人民，贝当在向全国发表广播讲话时说：“你们正在受苦，你们还将长期痛苦下去，因为我们还没有还清由我们的过错而造成的欠债……”
萨特一眼看穿了维希政府的用意：它试图让法国人陷入悔恨和羞愧之中，从而自动放弃他们进行反抗、争取自由的权利。如何能让人们消除这种悔过的心理状态，使他们摆脱罪孽感，重新理直气壮地站出来呢？
“自由并不是什么超越人类条件的抽象能力，而是最荒谬、最无法逃避的介入。”萨特文思泉涌，很快完成了三幕剧《苍蝇》。
俄瑞斯特斯是古希腊时代一个国王阿伽门农的儿子，当他还是个孩子的时候，母后克吕泰理斯特拉与埃癸斯托斯勾搭成奸，并合谋杀死了自己的丈夫，篡夺了王位。而他被人偷偷地带到了另一片国土。当俄瑞斯特斯长成一个年轻人时，他回到了他的出生地——阿耳戈。阿耳戈已经变成了一个到处是飞来飞去的苍蝇的肮脏的地方，而居民们都因曾经欢迎过一个凶手当国王而深感内疚。几经周折，俄瑞斯特斯终于明白了自己的身世，并与妹妹厄勒克特拉一起，为父亲报了仇，杀死了母亲和现任国王埃癸斯托斯。然而血腥带来了复仇女神和宙斯，在他们的威逼下，妹妹屈服于传统，认了杀母之罪。而俄瑞斯特斯却宣布不要宙斯所给予的王位，大踏步走出了阿耳戈，尖声叫喊着的复仇女神紧追而去。
《苍蝇》取材于古希腊的名剧，但经过萨特的演绎，它的主题便具有了鲜明的当代性。萨特正是借用这个希腊悲剧，告诉人们：他们有自由的权利，有反抗的权利，并医治他们那种不必要的悔恨心理。
1943年6月3日，《苍蝇》在巴黎剧院首次公演，演技日臻成熟，曾经和萨特、波伏娃过从甚密的奥尔加扮演女主角厄勒克特拉。新立体派雕塑家亨利·乔治·亚当斯以大胆而挑衅的风格制作了布景、面具和塑像。幕布拉开了，人们屏息凝神，当“自由”这两个字从俄瑞斯特斯嘴里迸出时，仿佛人群里丢进了一颗炸弹，人们一片哗然。观众们很快了解了此剧的含义，他们感到自己的心灵受到巨大的震撼：我们为什么要内疚？此剧连续公演了25场。与观众的热烈反响完全相反，评论界对《苍蝇》的态度十分尖刻，甚至可以说有些恶毒。他们故意撇开这出剧的政治、思想意义不谈，而专从纯文学的角度来予以批评，说它冗长、晦涩、平淡乏味。报刊的激烈抨击使剧院不得不停止演出，虽然观众们仍然要求重演。
尽管评论界一致持贬斥态度，《苍蝇》无论在知识阶层还是在一般青年人中都产生了深刻的影响，人们感觉好像发现了新大陆一样。“人是自由的，只是自己还没有意识到而已”。“人类的生活恰恰应从绝望的彼岸开始”。“只有当人们自己承认软弱时，人才是软弱的”。
俄瑞斯特斯的声音久久地回荡在每一个不甘被奴役、不甘被剥夺自由的人的心中。
