德军在托卜鲁克战役的辉煌胜利使丘吉尔首相在国内成为众矢之的。脾气暴躁的议员们纷纷抨击丘吉尔，“虽然在辩论中一场又一场地赢得胜利，但是在战场上却一次又一次地遭受失败”。连保守党议员们也群起指责丘吉尔的无能。
在随后的几天，随着隆美尔装甲军团不断乘胜前进，英军不断节节败退，议员们对丘吉尔更是群起而攻之。一位议员指出英军的失败完全在于军队那种按部就班的僵化思想，“在我们国家，人人嘴边都流传着这样一句话：如果隆美尔在英国军队服役的话，那么他现在仍然还是一名下士”。
丘吉尔在两院联席听证会上进行的一次才华横溢的雄辩使他暂时摆脱了一场政治灾难。他向议员们讲述了北非失败的大概经过，很巧妙地回避了议员们指向他的矛头，而将战争失败的主要原因归结为隆美尔的天才指挥和远在非洲的英军将领们的指挥失误。他表示，“如果有那种自称是灾难投机商的人，认为可以用更加暗淡的色彩来描绘这幅图画，无疑他们完全有权这样做，但是我们现在更需要的是如何来扭转北非的战局，而不是在这里喋喋不休地争论谁要为已经过去的失败来承担责任”。丘吉尔认为，拯救北非英军的惟一途径就是任命一名能与隆美尔相匹敌的将领前去指挥北非的英军。
丘吉尔的窘境和辩词在德国引起了一阵喧哗和嘲笑。《柏林经济报》在头版头条用大幅标题写道：“丘吉尔说——是隆美尔的错！”在东普鲁士“狼穴”的地下室里，希特勒带着嘲弄的神情向他的将领们评述了丘吉尔的话，“把一名敌军的将领如此吹捧简直是犯了一个天大的错误！人们老是问：隆美尔是如何取得这种遍及全球的声誉的？丘吉尔首相应该算是功臣之一了，因为我们的丘吉尔先生总是在议会将隆美尔吹捧成一位军事天才。”
隆美尔的非洲装甲军团虽然取得了托卜鲁克战役的胜利，但经过这场恶战，德意联军的兵员、物资、装备的损耗也非常巨大。由于有缴获的大批英军战略物资可解燃眉之急，再加上罗马当局曾多次向隆美尔保证：只要占领了托卜鲁克和梅尔沙马特鲁，他们一定会想方设法将适当数量的物资运到非洲战场。隆美尔对后勤供应的前景充满了乐观的估计。
这时装甲军团离亚历山大港仅160公里。在隆美尔看来，他似乎已经拿到了开启开罗城门的金钥匙。如果占领了开罗，英国在中东地区的统治就会像“多米诺”骨牌一样纷纷倒下；这样，叙利亚、伊拉克和伊朗将会纳入德国的版图，土耳其将会为形势所迫站到德国这边，苏联的中部将会直接暴露在德军面前。隆美尔决定，不等部队休整补充完毕即向埃及境内乘胜追击，不给英军重建一道新防线的时间，最终把英军彻底赶出北非乃至整个中东。他给部队下达了继续进军的命令。
对于隆美尔要求向埃及境内深入进攻，在德国和意大利最高统帅部都引起了种种非议。大部分将领认为：非洲装甲军团的后勤补给线将会由于进攻的继续深入而会拉得更长，补给将会更加困难；万一英军切断德军的补给线，将会使装甲军团陷入绝境；而英军则由于不断收缩而使后勤补给线不断缩短，补给将会更加便利，这使英军处于非常有利的补给状态。
还是在1942年5月，墨索里尼给隆美尔的命令是最远只能推进到埃及边境。这倒并不是这位独裁者愿意见好就收，而是因为入侵埃及将使德意军队面临两大难题：一是意大利海军因燃料吃紧，不能组织有效的护航，向埃及的深入将会使意补给船队的损失加大，难以保证德意军队的后勤供应；二是由于马耳他的英国海空军基地一直没有遭到彻底摧毁，所以意大利的补给船队将会受到英军的猛烈攻击。
隆美尔则一心想一举打败英军，他想方设法谋求最高统帅部改变这种过时的想法。在给希特勒的信中，隆美尔大肆宣扬了装甲军团高昂的士气、英军的沮丧和慌乱以及托卜鲁克丰富的储藏。这一切对希特勒具有极大的诱惑。希特勒再也顾不上考虑其他，立即给墨索里尼发去电报。他把托卜鲁克战役的胜利认为是北非战场的“转折点”，“为什么不乘胜追击呢？胜利之神在战场上正在向我们招手”。
墨索里尼也为隆美尔的胜利和希特勒的妄想症所打动。在给隆美尔的电报中，他批准了隆美尔要求进入埃及的请求，并预祝他早日把英军彻底赶出北非。隆美尔立即回电表示了感谢，并保证不久将在开罗机场恭候他的光临。
在征得最高统帅部同意后，隆美尔立即催促他的部队加快推进。中途，非洲装甲军团曾一度燃料告急，好在附近的火车站有英军遗留下来的一些汽油。装甲军团依靠这些燃料终于到达了梅尔沙马特鲁以西的进攻出发阵地。
种种迹象表明，英军正在准备坚守梅尔沙马特鲁。事实上，李奇特也正是准备这样做的，而这正中隆美尔下怀，他就是想逼英军在此与他展开决战，乘机一举围歼英军。6月25日夜，奥钦里克亲自接管指挥。他决定避开非洲装甲军团的锐气，放弃在梅尔沙马特鲁和隆美尔决战，让英军想方设法突围，等到武器弹药和人员都得到充分补给之后，再和隆美尔一决高低。奥钦里克的这种做法拯救了英军，从而彻底避免了被隆美尔一网打尽的厄运。
德军完成了对梅尔沙马特鲁的包围，进攻随即开始了。第90轻装甲师击溃英军警戒部队后，突破了英军的外围防线，其他部队也纷纷突破了外围防线。隆美尔判断，要塞守军为新西兰师和印度第10师的主力，加上英军第50师和印度第5师的一部分，这些步兵基本已被包围在要塞内。其实，英军的主力早已开始撤离，新西兰师已经撤到要塞以南30公里外。其他部队也纷纷向围困力量较弱的西南部开阔地带突围，有的甚至越过开阔的海港向东撤退。而英国空军则用猛烈的轰炸来掩护地面部队的撤退。
新西兰师在弗利堡将军的指挥下，在黑夜里集中兵力从要塞的南面进行突围，而隆美尔的司令部也恰好设在要塞以南。隆美尔率领他的警卫营仓促投入了激战，并立即下令意军使用全部补给车辆，以最快的速度赶到要塞以南，堵住缺口。但意军的装备和运输工具实在太差，运动迟缓，并没能及时赶到。尽管英国空军在黑夜中难以辨清目标，甚至向自己人投下了炸弹，但新西兰师还是凭借强大的火力和机械化装备突围成功了。
眼睁睁地看着老对手从自己身边溜走，隆美尔似乎感到了一种不祥的预兆。虽然德军占领了要塞，并缴获了大量的军用物资，但隆美尔却没有像攻占托卜鲁克那样感到异常兴奋。因为他知道，这一仗并没有达到预期目标，没有像预先想象的那样全歼英军的主力，这无疑留下了无穷的后患。
在攻陷梅尔沙马特鲁后，隆美尔命令他的部队在稍事补充后，立即马不停蹄地继续推进，他不想给英军构筑任何一道防线的时间。
英军把从梅尔沙马特鲁撤出的军队都部署到了阿拉曼防线，并且不断地运来新的部队和大量的坦克、武器弹药和燃料。整个阿拉曼防线在以最快的速度部署着。也许“危难对英国人来说是治疗思想僵化的最好药剂”，丘吉尔十分清楚，阿拉曼一战将决定英国在北非乃至整个中东的命运，同时也决定着他自己的政治命运。
隆美尔也非常清楚，在现代战争中，补给足以决定战争的胜负。如果再让英军这样源源不断地补给下去，那么他的装甲军团的噩运便指日可待了。无论如何，德军必须赶在英军还没有完全休整恢复过来之前便把他们解决掉。
6月30日清晨，隆美尔拟定好了进攻阿拉曼防线的作战计划。他决定仍沿用在梅尔沙马特鲁战役中的战术：让非洲军摆出一副向卡塔腊盆地运动的架势，但实际却是在夜里去攻打阿拉曼车站西南的防线，突破防线后，向英军第13军后方迂回；第90轻装甲师则由南面迂回到阿拉曼防线后方，切断阿拉曼以东的海滨公路，防止英军逃跑。隆美尔相信，只要他的部队能够插到英军后方，那么英军便算是完了。
他还坚信，德国军人所固有的炽热的战斗意志和顽强的求胜心理是战胜“已经丧失了信心”的英军的最根本保证。他忍不住内心的兴奋，微笑地对自己的翻译说：“贝兰德，我想让你去夺取一座完整的跨越尼罗河的桥梁。”这位埃及通中尉立即附和道：“元帅阁下，您应该在1939年就把这个任务交给我！”他的话立刻引发一阵大笑。摄影师不失时机地拍下了这个镜头，并以最快的速度寄回国内。第二天，柏林各大报纸都为这幅照片配上了显著标题：隆美尔——眺望他的埃及。
7月1日清晨，隆美尔的部队展开了进攻。但令他惊奇的是，经过一夜急进，非洲军所抵达的迪尔阿比德地区根本就没有英军的据点。英军的据点在以东5公里的迪尔西茵。非洲军不得不冒着英国空军的弹雨继续向前推进。下午，非洲军开始攻击迪尔西茵，经激战歼灭了印度第18旅，但自己也付出了18辆坦克的高昂代价。不久，英军便向非洲军薄弱的南翼发起了猛烈的反攻。双方又展开了一场激战，在英军十多个炮兵连和一百多辆坦克的顽强阻击下，非洲军的进攻锐势被制止住了。
第90轻装甲师最初的进展比较顺利，但突入阿拉曼防线后便开始寸步难行了。到中午的时候，隆美尔命令这个师以海滨公路为突破口，迂回到防线后方，包围阿拉曼，把英军就地歼灭或逼其逃走。但英军很快就意识到了这一致命危险，他们集中所有的炮兵和空军对海滨公路的德军狂轰滥炸。一时间，弹如雨下，德军的攻击逐渐减慢。隆美尔赶到第90轻装甲师，打算敦促该师加快进攻进度。但英军的火力是如此之猛烈，以至于他本人也被打得趴在壕沟里不敢抬头。
傍晚，隆美尔决定动用一切力量支援第90轻装甲师的南翼进攻力量，并率领他的指挥所和警卫营加入了进攻行列。但英军强大的火力再次迫使他们停滞不前。就在这时，一个英军轰炸机大队飞到了隆美尔的头顶。这次隆美尔似乎是在劫难逃了。也就在此时，一批德国战斗机恰好飞经这里，它们顺便赶跑了英军飞机，这才使隆美尔再次幸免于难。
到了夜间，隆美尔命令第90轻装甲师借助夜色掩护迅速突破英军的防线。但由于英军在受威胁地区的防守兵力与时俱增，结果，第90轻装甲师的进攻再次受挫。
7月2日白天，隆美尔发现大量的英军坦克和人员在防线后早已严阵以待。早已夺取了战场制空权的英国空军把成百上千吨的炸弹倾泻在非洲装甲军团的头上，他的部队被打得瘫在原地，再也难以向前推进一步。3日，隆美尔决定向英军防线进行最后一次进攻，但突击很快便被英军的猛烈炮火制止住了。同时，意军在英军的狂轰滥炸下开始出现崩溃的迹象。新西兰部队对负责保护装甲军团南翼的意大利阿里提师进行了反击，意军受到重创，被俘约400余人，其余的人纷纷逃跑。
意军的惨败使非洲装甲军团的南翼受到了英军的严重威胁，隆美尔不得不下令全军团停止进攻，就地转入防守。为了保存已少得可怜的装甲力量，隆美尔下令：将残缺的装甲师撤出前线，用步兵代替它们防守既得的阵地。这些步兵基本上是意军士兵。这样坦克手们便有时间去喘息一下，同时给坦克补充好燃料和弹药。
由于缺乏摩托化设备，意军步兵的换防进展非常缓慢。当德军装甲师开始撤离前线时，意军还没有完全进入防御阵地。英军发现德军的坦克正撤离前线，以为德军开始了逃跑，便马上组织机械化部队进行反击。
虽然执行反击任务的英军“轻装甲旅”只是由装甲汽车团改编的，但德意联军却极其缺乏炮弹，对于英军的反击束手无策。炮兵指挥官向隆美尔报告，各炮兵连的炮弹眼看就要用完了。当最后一个炮兵连将所剩的几发炮弹发射出去后，英军才暂时停止了反击。隆美尔立即命令部下尽可能利用被打坏的装备多准备一些假坦克和假反坦克炮，使英军弄不清德意联军的装备实力。当英军踌躇不前的时候，几个炮兵连在英军失守的据点里，找到了一千多发炮弹，这才算摆脱了英军突破的危险。
7月8日，隆美尔检查部队，发现非洲军第15和第21装甲师总共只剩50辆坦克，六百多名士兵，二十多门反坦克炮；第90轻装甲师也只剩下一千五百多人和15辆轻型坦克；意军第20摩托化军也只剩下54辆坦克。但按照正规编制，非洲军应配备坦克371辆和反坦克炮246门；第90轻装甲师应有反坦克炮220门；意军的第20摩托化军应有坦克430辆。所以装甲军团已经算不上是一个正规的军团了。
最让隆美尔感到头痛的还是后勤补给问题。本来担负运输的意大利船只由于燃料问题越来越少，在地中海遭到英国海空军截击后，到达非洲大陆的就更少得可怜了。就是这样，船只也只能把物资运到的黎波里和本海齐，随后改由运输车队或近海船只在英国空军的狂轰滥炸下运到前线。这当然是本来就极其缺乏人员和车辆的装甲军团所吃不消的。
相比之下，对手却完全没有这方面的顾虑。英军控制着地中海，其人员和物资的补给几乎毫无阻碍，大量的英国舰船把一批批的士兵和坦克安全运到了非洲。面对越来越强大的英军，隆美尔感到胜利的希望正在像泡影一样慢慢消失。但是他却不愿放弃他一直梦寐以求的目标——占领埃及，他希望与亚历山大、汉尼拔及拿破仑一样，成为永载史册的杰出的军事家。而且此刻，墨索里尼和他的幕僚们还正在的黎波里焦急等待着步入开罗这一庄严的时刻呢！他已经骑虎难下了。
7月10日拂晓，澳大利亚第9师沿海滨公路向泰尔艾萨的意大利守军发动了进攻。隆隆的炮声把隆美尔从睡梦中惊醒了，他马上意识到这绝不是什么好消息。果不其然，意军很快就被击溃，绝大多数炮兵甚至连一炮未发便成了英军俘虏，意军士兵纷纷丢下武器，逃离防线，向沙漠中四处逃窜。英军紧跟在溃逃的意军后面，开始迅猛向西突击。
隆美尔立刻意识到了巨大的危险：英军会迅速突破防线，插到后方，截断整个装甲军团的后勤补给线。想到这一点，隆美尔便将司令部交给了他的作战处处长，而自己则亲自带领两个战斗组开赴战场。
其实，德意联军第一次真正的抵抗，是由西海姆上尉率领他的无线电侦破连进行的。在战斗中，上尉被一颗炮弹击中，而他的部下也大部分被俘，他们携带的密码本和作战命令全部丢失。这些损失对隆美尔打击太大了。
更让隆美尔难受的是，美国驻开罗武官所提供的价值连城的情报来源被截断了。英军从缴获的文件中挖出了内部的间谍费尔斯上校，他被召回了华盛顿。柏林的《西线外国军队》在结束语中曾对此事作了评价：
在今后很长的一段时间里，我们将不可能指望得到那些具有巨大价值的情报了，而这些情报正好是告诉我们急切想知道的事情。关于英军的每一次行动，它都会毫不延迟准确地提供给我们。
中午，澳军占领了泰尔艾萨。隆美尔的新翻译阿尔布鲁特中尉怒冲冲地诅咒：“意大利人应该尝一尝皮鞭的滋味，6辆英军坦克就围歼了整整1个营，这真是一个奇耻大辱。这个该死的民族应该全部被枪毙，我们现在还得替他们打仗！我真为总司令不得不和这样一支部队一起战斗感到难过。”
但隆美尔十分清楚，现代化的步兵作战和阵地战是英军的拿手好戏。在坦克和炮兵的掩护下，步兵进行局部进攻，这是英国人想逐步蚕食他的装甲军团的诡计。这种蚕食式的消耗战不仅可以在一些防线取得突破，而最有效的结果是破坏了隆美尔的进攻准备，让隆美尔早在防御时便已把少得可怜的燃料消耗殆尽。“我们决不能再坐以待毙，必须以攻为守，重新夺回主动权。”
7月13日，隆美尔命令第21装甲师向阿拉曼防线发动进攻。攻击于中午开始。这时，沙漠中一切物体的轮廓都在高温下融化闪烁，即使是再精确的火炮也无法瞄准目标。在进攻发起前，德国空军和炮兵轰炸了英军的主要目标。随后，步兵跟在坦克的后面向英军发起了冲击。隆美尔也赶到了前线去亲自指挥，但大多数时候，映入他眼中只是沙漠中不断升起的热浪。
17点钟，隆美尔获悉他的装甲师在突破受阻后停止了前进，而空军也在消极待命。很明显，德国军队现在也一样渐渐失去了战斗热情。隆美尔气急败坏，立即打电话给空军司令部，要求他们立刻采取主动行动支援装甲军团的进攻。随后，他跳上指挥车奔赴最前沿，去直接指挥坦克冲击。
但是，德意联军进攻的准备工作做得不够，已经失去了战斗激情的士兵们在英军强大火力下向前推进得极其缓慢。临近黄昏时，隆美尔命令暂时停止进攻，他当时的脾气坏极了。这一天终日都刮着沙暴，能见度很低，这无疑使英国空军难以发挥作用。“可是我们却失去了这次机会，”隆美尔对他的参谋大声吼叫着。
第二天，隆美尔命令第21装甲师继续进攻，收复意军失去的重要据点。在空军和炮兵的猛烈轰击之后，攻击开始了。但步兵的行动过于迟缓，没有能够充分利用火力突击的效果。在英国空军的轰炸和炮火突击下，进攻很快便被制止了。
14日夜里，英国第1装甲师主力向鲁维沙特山脊的意军第10军阵地发动了袭击。英军很快便突破了意军的防御阵地，直接冲到了德军的坦克和炮兵阵地前。经过激烈的肉搏战，英军先头部队的进攻总算被阻止住了。
第二天清晨，英军在猛烈的炮火支援和空军的掩护下，又继续展开了进攻。到上午10点时，英军终于攻占了鲁维沙特山脊。随后，英军主力向西推进，一部分兵力则向东迂回到意军巴维亚师和布雷西亚师的后方。结果，意军这两个师除少数部队突围逃跑之外，绝大部分都成了英军的俘虏。
英军还向德尔艾沙东南的德意联军防线发动了攻击，占领了德军高射炮阵地。由于大批意军被俘，隆美尔实在难以下达炮击英军的命令。结果，他再次眼睁睁地看着这些珍稀的高射炮落入了英军手中。英军连续突破了多道防线，隆美尔不得不下令第21装甲师停止进攻，转入防御。经过一天的苦战，才最终制止住了英军的渗透。
英军调整了自己的战术，集中力量首先对付意大利步兵，从而使非洲装甲军团孤军奋战。后者力量太薄弱了，不足以独撑危局。很明显，英军的这种战术成功地将隆美尔推到了非常被动的状况。耗尽了人员、弹药和物资的隆美尔，已经没有能力再向补给充足的英军发动任何大规模进攻了。整个战局开始发生变化了，英军已经转入进攻，而隆美尔则陷入了苦苦防御的境地。
7月16日下午，凯塞林元帅陪同卡瓦利诺将军来到隆美尔的司令部。隆美尔强压住心头的恼怒，向他们抱怨说，补给困难是造成装甲军团被动局面的主要原因。卡瓦利诺对此却不置可否。很明显，他更倾向认为正是隆美尔的指挥失误才造成了今天的这种局面。面对卡瓦利诺的冷笑，隆美尔再也压抑不住心中的怒火了，他冲着卡瓦利诺大发脾气，并威胁说，如果意大利的后勤补给再跟不上的话，他将再也无法控制北非的战局了。
在凯塞林的调停下，卡瓦利诺最后同意直接用驳船将物资运到前线，并尽快修复被英军炸断的铁路，还答应增援意大利军队。隆美尔心里十分清楚，他的许诺只不过是镜花水月，况且，调来再多的意军也只不过是让英军多建几个战俘营罢了。
随后的四天中，隆美尔和英军都没有什么太大的动作，前线显得出奇的平静。隆美尔不停地在前线巡视，指挥士兵们埋设地雷和修筑工事。他知道，眼下的平静只是暴风骤雨的前奏。侦察情报表明，英军正在防线的中央地带集结坦克和炮兵。
7月21日夜里，黑夜的沉寂终于被隆隆的炮声打破，英军开始进攻了。在坦克的掩护下，英军步兵采用“人海战术”，一波波地冲击德意军队的防线。英军的进攻意图很明显，就是要彻底摧毁隆美尔所剩无几的坦克。
22日上午8点，英军又从防线的中央地段发起了进攻。在飞机、坦克和火炮的掩护下，新西兰第2师、印度第5师和英军第1装甲师以及刚从国内开来的英军第23坦克旅，向非洲装甲军团发起了新的进攻。英军很快便突破了雷区，极其缺乏反坦克武器的步兵阵地很快就被英军突破，英军先头坦克迅速向德军战线后方突进。
突破了防线的英军坦克对非洲装甲军团构成了严重的威胁，隆美尔似乎也感到他一直所担心的厄运正在降临军团。好在接替受伤的俾斯麦指挥21装甲师的布鲁尔上校在这个危难时刻拯救了整个军团。他堵住后逃的意军步兵，命令他们返回防线，接着率领第5坦克团向英军的侧翼展开反攻，最终，将英军赶了回去。
德军顽强的抵抗和迅猛的反击终于挫败了英军的进攻。到夜幕降临的时候，英军被俘一千四百多人，坦克被击毁一百四十多辆，不过非洲装甲军团的损失也很惨重。隆美尔在家书中写道：
如果那时英军继续进攻的话，结果可能将是另外一回事。但现在看来，最艰难的阶段似乎已经过去了。
好在英军已经损失惨重，它已不得不暂时放弃了进一步进攻的企图，同时也不得不开始重新认识德军的战斗力。
第二天，隆美尔视察了硝烟未散的战场，慰问官兵并给他们颁发了奖章。
在以后的几天里，英军只有几次试探性的进攻，全被一一击退。这些失败使英军绝大多数指挥官都认识到，凭借现在的兵力和武器装备，是很难突破隆美尔防线的；而即使在某个地区取得突破，也会很快被德军迅猛的反突击所打退。这样付出的代价是极其巨大的，这种做法必然会在国内引起强烈的反响。考虑到这些，奥钦里克决定在没有新的兵员补充和部队没有得到严格的训练之前，暂时停止进攻。
隆美尔现在总算可以静下心来好好看看家信了。露西来信告诉他，最近她看了一些有关北非战场的新闻纪录片，但她看到隆美尔在陪同凯塞林和卡瓦利诺视察阿拉曼防线时，显得有些不太高兴。她想问问他是怎么回事。另外，露西在信中还提及丘吉尔最近访问莫斯科的情况，“不可一世的大英帝国竟堕落到了如此地步！”斯大林不无嘲讽地对来访的丘吉尔说。最后，她还提到：
今天的新闻广播说，一个名叫蒙哥马利的将军已经启程去非洲接管第8集团军的指挥。他们说他将是你的克星。
然而，露西的担忧并没有引起隆美尔的重视，他的注意力集中到了随信一起寄来的儿子的成绩单上。隆美尔怀着一种稍微的内疚心情看完了这份成绩单，令他欣慰的是，这一次比上一次的成绩有了很大的提高。
