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根据波兹尼夫的看法，在巴图尔洪台吉于1653年去世时，他的一个名叫僧格的儿子夺取了准噶尔部王位（大约1653－1671年在位）。大约1671年僧格被他的两个兄弟车臣汗和卓特巴巴图尔杀害。巴图尔洪台吉的第四个儿子噶尔丹（生于1645年）曾被送到拉萨的达赖喇嘛处，他在拉萨成了寺院教士。大约1676年，在从达赖喇嘛那里获得了宗教特许权后，他从拉萨返回，杀死他的兄弟车臣汗，并赶走了另一位兄弟卓特巴巴图尔，被承认为绰罗斯人的可汗和其他准噶尔部落的宗主。
噶尔丹的胜利是由于得到了斋桑湖地区的和硕特部汗鄂齐尔图的支持。然而，他于1677年毫不犹豫地转而进攻鄂齐尔图，打败并杀死了他，兼并了他的领土和他的一些部民，把其余的部民朝甘肃方向驱赶。
这次政变之后，噶尔丹成了一个牢固建立起来的准噶尔国的君主，其疆域从伊犁河到科布多以南，国内有杜尔伯特部人、和硕特部残余和辉特部人——简言之，所有还未迁走的卫拉特人——都很守纪律地服从于绰罗斯人的王室。同样地，成吉思汗曾经把13世纪的所有蒙古人都统一在孛儿只斤部下。既然他在祖传之地塔尔巴哈台周围也有可以随意调遣的可靠臣民，于是，噶尔丹开始征服中亚。
他的第一个行动是在喀什噶尔。在这一地区，宗教和卓家族日益削弱了察合台诸汗的权力并且狡猾地替代之，或者是将一种穆斯林教权或伊斯兰教神权添加进这个原成吉思汗国内，于是，该地的两个和卓家族，即白山派和黑山派，掌握着实权，前者在喀什城，后者在叶儿羌。大约1677年，察合台末代汗伊斯迈尔起而反抗，迫使白山派首领哈司刺·阿巴克和卓逃离喀什。阿巴克逃往西藏，在那里他乞求达赖喇嘛的帮助。当人们考虑到佛教的僧侣政治与穆斯林之间的鸿沟时，阿巴克的这一举动可能显得奇怪。但是，在政治领域内，不论哪一种教义，两种形式的教权主义都是一致的。这位“佛教教皇”仍认为他从前的“唱圣歌的童子”噶尔丹会忠实于他的命令，邀请他使穆罕默德的代表在喀什复位。噶尔丹是极其热心地服从他，因为这一使命除了使他能够在喀什噶尔建立准噶尔人的保护国这一事实外，还使他成为喇嘛教会和伊斯兰教会两者的卫道士。
于是，以下事情发生了。噶尔丹顺利地占领了喀什噶尔，他捉住伊斯迈尔汗，并送往伊犁河畔的固尔扎监禁（1678－1680年）。他不仅仅满足于使阿巴克和卓作为喀什长官复位，还侵占了另一支和卓家族、敌对的黑山派的利益，把叶儿羌也给了阿巴克。于是，喀什噶尔成了一个准噶尔人的保护国，在这一保护国内，和卓们只不过是绰罗斯汗的地方官。在阿巴克死后，白山派和黑山派之间又恢复了昔日的争吵时，这一点变得明朗了。准噶尔人监禁了两派首领，即白山派的阿哈玛特和卓和黑山派的丹尼雅尔和卓，由此达成了总协议。后来丹尼雅尔被选为喀什噶尔长官（1720年），其住地在叶儿羌，但条件是他必须到住在固尔扎的准噶尔洪台吉面前作出谦卑的臣属的表示。此外，准噶尔贵族们在喀什噶尔占有广大的领地。
征服喀什噶尔之后（显然在1681年之后），噶尔丹又占有了吐鲁番和哈密，在此以前，吐鲁番和哈密无疑是由东察合台后裔的一支居住。
噶尔丹现在的目标是重写成吉思汗国的史诗。他激励所有蒙古人去参加夺取满族人（这些暴发者的女真族祖先们曾经被成吉思汗打倒过）的远东帝国。“我们会成为曾经由我们统率的那些人的奴隶吗？！这个帝国是我们祖先留下来的遗产！”
为了把蒙古人团结起来，现在，噶尔丹不得不把四位喀尔喀汗纳为他的属臣。喀尔喀汗之间的争吵，特别是扎萨克图汗和土谢图汗之间的敌对，有利于他这样做。他站在扎萨克图汗一边反对土谢图汗，不久就找到了进行干涉的最合法的理由。土谢图汗察珲多尔济的部队，由其弟哲布尊丹巴统率，打败了扎萨克图汗沙喇，沙喇在试图逃跑时被淹死，接着，该军侵入准噶尔领地，杀了噶尔丹的一个兄弟。
噶尔丹迅速作出反应。1688年初，轮到他入侵土谢图汗领土，在鄂尔浑河支流塔米尔河畔歼灭了土谢图汗军，任其部下掠夺建在哈拉和林的成吉思汗族人的额尔德尼昭寺庙：这是准噶尔人正在取代东蒙古人成为蒙古各族首领的明显标志。从噶尔丹那里逃跑之后，土谢图汗与另外几位喀尔喀开（其中包括被土谢图汗杀死的末代扎萨克图汗的兄弟和继承人策妄扎布）逃到库库河屯附近、即山西西北边境的土默特部境内避难，该地已处于清朝的保护之下，他们恳求满族人康熙皇帝给予帮助。噶尔丹在征服了鄂尔浑河和土拉河地区之后，继续南下到克鲁伦河流域，直达满洲的边境地区（1690年春）。喀尔喀人全境都被准噶尔人征服，从此，准噶尔帝国的疆域从伊犁河一直延伸到贝尔湖。噶尔丹甚至沿着从库伦到张家口之路，冒险向内蒙古进军。
康熙皇帝不可能让这个新的蒙古帝国就在中国的门槛边崛起。他迎战噶尔丹，把他堵在张家口和库伦之间、离北京80里格的乌兰布通。耶稣会士们为康熙制造的火炮非噶尔丹所能应付，这位新的成吉思汗仓惶失措，逃离喀尔喀境（1690年底）。1691年5月，康熙在多伦诺尔召集会议，会上以土谢图汗和车臣汗为首的喀尔喀部主要首领们承认他们自己是中国——满族帝国的属臣，并同意纳贡，作为对此的回报，他们将得到帝国国库的一笔津贴。他们以个人效忠的纽带进一步承认了他们对清朝的义务，个人效忠后来由于两个家族的联盟而不断加强。在此可以提一下，尽管这种制度是以中国处理“蛮族”的管理经验为基础，但是，它主要是建立在蒙古可汗们附属于满洲大汗的、游牧民对游牧民的形式上。因此，当1912年满清王朝灭亡、中华民国取代之时，蒙古王公们认为他们解除了他们的效忠誓言，宣布独立。
1695年，噶尔丹与清朝之间的战争再次爆发。噶尔丹又穿过喀尔喀境，长驱直入克鲁伦河流域，目的是要与嫩江边的科尔沁人取得联系，他想怂恿科尔沁人摆脱清朝藩属的地位。但是，科尔沁人将此阴谋通报了北京朝廷。1696年春，康熙皇帝率领全军前去讨伐，他们从张家口直逼克鲁伦河，然后沿河而上追击敌人。这位准噶尔汗企图避开康熙，但是，康熙的主要将领费扬古率先头部队在土拉河畔追上了他，由于再次使用了火炮和滑膛枪，于1696年6月12日在库伦南的昭莫多打败了噶尔丹。噶尔丹的妻子被杀，她的随从被俘，她的牧民们也留在清军手中。这位准噶尔领导者在损失了半数军队之后，向西逃，而康熙皇帝凯旋地回到北京。清朝的胜利使喀尔喀人重新获得了他们的领地，在第二年夏天，康熙正在准备再发动一场战争把准噶尔人赶回塔尔巴哈台时，得知噶尔丹在病后不久于1697年5月3日已经去世。
满清帝国从这次胜利中获得的最大利益是在喀尔喀人中建立了一个永久性的保护国。康熙从准噶尔统治下解救出来的四位喀尔喀汗对他是唯命是从，清朝官员住在他们之中，在喀尔喀境内的中心地库伦有一支清朝驻军。此外，在世界观上康熙仍是地道的满族人，能够理解游牧民的心理，慎重地避免干涉东蒙古人的民族组织。他尊重该地区内原部落、军事和行政的划分，即划分为扎格兰（议会或盟），爱马克（部或军团），库西昆（“旗”）和苏木（“箭”或“骑兵中队”）。
在鄂尔多斯人中也发生了类似的事情。老莫斯特尔特记道：“各部按满族八旗的模式分编成为旗，尽管大多数部落仍由原统治家族的王公们统治，但是一些部落，如察哈尔部和归化城的土默特部失去了他们的首领，处于满族官员的统治之下。……属于同一旗中的个人又分属一定数量的苏木之中，依次又分为若干营，苏木受制于章京，营由扎兰统领，这一体制致使贵族（台吉，来自太子）与其部属之间团结的纽带松弛了，缩小了曾经使这些贵族与平民（哈拉抽）区别的鸿沟”。
从疆域的观点来看，康熙帝由于劝哈密的穆斯林王公、阿布杜拉·塔尔汗伯格承认了他的宗主地位，从而控制了东突厥斯坦商路的起点。 |