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康熙皇帝满足于已经确立了的对喀尔喀人的保护权，这一保护权又因噶尔丹的死而得到保证，他没有打算征服塔尔巴哈台的准噶尔国。他任随噶尔丹的侄子、僧格之子策妄阿拉布坦登上了绰罗斯部王位。况且，噶尔丹一度曾企图处死策妄阿拉布坦，最后，策妄阿拉布坦反叛了他的叔叔，因此，北京朝廷认为准噶尔各部现在是由中国的一位盟友在统治。事实是，如考朗特清楚地指出，策妄阿拉布坦在采取他叔叔的反中国的政策之前，需要巩固他在塔尔巴哈台和伊犁地区的地位。伊犁地区对于新汗将具有特殊的利益，他似乎选定固尔扎为他的都城，把叶密立城留给他的兄弟大策凌敦罗卜。
在伊犁河地区，准噶尔人的霸权与吉尔吉斯－哈萨克人发生了冲突。吉尔吉斯－哈萨克人是一支信奉伊斯兰教的突厥族游牧民，他们统治着从巴尔喀什湖到乌拉尔河之间的地区。他们的三个部之间保持着某些松散的联系，但仍服从于同一个汗，即头克汗（死于1718），据巴托尔德说，头克汗被看成是其民的立法者。在他的统治下，这些终年过着游牧生活的人有了一些小规模的组织，并开始稳定。大约自1597－1598年起，在泰外库勒汗的统治下，吉尔吉斯－哈萨克人就从乌兹别克人即布哈拉的昔班汗国手中夺取了突厥斯坦城和塔什干城。一百年以后，头克汗在突厥斯坦城里接见来自俄国（1694年）和卡尔梅克人（1698年）的使者。由于头克汗处于如此强大的地位，他能够利用由于准噶尔人与中国冲突在准噶尔人中所产生的混乱，他毫不犹豫地让人处死了大批准噶尔使者，尤其恶劣的是，还杀害了随行的500人。
17世纪末发生在伊犁河和锡尔河之间草原一角的这桩杀害使团所有成员的事件，显然是游牧部落间的另一种斗争。然而，在它的后面掩盖着的是古老的种族冲突和宗教冲突。西部的草原帝国是属于突厥人呢还是属于蒙古人呢？是属于穆斯林呢还是属于佛教徒呢？正是后者最终取得了胜利。策妄阿拉布坦进攻头克汗并打败了他（1698年）。中帐首领布拉特汗于1718年继承了头克汗，他甚至更不走运。准噶尔人从吉尔吉斯-哈萨克人手中夺取赛拉木城、塔什干城和突厥斯坦城（1723年）。吉尔吉斯-哈萨克人的三个部落因战败而分裂，各自东西。大帐和中帐的一些首领们承认了策妄阿拉布坦的宗主权；喀喇吉尔吉斯人，或者说伊塞克湖边的布鲁特人也承认了策妄阿拉布坦的宗主权。策妄阿拉布坦还维持了其前任噶尔丹所确立的准噶尔人对喀什和叶儿羌的统治。在北方，其兄弟大策凌敦罗卜（其统治地在斋桑湖和叶密立）率军攻打俄国人，一度曾使俄国人退出了叶尼塞河畔的雅米谢威斯克（1716年）要塞。1720年春，一支俄国惩罚性的远征军与策妄阿拉布坦之子噶尔丹策零在斋桑湖附近发生冲突；尽管双方武器悬殊：弓箭对付火器，但是，噶尔丹策零还是成功地率2万准噶尔战士堵住了俄国人。斋桑湖盆地仍是准噶尔人的领地。俄国与准噶尔人的边界最终固定以乌斯季卡缅诺哥尔斯克要塞为界，该要塞是俄国人于当年（1720年）在叶尼塞河畔、北纬50度处建立的。
策妄阿拉布坦未待西部的帝国巩固，就在东部开始实行其叔叔噶尔丹的反满清中国的政策。西藏教会中发生的政治-宗教的动乱给了他机会。自从达赖喇嘛阿旺·罗卜藏于1680－1682年间去世以后，喇嘛教会一直被世俗的第巴桑结嘉措操纵。他为所欲为，先以已故达赖喇嘛（他公开宣称这位达赖喇嘛仍在世）之名统治，后来（1697年）他又在他指定为新达赖喇嘛的一个幼童的名义下进行统治。第巴桑结嘉措站在准噶尔人一边反对中国。康熙煽动青海地区的和硕特部拉藏汗反对他，拉藏汗于1705－1706年进入拉萨，处死桑结嘉措，废黜年幼的达赖喇嘛。在使用了一些复杂计谋之后，拉藏汗和康熙提名了新的达赖喇嘛，并得到中国的正式批准（1708－1710年）。
策妄阿拉布坦心怀叵测地注视着这些变化，西藏教会在蒙古的精神影响是太强烈了，他不能让清朝利用它。大约1717年6月，他派其弟大策凌敦多卜率军入西藏。大策凌敦多卜从和阗出发，经过空前大胆的翻越昆仑山和荒漠高原的行军，然而直奔那曲地区，在那里有和硕特部拉藏汗，即中国一方的代表，他正在打猎娱乐。虽然拉藏汗受到袭击，但是，他还是在那曲和腾格里湖之间的一个隘口（肯定是在桑雄拉关隘）堵住了敌人，直到10月，当他被迫撤往拉萨时，大策凌敦多卜军尾追着他。1717年12月2日，叛乱者们向大策凌敦多卜打开了拉萨的大门，准噶尔军连续三天屠杀了中国方面的所有支持者们（无论是真的还是被怀疑的）。拉萨汗曾试图守住布达拉宫，后来在逃跑时被杀。圣殿布达拉宫遭到掠夺。考朗特惊奇地发现，准噶尔人，这些虔诚的喇嘛教徒，洗劫他们自己的宗教圣城，而以掠夺来的宝物去装饰固尔扎的喇嘛寺庙，然而，中世纪基督教世界的威尼斯人在亚历山大堡和君士坦丁堡的行为不也是如此吗？并且，“遗骨之战”不正是可以追溯到佛教的初期吗？
与此同时，康熙不愿意让准噶尔人占有西藏，或者说，他不能容忍一个其疆域从斋桑湖和塔什干延伸到西藏的准噶尔帝国存在。1718年，他命令四川长官进军西藏，但是，这位长官在到达那曲时被准噶尔军击败杀死。1720年，另外两支清军入藏；一支又从四川进军，另一支从柴达木进入。第二支军打败了准噶尔军，这些准噶尔军在西藏已经引起了藏民们的仇恨，现在（1720年秋）被迫仓煌逃出西藏。大策凌敦多卜带着不到半数的军队退回准噶尔地区。一位亲清政府的达赖喇嘛被扶上位，两位清朝高级官员被派到西藏；担负着操纵黄教政策的任务。
策妄阿拉布坦在戈壁地区也不走运，他的军队未能从清朝驻军手中夺取哈密（1715年）。现在轮到清军发起攻势，于1716年占领巴里坤。然后，两支清军分两路进攻策妄阿拉布坦，一支从巴里坤出发；另一支的活动在更北方，他们占领吐鲁番，并于1720年底，又在乌鲁木齐打败准噶尔军。虽然中国人未能久留在乌鲁木齐，但是，他们在吐鲁番设立了一个军屯区。注意到以下事情是很有趣的，即吐鲁番的穆斯林反对准噶尔人的统治的起义，便利了清朝的行动。
有过远征尝试的康熙皇帝很可能将会发动对准噶尔本地的征服，但是，他于1722年12月去世，他的儿子、不爱习武的雍正继位，使清朝廷于1724年与策妄阿拉布坦议和。然而，这次和平只不过是一次休战而已。因为当策妄阿拉布坦于1727年底去世前，他已经通过占领吐鲁番又恢复了对清朝的攻势，吐鲁番的穆斯林居民已逃到中国境内的敦煌。 |