在窝阔台去世消息的召唤下，各路大军都匆忙从欧洲战场赶回草原。继位问题的争论似乎比西征还要让大家群情激奋。在经过各种势力的一番角逐后，贵由从中脱颖而出，成为第三位大汗。然而这样费尽心机得来的大汗之位，却只坐了短短的两年，就病死了。看来没有好的身体即使是做了皇帝也是无力消受。从另一个角度说，没准也是做了皇帝更累心的结果。
贵由死后，汗位的继承再次引起纷争。贵由后斡兀立海迷失是蒙古斡亦剌部长之女，在贵族中有较高的地位。贵由死后，暂由她摄政，这又是一个野心勃勃慈禧似的女人。而此时的蒙哥呼声也是极高的，他在先前的多次征战中屡建功勋，又与贵由统兵征服了阿速国。由于蒙哥功勋卓著，不仅消除了窝阔台系对他的猜疑，同时又在蒙古诸王中获得了崇高的声誉，为此时的争汗打下了坚实的基础。
在成吉思汗四子中，术赤和拖雷的后裔宗王为一方，窝阔台和察合台的后裔宗王为一方，逐渐形成两个对立的派系。拔都以王室之长的资格，在阿剌塔黑山邀集诸王选汗。术赤及拖雷系后王应邀到会。但窝阔台、察合台系的后王以大会应在蒙古本土举行为理由，拒绝参加。斡兀立海迷失派遣使者八剌参加大会。会上，拔都提议推举蒙哥为大汗。八剌提出，窝阔台曾指定其孙失烈门为继承人，应选失烈门为汗。
八剌的意见，遭到忽必烈兄弟及其他诸王的反对，他们说，脱列哥那立贵由为汗，早已违背窝阔台的遗旨。大将兀良合台、忙哥撒儿也竭力主张推选蒙哥。但是，按着传统的惯例，诸亲王不到，选汗仍不能定议。拔都等议定，派别儿哥等率军与蒙哥一起返回蒙古本土，再邀请各系宗王在鄂嫩河畔重开忽邻勒台，正式选汗。
但是，反对蒙哥的亲王，仍然有很大的力量。除窝阔台系失烈门而外，贵由的两子火者和脑忽都企图继承汗位。察合台系的也速蒙哥也主张汗位应属于窝阔台后人。拔都和唆鲁禾帖尼多次遣使往来商议，不得一致，前后拖延两年之久。公元1251年6月，拔都定议，由唆鲁禾帖尼在克鲁伦河和鄂嫩河源的阔帖兀阿阑之地，正式举行大会，承认阿剌塔黑大会的既成事实，推举蒙哥为大汗。
在西征中蒙哥和拔都结成的友谊还是起到了一定作用的，同时，拔都推选蒙哥为大汗也是由他自己的考虑的。既然得不到大汗之位，就选一个能保护自己汗国利益的领袖也不失为一种好的方法。
再回到蒙哥本人身上，蒙哥让我们更熟知他的原因是因为金庸先生所写的《神雕侠侣》，在文学作品里蒙哥大汗被杨过击毙在襄阳城下的样子深入人心。但历史上的蒙哥其实是非常英武的君王，他不喜欢珠宝也不喜欢女人，要说算得上爱好的，只有打猎。蒙哥即位时43岁，他是继成吉思汗之后最杰出的蒙古大汗。
他使札撒和祖辈的戒律恢复其原来的严厉性。他是一位能干的领袖和严厉而公正的管理者（他支付了他的前辈们签字而未付款的大量票据），他是一位头脑冷静、有理智的政治家，是一名优秀的战士。因此，他完全恢复了成吉思汗建立起来的强有力的政权。在任何情况下，他都没有放弃他的种族特征（他的继承者忽必烈也是如此），他加强了行政管理机构，把蒙古帝国建设成为一个正规的大国。
蒙哥继位后，进行了一系列措施。他任命亲信，更改政制，强化汗权。大将忙哥撒儿拥立蒙哥有功，被任命为大断事官(也可札鲁忽赤)。景教徒孛鲁欢掌管文书，宣布号令及朝内外闻奏诸事。以晃兀儿驻守和林，掌管宫廷、帑藏诸事，阿兰答儿为副。
蒙哥任命弟忽必烈主管漠南汉地军政，并统领陕西和河南地区。以牙老瓦赤、布智儿任燕京等处行尚书省事，麻速忽等任别失八里等处行尚书省事，阿儿浑任阿姆河等处行尚书省事，分别管理当地财赋和民刑公事。
对于他称汗成功的最大恩人——拔都，在他的统治初期，他对拔都的感恩可以说到了一种放纵的程度，这也在事实上导致了一种权力的分裂。实际上拔都由于这种特权在巴尔喀什湖以西地区内实行独立统治。
但拔都的去世又一次使蒙哥成为蒙古世界的惟一强大的君主，让他能够重新整合蒙古各个汗国，成为实质上全蒙共推的君王。他首先从各个兀鲁思入手，也就是成吉思汗诸封地上的首领们。这些首领们认为他们有权享受免税权，或者是与中央政权的代理人一起分享国家的税收。蒙哥毫不犹豫的禁止了这些做法。他又依惯例拒收前朝所发付的牌印、诏旨、宣命。对诸王和官府向民间的征敛，也做了若干限制。阿儿浑在波斯，也制定了按贫富征赋税的制度。
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