大汗去世再次影响了整个蒙古军攻宋的战局。此时忽必烈率领的北路军在鄂州城下久攻不克，大汗死亡的消息其实是罪魁祸首，忽必烈的心早已飞回了大漠。因为再也没有什么比大汗的位置更重要了。前面所说的南宋奸臣贾似道此时出场了，他和所有历史上的奸臣一样，在战士士气正高的情况下，背着手走了出来。
但这次又与历史上的无数次有所不同，不知是出于什么样的目的，这个奸臣并没有请示朝廷，而是直接前来议和。其实，就算请示朝廷，当时懦弱的南宋皇帝也是会欣然接受的，因为对于他们来说议和已是轻车熟路了。这时的议和正中忽必烈下怀，是忽必烈求之不得的，于是双方很快签订议和协议。
之后，忽必烈便率蒙古军撤退争夺汗位去了。到1260年，所有入侵南宋的蒙古军全部撤退，第二次蒙宋战争以蒙古大汗蒙哥战死，三路大军无功而返告终，但贾似道私自与忽必烈议和，再次为以后埋下了祸根。
关于那个奸臣贾似道，再次认识他的本质，对了解宋的灭亡是有帮助的。奸臣贾似道本是市井的地痞无赖，凭借外戚身份，竟位极人臣，专横跋扈。在鄂州前线，本来忽必烈急于回蒙古争汗位，南宋是掌握主动权的，而贾似道竟私自与忽必烈签订对南宋极其不利的和约。贾似道更无耻的是在议和后隐瞒乞和真相，谎报战功，昏庸的皇帝擢升贾似道为右丞相。
贾似道此人外强中干，表面嚣张，内心非常惧怕蒙古人。他唯恐阴谋败露，于是极力打击陷害作战有功将领，一批抗蒙将领被他冤死在狱中。宋度宗赵祺继位后，贾似道更加专权，军政愈加腐败，民力益竭，将士离心，战备松弛。
贾似道又大肆提拔那些只会阿谀奉承的所谓心腹，用这些庸才来代替被害忠良的位置，从而完成了对南宋军政各界一次致命的大换血。此时，趁蒙古内乱和贾似道营造的“太平气氛”，秉性难移的杭州君臣又过起了醉生梦死的生活，岂料大难即将来临，南宋之亡，始于贾似道。
忽必烈继汗位、平定内乱后，即着手整顿军队，督造战船，组训水军，进行灭宋准备。并制定了先取襄阳、樊城，实施中间突破，浮汉入江，直趋临安的方略。公元1268年，蒙古以阿术为主将、刘整为副将率领蒙古军队和降蒙的南宋水师攻打襄阳、樊城，襄樊保卫战拉开序幕。襄樊的城池相对来说还是相当坚固的，至少在兵源和粮草的供应上是不成问题的。这与抗蒙名将孟珙的多年苦心经营是分不开的。所以襄阳成为了蒙古军进攻的重点，但是他们用尽各种办法，都无法攻破城池。
此后，襄阳宋军与外围的宋军取得联系，双方约好共同夹击蒙古军。但在关键时刻南宋出了叛徒向蒙古兵投降，出卖了这条计划，致使襄阳宋军遭到蒙古军埋伏，损失惨重，再也无力反攻，至此，襄阳保卫战对蒙古已是极为有利。随后，在公元1273年蒙古军水陆双重对襄樊进行夹攻，并配以威力较大的回回炮，攻破襄阳城。守将吕文焕向蒙古军投降并献出了襄阳城。南宋的门户从此被彻底打开。
早在襄阳城破之前公元1271年，蒙古大汗忽必烈就去掉汗称改称皇帝，并且改国号为大元。之后公元1274年忽必烈强令征兵10万，增加攻宋兵力，决定乘胜直捣南宋腹地。他命驻蜀元军进攻各要地，以阻宋军东援；命淮西行枢密院使合丹、刘整攻淮西，淮东都元帅博罗欢等攻淮东，牵制两淮宋军；以荆湖行省左丞相伯颜、平章政事阿术等率领主力，自襄阳顺汉水入长江，直趋临安。
忽必烈告诫伯颜勿妄杀，此时，忽必烈已经完全以一个封建帝王的身份进行怀柔天下了。“得人心，治天下”的思想已经在他的心里根深蒂固。到1276年，元军兵临临安城下，而南宋各地官僚将领只求自保，勤王之师甚少。最终，谢太后带领小皇帝宋恭宗投降，元军占领临安，南宋气数已尽。
虽然恭宗投降，都城临安被攻破，但南宋余部还一直坚持抵抗。大将李庭芝坚守扬州；同时，陆秀夫、张世杰在福州拥立端宗为帝，著名爱国将领文天祥则在江西一带发展反元势力。他的部队像他所写的“人生自古谁无死，留取丹心照汗青”一样，宁可战死，也不屈服。在这样豪情满志的精神激励下，文天祥控制了不少城池。
李庭芝坚守扬州，虽遭元军重重围困，但仍坚持不降。在突围去与福州陆秀夫会师途中，被元军打败于泰州。李庭芝和文天祥一样有着一颗宁死不屈的赤胆忠心，最终惨遭元军杀害。而文天祥此时在江西实力的壮大也引起了元朝的重视，于是，元军主力南下江西。文天祥因寡不敌众，只得退守广东。后在广东潮阳被南宋叛将张弘范出卖，又是一个被叛徒出卖的可耻行为。虽然元朝百般诱惑和威逼，文天祥至死不降，一代气节大夫文天祥吟诵着他的《正气歌》以身殉国。
在福州的南宋小朝廷，后来不断南迁，途中小皇帝端宗去世，陆秀夫又立其同父异母的兄弟为帝，并且率领南宋小朝廷一直坚持在广东沿海抗元。公元1279年，元军与宋军在崖山展开了最后的决战。混战几天后，宋军不支，张世杰与陆秀夫决定撤退。
只是，宋军的船队被元军冲散，陆秀夫不愿被俘虏，眼含泪水背着小皇帝跳海自杀，此后，残余的宋军、官员及家眷也纷纷跳海殉国（史载有数万之众殉国），另有一些逃往今天的越南，意图东山再起，但终因没有形成有力的反击而无所作为。至此，南宋彻底灭亡，并且结束了唐末以来370多年的分裂局面，忽必烈实现了全中国的统一。
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