平定了赤眉军之后，北方的渔阳太守彭宠自立为燕王，还打算拉拢上谷太守耿况一起脱离刘秀的管辖，但耿况没有同意。在得知消息后，刘秀派出耿况的儿子耿弇作为主将率兵前往渔阳。但耿弇却在行军路上想到自己的父亲居于上谷，而且曾和彭宠有过来往，自己理应避嫌，他认为耿家没有子弟留在洛阳做人质，所以自己理应回去。于是他上书请求调回洛阳，由副将代理他的职务，但刘秀拒绝了他的建议，复信让他打消顾虑。与此同时，耿况也接到了耿弇请求他联合中央军队夹击彭宠的书信。于是他一边派耿弇的弟弟耿国前往洛阳，一边派次子耿舒率军抵御由彭宠借来向上谷进军的匈奴军队。耿舒很快获得胜利，彭宠只好退守渔阳。 　　就这样，拥有宗室出身，并受过良好教育的刘秀充分显示了自己善于用兵和用人的长处，平定了许多弱小势力，最后只剩下陇西的隗嚣、河西的窦融和蜀地的公孙述三路强劲的敌手。由于路途遥远，后汉的实力有限，刘秀不可能三面同时出击，只能采取各个击破的方法，联合其他势力，希望能将它们逐个消灭。 　　刘秀首先向隗嚣示好。起初隗嚣接受了来自洛阳的诚意，并和公孙述决裂，限制了蜀地势力向北发展，但后来他却改变主意，派出后来成为东汉名将的马援前往蜀地联络。 　　马援本是公孙述的同乡，少年时两人曾有私交，但当他见到自立为帝的公孙述时，却发现这位多年前的老友已经变得派头十足。公孙述摆出了隆重的仪式和场面欢迎马援，但马援却从这热闹的场景背后看出了公孙述如井底之蛙般短浅的目光。他推辞了公孙述任命他为大将军的好意，回陇西后建议隗嚣和洛阳交好。于是他又被派往洛阳，在这里他见到了穿着便服、身边没有卫士陪伴的皇帝刘秀。后者热情而谦和的态度给马援留下了深刻的印象，他立即判断出刘秀会成就一番大事业，是一位有抱负、有能力的真正帝王，而公孙述只不过是暂时得势而已。在马援看来，不单君主会挑选臣属，臣属也会在乱世中选择合适的君主。而刘秀也表现出了对马援的极度欣赏，这次在洛阳的会面奠定了他们日后合作的基础。 　　除了马援之外，隗嚣的另一位大臣班彪也认为刘秀是实至名归的天子，而隗嚣则注定了没有资本去和他争夺天下。隗嚣对此置之不理，班彪随即辞职，准备前往河西隐居。在那里他见到了窦融，并建议后者归降光武帝。窦融显然比隗嚣更能认清形势，也更能听取别人的意见。他接受了班彪的建议，于建武五年派使者前往洛阳，并很快被刘秀任命为凉州牧，继续保有从前的领土和实力。刘秀在回复的书信中论述了各方势力的对比，并表达了对窦融选择与自己合作的感谢，而窦融也为刘秀对天下形势的清晰认识感到无比钦敬，同时为自己做出了明智的选择而庆幸。 　　隗嚣既不愿放弃在陇西的势力，又为处理与洛阳之间的关系而感到苦恼。他派周游作为使者前往洛阳去见刘秀，但周游却在刘秀手下大将冯异的军营前被仇人杀死，凶手随即逃之夭夭。这场意外加深了刘秀与隗嚣之间的裂痕，也让曾经跟随刘秀多年、并立下赫赫战功的冯异感到不安。他统兵在关中驻守了三年，深受当地民众爱戴，却也招来了流言蜚语，有人在刘秀面前告发冯异要在当地自立门户。闻讯之后，冯异上书请求调回洛阳，刘秀却没有同意，并表示绝不会怀疑冯异的忠心。但冯异仍然无法安心，再度请求进京，这次他得到了批准。见面之后，刘秀热情地回忆起当年他与冯异共同起兵的经历，并着重提到当年在河北，从蓟州到饶阳的路上共同度过难关的日子。所有的猜疑与担忧都在他们的倾心长谈中烟消云散，在冯异的协助下，刘秀继续进行着平定隗嚣和公孙述势力的事业。 　　公孙述的意愿是要三分天下，隗嚣也抱着这种想法。当刘秀准备试探隗嚣的态度，邀请他从天水发兵、同自己一起进攻蜀地时，隗嚣声称时机未到，拒绝出兵，刘秀因此明白了他的立场，命令耿弇等人率军进攻成都。隗嚣明白唇亡齿寒的道理，出军进攻关中，却被后汉军队击败。与此同时，马援在陇西军中所做的策反工作也有了效果，一些军士离开了队伍。隗嚣明白自己无法再与后汉军对抗下去，就转而投向公孙述，并得到了后者的封赏与支持。