此后刘秀决定亲征，大臣郭宪对此表示强烈反对。他请求刘秀留在洛阳稳定东方的局势，并用剑砍断了车马的皮带，但刘秀还是坚持继续西行。当军队到达陇地后，遇到了许多事先无法预料的困难，山谷纵横，车马难以行进，再加上公孙述发兵支援隗嚣，后汉军士气因此受到影响，刘秀感到自己陷入了困境。但马援的行动让刘秀感到欣慰，他用米堆成山川道路的形状向刘秀讲解，顿时让刘秀感到豁然开朗，马援的这项发明也成为中国军事沙盘的最早雏形。
当刘秀看清了军队面前的地理形势之后，已经被封为凉州牧的窦融也率领几万军士车马前来支援，再加上隗嚣的两员大将转而投向刘秀，战场形势顿时逆转。此后后汉军势如破竹，隗嚣和公孙述的军队只得逃向今天的甘肃天水一带，但隗嚣依然不愿投降。在后汉军已经占到绝对优势的情况下，刘秀让窦融率凉州军先回去，引起了窦融的不安。他一直认为自己的实力太强，再加上久居西陲，远离中央，难免会引起刘秀的猜疑。于是他借机向刘秀建议另派他人来接替自己的职务，以表明自己绝无二心。但刘秀却不以为然，表示自己与窦融的关系如同左手与右手般融洽，这让窦融无比感动，安心率领军队返回凉州。
然而正当西部局势有所好转时，郭宪在出征前的担忧却变成了事实。洛阳周边的颍川与河东发生了变乱，连带洛阳也因此震动。深感后悔的刘秀立即日夜兼程赶回洛阳，并命令西部的军队在平定隗嚣势力后立即向南征伐蜀地的公孙述。回到洛阳后，刘秀接受寇恂的建议，亲自前往颍川平定局势。当地豪强原本只是趁刘秀远征陇西时闹事，如今看到皇帝前来，立即全部归顺，变乱迅速得到平息。
与此同时，陇西的局势也在继续朝着对刘秀有利的方向发展。隗嚣于第二年去世，其子隗纯在与后汉军对抗一年后投降，后汉军开始全力进攻蜀地。两年之后，公孙述在成都攻防战中受伤死去，他手下的将领延岑献城投降。但此时后汉军的总指挥官吴汉却违反了刘秀治军的一贯原则，为了报复，他将公孙述和延岑灭门，并纵兵大肆抢掠，焚毁宫室，让成都受到了极大的损失。
闻讯后的刘秀非常愤怒，他严厉斥责了吴汉和其他将领，认为他们的屠戮让后汉军破城平蜀的行动失去了道义支持。作为善后，他起用了一批原蜀政权的官员，并对一些品行高尚的已逝世人员追封官职，总算又收复了一些蜀地人心，稳定了当地形势。至于闯下大祸的吴汉和其他一些为刘秀出生入死的将领，自然不可能做什么处罚，所以也只是责备了事。如今天下已经平定，人心思治，刘秀也决心休养生息，不愿再谈兵戎之事。但太子刘疆并不明白父亲的心事，他有一次向刘秀请教打仗的方法，但刘秀却当着许多功臣们的面回答说：“打仗的事情，你还是不要问的好。”
看到刘秀的态度，许多人都明白他已经不愿再看到兵火战乱出现了。一些清醒的功臣开始考虑退出权力中心，身份微妙的窦融则更加谨慎小心。当刘秀诏令他前往京都洛阳朝见时，他主动呈上自己的印绶，刘秀很快又把印绶送还给他。这一次窦融受到了极为隆重的礼遇和赏赐，不久之后被任命为冀州牧，终于离开了陇西地区。但他依然对自己敏感的历史深感不安，每当入朝拜见刘秀时，他总是保持极为谦恭的言行，比所有人都显得更小心翼翼。刘秀因此对他极为欣赏，并给予他和家属更优厚的待遇。在一次早朝后，刘秀发现窦融在席后徘徊，明白他又要辞官，便立即让人把他请了出去。当第二次见面时，刘秀向窦融解释说自己已经明白他的意思，不愿再和他讨论这个问题，所以那天才会请他出去凉快。窦融了解到刘秀的态度，从此再也不敢向刘秀提起辞官的事情。
除窦融之外，跟随刘秀打天下的许多功臣也明白已经到了该退休的时候。他们主动提出交出兵权，刘秀也为他们安排了优厚的生活待遇，让他们离开职位，到自己的封地去养老。就这样，跟随刘秀打天下的功臣都得以善终，这在历史上极为罕见，刘秀异于其他开国帝王的宽容由此可见一斑。
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