在建国与巩固统治的过程中，拓跋珪逐渐感到母亲和妻子背后的势力是对自己权力的最大威胁。虽然他知道如果没有母亲和贺兰家族的支持，他就不可能获得今天的地位，但童年时母亲以他的名义缚什翼犍请降的事情仍然让他心有余悸，很担心类似的事情还会在自己的子孙身上重演。经过考虑之后，他决定防患于未然，先杀死长子拓跋嗣的母亲、来自独孤部的刘贵人，彻底消除母后势力可能带来的影响。但当他向太子解释这件事情时，一向孝顺的拓跋嗣却日夜痛哭不止，不论拓跋珪怎么给他讲大道理都没有用。最后拓跋珪发起怒来，命令拓跋嗣立即进宫，太子身边的人知道拓跋珪的脾气，不知道这一去会遭到怎样的厄运，就劝太子先躲起来，等到皇帝怒气平息的时候再去见他，于是拓跋嗣就依计逃走了。
既然拓跋嗣失踪，拓跋珪只好考虑另立一个太子。下一个儿子是清河王拓跋绍，他的母亲也来自贺兰部，是贺氏的妹妹，拓跋珪的亲姨母。拓跋珪年轻的时候在贺兰部落见到她，当时就被她的美丽打动。当时鲜卑人在婚姻上没有什么辈分的忌讳，娶自己的姨母也是很正常的事情，贺氏只是觉得自己的妹妹长得过于美丽，而且已经有了丈夫，娶回来恐怕不是个好兆头。但拓跋珪并不在乎这些，他暗地里杀死了姨母的丈夫，把她娶了回来。
拓跋珪一向很宠爱贺夫人，但现在为了立太子又必须把她杀死，他觉得实在有些下不了手，只好先把她关起来，准备给自己一段时间来作决定。为了建立中原王朝那样父死子继的制度，他已经害死了拓跋觚和拓跋仪两个弟弟；在消除贺兰和独孤部族势力时，自己的母亲又被逼得忧愤而死；而现在，为了防止未来的继承人受到母后家族势力的干扰，他又不得不杀死两个宠爱的妻子。看着亲人们一个个死去，他觉得自己真的成了孤家寡人。在巨大的精神压力和良心谴责之下，拓跋珪的心理极度扭曲，终于神经错乱了，每天都对着身边的空气喃喃自语，似乎亲人们的冤魂都飘荡在他左右，他必须向他们解释个不停。
被囚禁起来的贺夫人也不甘心坐着等死。情急之下，她托人带信给儿子拓跋绍，让他来救自己。于是十六岁的拓跋绍带着人连夜翻墙进宫，冲进拓跋珪居住的天安殿。拓跋珪从梦中醒来，还没有来得及找到武器，就已经被杀死。这时是公元409年的十月，拓跋珪只有三十九岁。随后他仅存的同母弟弟拓跋烈帮助拓跋嗣登上帝位，赐死了贺氏母子，并追谥拓跋珪为太祖道武皇帝。
此后这种子贵母死的制度仍被一些北魏后妃所借用，但当时已经不存在母后部族势力干政的可能，杀死皇帝的生母已经完全变成了打击政敌的一种手段。而且这种规定也并不能防止太后临朝，因为皇帝的生母虽然死了，但还有其他皇太后和先皇帝的妃子可以控制政权，比如著名的文明冯太后就用这种方法把献文帝和孝文帝先后控制在自己手中，皇帝也只能听她的指挥。这项制度一直到了宣武帝拓跋恪的时候才被废除。
在拓跋珪去世后，拓跋嗣继承了他的事业，让北魏的统治继续向前稳定发展。又过了十四年，曾经被拓跋珪寄予厚望的孙子拓跋焘即位，就是后来的魏太武帝。这也是一位很有作为的君王，能力才干与脾气禀性都和拓跋珪非常相似，同样勇武坚定而又多疑暴虐，最后同样死于非命。他发展了拓跋珪未竟的事业，统一了北方，创造了文字，进一步吸收了汉文化，使北魏成为一个更加强大的帝国。
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