虽然在三吴地区造成了很大的影响，但孙恩除了会用宗教迷惑人以外，并没有多少才能和远见。他带领的军队一派流寇作风，到了一个地方，除了杀死地方官之外，就只会劫掠财物，烧毁仓库房屋，甚至于砍伐树木，填埋水井，完全是一个疯狂的破坏者形象。他出身于次等士族之家，本来就恨世家大族占据着高位，让他们难有机会进阶，所以对他们的屠戮也格外严重。王家和谢家首当其冲，除了王凝之以外，包括谢安的两个侄子在内的许多王谢子弟都被杀死。 　　如果孙恩的政治才能再高一些，他本来会有更大的作为。但他缺乏政治远见，也没有坚定的意志，这些都注定了他的事业不可能长久。在起兵的初期，他听说有八个郡的民众起来响应他，不禁喜形于色，对属下说：“天下没大事了，过几天咱们就穿着朝廷的官服到建康去。”后来听说刘牢之来了，他又立即改变了远大目标，转而说：“就算我只割据浙东这块地方，总也能做个勾践！”又过了几天，听说刘牢之已经带着军队渡江，他又放低了目标，说：“就算逃走，也没什么丢人的！” 　　于是孙恩带着二十多万百姓向东逃去。在逃跑的路上，他总算展现出了一些智慧，一路上丢下许多财物妇孺，等随后赶来的官军们看到了，沿途竟相抢夺，这一下给孙恩争取到了时间，他终于顺利逃走了。 　　此后孙恩的事业有起有落，返回海岛又重登陆地，但终因能力有限，错过了许多大好机会。当桓玄起兵讨伐司马道子时，官军本来已经无暇再来和他打仗，但孙恩却没能及时整顿队伍再反攻回去，直到桓玄掌握了朝政，政局稳定下来，朝廷又能腾出手对付他的时候，孙恩才觉得已经无力回天，干脆投水自尽，一些家属和信徒也跟着投水自杀。但事后仍然有很多人迷信他，不相信他会这么容易就死去，称这些投水的人为“水仙”。 　　这次孙恩事件给了朝廷很大的打击。其间都督军事的谢氏家族成员谢琰因骄傲大意而兵败被杀，从此门阀士族彻底退出重要的军事职位，给刘牢之、刘裕等次等士族出身的将领提供了机会。动乱之后，地方上的百姓都盼着官军早点过来收复失地，但没想到刘牢之的军队来了以后和孙恩一样大肆抢掠，百姓们失望至极，纷纷躲藏在外，各地郡县城中都见不到人影，过了一个多月才渐渐有人回来。一片兵荒马乱中，只有刘裕的部队军纪严明，秋毫无犯，一路上都受到百姓的欢迎。如今的刘裕战功和名望都蒸蒸日上，成了孙恩事件中最大的受益者。