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伊利诺伊州的格林镇上，阿伦·科菲尔德和珍妮弗·梅森正坐在阿伦家房子后面的小山上享受着夏日午后的好时光，他们的谈话突然被山下小树林里的一阵响动打断。二人进去搜索了一会儿，发现有一窝非常奇特的蛋。俩人叫来了他们的朋友彼得·芬尼根，而这时候后面突然跑过来一个受了重伤的男人。
一只气急败坏的异龙从林子里冲了出来，显然是在追赶前面这个男人。这时就见那位陌生男子举起枪“砰”地一声打死了那只恐龙，而在那恐龙应声倒地的时候，他自己也栽倒了。
几个年轻人把这个男子抬到阿伦家的房子里。待他——特拉维斯——苏醒之后又过了好一会儿，才向几个年轻人讲述了他的经历。
他来自距今约两百年的未来世界，是穿越时间远征的狩猎队的向导。为捕杀一只霸王龙王，他们在穿越中生代时遇上了麻烦：一个名叫埃克尔斯的猎手不慎走出了特拉维斯铺设的特殊通道。他们返回的路上，发现情况改得更加糟糕——原来的历史已经面目全非。特拉维斯气得要揍埃克尔斯，埃克尔斯坐上时航机企图逃命，不幸的是，飞船在中生代遇到了自身，自相矛盾导致非常发生了爆炸，飘浮在地面上的时间通道也遭到了破坏。
爆炸这一幕被追赶而来的特拉维斯看到，他又气又急，却又无能为力，刚要回到自己的时代去，就遭到前面提到的那只异龙的袭击。在匆匆跑过一片密林时，他看到距离地面几英寸的高度还有一小段时间通道漂浮着，于是连忙踏了上去——
——就落到了格林镇的这片小树林里，后面那只异龙紧紧追了过来。
讲完这段奇持的经历，特拉维斯又昏过去了。不一会儿当珍妮弗再去看他时，发现他已经从开着的窗户跳出去跑了。
三个人坐在厨房里，阿伦猛然发现山坡下有只三角龙在吃草，他们马上从椅子上站起身；那个三角龙惊恐地“哼”了一声，钻进了树林，几个年轻人紧追了过去。爷爷卡尔无法阻止他们，只得喊要他们小心。
到了林子里，三个人走散了：阿伦在前边碰到一段炸断了的时间通道，踏上去之后到了中生代，看到了特拉维斯以及霸王龙王的尸体。
同时，珍妮弗和彼得发现了与阿伦那条全然不同的另一段通道。尽管彼得很不赞同，但在珍妮弗的极力怂恿下，两个人还是踏了上去……
……他们来到一个从未见过的陌生世界：到处是茂密的原始森林和奇特的爬行动物。珍妮弗很激动——确信这就是特拉维斯说过的中生代。他们看到一些脚印通往一个山洞，于是顺着走进去，结果中了埃克尔斯的埋伏。这个人叫嚷着要与恐龙对话，翻来覆去地唠叨着一些他们俩听不明白的话。后来他把两个人绑起来留在洞里，扬言把他俩献给恐龙。待他离开以后，珍妮弗和彼得设法逃了出来。
他们试图回到那段通道，结果又一次被抓住——这次是一群跟人类大小差不多的手持长矛的恐龙。
恐龙们把珍妮弗和彼得关在一个隔离营地，负责看管他俩的是一个雌性恐龙，珍妮弗逐渐知道了她的名字叫斯特拉。
接下来的几天，珍妮弗一直在努力学习恐龙的语言，但她的喉咙很难发出词语之间经常掺杂的各种叫声、颤音和鼻声。
珍妮弗和彼得逐渐了解到：马塔塔（这个恐龙部落的名称）是两种高智商恐龙中的其中一种，最近他们遭到被他们称为“浮石“和“远方杀手”的东西的困扰。盖尔克——另一个高智商恐龙部落，生性好战，样子很像异龙——也正为他们山谷里的这些奇异变化深感不安，他们也在寻找那个“远方杀手”。
很显然斯特拉不能受到被尊为欧克利——长者——的恐龙的宠爱，他是马塔塔部落的首领。
斯特拉终于抓住了“远方杀手”，把他带回营地。这个杀手就是埃克尔斯。埃克尔斯声称他不记得曾经劫持珍妮弗和彼得，而且对特拉维斯讲述的那一番经历也有全然不同的说法。按他所说，特拉维斯应对所发生的一切——时间通道的被毁——负全部的责任。由于时航机爆炸，他被强大的冲击力带到这个地方，头脑昏昏辨不明方向，一时间简直要急疯了——所以不记得与珍妮弗和彼得上次见面时的事，希望他们原谅他曾做过的一切。彼得耸耸肩；珍妮弗也不大相信他说的话。
三个人计划要逃出去，但是珍妮弗不同意。她不想做任何可能伤害斯特拉的事，她们正在开始成为朋友。
何况还有别的恐龙，比如说弗拉基（或按人类的叫法“弗吉”）。它是部落中欧克利的副手，一直在催促斯特拉把这几个人杀掉。马塔塔们有自己的准则，它们遵从一套一半是靠本能形成的法则，称做“欧克利希”或“旧法”。斯特拉的老师拉基克，曾经试图废弃这套不合时宜的“旧法”，引导马塔塔创立“欧期希”，或称“新法”。但是她失败了，于是后来背井离乡，离开了马塔塔部落。
欧克利因为斯特拉的求情做了一些让步——他说如果珍妮弗能够证明她有聪明的头脑（能够懂得他们的”旧法”），他就可以免他们几个不死。
埃克尔斯在被俘时曾杀死了一个马塔塔。欧克利坚持要让珍妮弗参与他们所谓的“旧礼”——一种祭奠仪式，并下令不许斯特拉告诉她马塔塔的习俗，成败全靠珍妮弗自己。
面对自己一无所知的“旧礼”，珍妮弗最后终于成功地通过了这一关，得到了欧克利的认可。然而彼得却没有珍妮弗这么走运。欧克利下令，埃克尔斯和珍妮弗可免于一死，但是彼得要被杀掉，他的尸体要让盖尔克看一看，证明马塔塔在对付“浮石”等天外来物方面已经取得了一些战绩。
斯特拉无法背叛欧克利，唯一的办法就是让珍妮弗和另外两人逃走，尽管这样一来她就得死。斯特拉已经下定了决心，但还没等她付诸行动，计划就被打乱了。盖尔克已经派来使者，执意要亲眼见见这几个人。他们几个被送到那位使者的住处，使者还未说话，突然天空爆发了一阵奇异的闪电风暴，事前没有任何征兆，也没有雨，雷鸣电闪中不断变化着各种熟悉和不熟悉的景象和场面。其中—道闪电恰好击在那个盖尔克站立的地方，他的一半身体霎时不见了。弗吉被吓坏了，命令手下赶快把这几个人杀掉。
绝望之时，斯特拉向老师拉基克请求援助。拉基克虽然已经双目失明，但是能够先知先觉。拉基克答应回到马塔塔帮助斯特拉。在与欧克利的交锋中她用聪明的骗术救了这几个人的性命。
在中生代，阿伦遇到因为受了重伤情绪很不稳定的特拉维斯。特拉维斯见到他之后又急又恼，带他登上时航机回到了阿伦的“现在”，却发现眼前是一片荒凉而寒冷的沙漠，根本没有人类的痕迹。持拉维斯气疯了，大骂埃克尔斯把熟悉的历史全搞乱了；阿伦吓呆了，不愿意相信眼前这一切，这也意味着格林镇和他所处时代的消亡。特拉维斯险些被这个奇异的未来世界中的一种植物杀死，阿伦劝他赶快开上时航机，回到阿伦原来的时代，他坚信一定会找到珍妮弗、彼得、他的家人以及原来的格林镇。
但是他想错了。
他们来到一个跟刚才那个几乎一样的时代，阿伦感到绝望。以往的一切都消失了，消失得无影无踪。埃克尔斯完全摧毁了时间长河，把过去的一切都变得面目全非，没有了阿伦的家人，没有了珍妮弗，甚于没有任何人类的痕迹……
俩人刚要返口中生代，突然刮来—阵旋风，旋风的形状不断变化者。更糟的是，时航机踪迹皆无——不见了。
出于自卫，阿伦向这股旋风冲过去。旋风转眼化成一个形象特异的怪物——他们俩叫它芒多，其实它并没有名字，只是一种意识，超越世界上所有生物。芒多不大懂得阿伦和特拉维斯的担心，不理解他们的孤独，当然更不会有跟他俩一样的忧虑。阿伦劝说这个幽灵同他俩一起返回中生代去——如果不这样，如果埃克尔斯仍在中生代活着，那么他还会改变历史，当然也就会伤害到芒多。阿伦告诉芒多没有任何危险，他们可以用时航机再把他送回来，而且那条本应连接中生代和格林镇的时间通道，现在连通着芒多的时代，不再通向阿伦的格林镇了。
奇特的三人组回到了从前。
跨越时间对芒多是一种折磨，它一路又是尖叫又是抽搐，感到自己突然与原身剥离了。
阿伦将他安抚平静下来之后，一同走下时航机，寻找时间通道。这时，他们遭遇了一场时间风暴，与珍妮弗他们见到的非常相像。风暴终于平息之后，阿伦内心更加绝望，他与芒多出发了。
他们找到了被摧毁的一段通道，踏了上去。
阿伦简直不敢相信，他们竟然又回到了格林镇的小树林。芒多气极败坏，责骂阿伦欺骗了他，自己跑了。阿伦想回去找到特拉维斯，却又犹豫了。现在他终于回到家了，如果再返回，可能又会遇到麻烦。
于是阿伦穿过那片熟悉温馨的小树林，朝家走去。远远地看见爷爷卡尔站在门廊那儿，阿伦高兴地叫着，张开双臂朝他跑去。
阿伦发现格林镇已不再是他记忆中的样子。家里的房子已经很破旧，爷爷卡尔的脾气变得古怪又暴躁，报纸上全都是关于时间风暴的各种各样奇怪的标题。最糟的是，他发现时间已经过去了十二年，他的父亲已经去世了。
一个看上去并不像官方的人来找爷爷，他从格林镇附近的一个叫“康帕德”的地方来，那显然是一个半军事化的营地。阿伦看得出爷爷卡尔与政府之间有麻烦，由于时间风暴的袭击，爷爷受到指责。阿伦决定自己去镇上看一看。
格林镇跟爷爷卡尔和他家的房子一样变化很大。一个巨大的恐龙雕像矗立在广场上。阿伦遇到一位同学，但他现在已经三十岁了。这位昔日的同学对阿伦满腹疑惑，并威胁说要去叫行政司法长官泰特，阿伦只好逃开了。在回家的路上，看见行政司法长官泰特的车开过来，上面还坐着面露杀机的一男一女，阿伦赶忙躲到路边的草丛里，车从他眼前开了过去；快到家时，远远就能望见那三个人正在等他回来，他只好在小树林里待了几个小时。半夜里，芒多朝那座房子走过去，泰特和那女人也看见了他，那女人朝芒多开了枪，并紧跟在后面冲进了小树林。他们正朝他这个方向跑来，阿伦急忙逃开。终于他来到了通向中生代的时间通道面前。
阿伦现在需要帮助，他决定回到中生代，去找特拉维斯——刚才回家的时候，爷爷卡尔被他们抓起来了。阿伦只需要再勇敢些。
阿伦和特拉维斯正在说话，又一场时间风暴袭击过来，不断交叉变换的历史碎片在他们眼前闪过。
他们只在中生代停留了几分钟，可是他们乘着时航机返回格林镇时，已经是几个月之后了。爷爷卡尔不见了，整座房子荒芜凄凉，阿伦怒火满腔，决定必须采取行动。
特拉维斯用时航机做了个小实验——他发现他顺时飞行根本不能超越现在，这说明格林镇根本不是特拉维斯的过去，而完全是另一种存在。事情开始有了点头绪：显然这些破碎的时间通道不仅打乱了时间顺序，还把没有发生过的可能会出现的各种历史搅了进来。
阿伦让特拉维斯把时航机开回来，泰特和两个同伙刚开始追击芒多的时候，他正好看见爷爷卡尔被带上汽车。他们朝阿伦和特拉维斯开枪射击，一颗子弹打中了阿伦，他顿时失去了知觉。
爷爷卡尔只看见阿伦跌进飞船里，车就开走了。负责这次行动的那个女人米切尔上尉把他带到了“康帕德”。在那里，他们给他看了政府找到的一段时间通道——卡尔并不知道，这就是珍妮弗和彼得踏上的那段。一念之差，卡尔踏了上去，被带到了……某个世界。
珍妮弗和彼得称之为“恐龙世界”的地方不断遭受“浮石”的袭击。天空中，一群无所畏惧、横冲直撞的翼龙跨过一段时间通道冲下来，马培塔称它们为“塞欧路德”，它们的意志比日本武士还要坚定顽强。欧克利和弗拉基越来越没有耐心，斯特拉和拉基克竭力劝阻欧克利下达处死这几个入的命令。彼得和埃克尔斯似乎在酝酿自己的计划，珍妮弗发现只有她一个人愿意信任斯特拉和拉基克。
—方要杀，一方要保，两方面的矛盾已经影响到整个马塔塔部落——珍妮弗曾看见拉基克的一个追随者与另一个马塔塔之间进行的殊死决斗。她内心很清楚，眼前的和平已岌岌可危。
实际情况比她料想的还要糟糕。欧克利受到来自盖尔克部落首领的压力。盖尔克的欧克利已经发出声明：几个人必须在“欧盖莱斯”（夏至）到来之前被处死，否则盖尔克将对马塔塔宣战。
斯特拉和拉基克费了很大周折，终于找到了珍妮弗和彼得来时通过的那段时间通道。他们带珍妮弗去确认的途中，遇到一个盖尔克，说他在通道上刚刚杀死了一个“绵软又苍白的东西”，样子很像阿伦。珍妮弗吓坏了，担心阿伦死了。盖尔克带他们返回尸体旁时，珍妮弗认出躺在地上的是：
阿伦的爷爷卡尔。
阿伦苏醒后，发现自己仍在格林镇，正躺在自己家的房子旁边，但时间已是几个月之后。特拉维斯告诉阿伦，爷爷卡尔被汽车带走后，他把阿伦拖进飞船，重新启动，于是俩人来到了这里。阿伦和特拉维斯几周之后复原了，又返回到那个性命攸关的黑夜。他们发现了一个奄奄一息的泰特的手下，告诉他们爷爷卡尔已被带到“康帕德”去了。正在这时，“康帕德”的一队人马到了，俘获了特拉维斯和时航机。阿伦逃进了树林，在那里遇到了芒多。他们两个决定联合起来，结成一个不稳定的联盟。阿伦和芒多打算趁风暴混乱时进入“康帕德”。
珍妮弗埋葬了卡尔，斯特拉和拉基克在一旁不解地望着——毕竟这不是马塔塔送别死者的习惯。之后，他们来到“浮石”面前，尽管感到依依不舍，但面对发生的一切，珍妮弗还是决定要抓住这个机会去寻求帮助。她与斯特拉和拉基克道别后，跳上了“浮石”。
但是没有一点儿动静，通往两个世界的通道被关闭了。
欧杰拉斯带着盖尔克的使者赶到了。斯特拉和拉基克试图说明珍妮弗已经按他们的要求做了——设法关闭了通往世界之间的时间通道，珍妮弗表示她已关闭了通往她自己时代的通道，但盖尔克使者似乎并不相信，与此同时埃克尔斯和彼得开始使出杀手锏。埃克尔斯被抓获时，马塔塔折断了他的枪，但因为不懂其中的机巧没有拿走子弹。他们俩用子弹里的火药做了一个小型炸弹，点燃了导火索，边跑边朝珍妮弗喊叫，珍妮弗必须立即决断。那些恐龙意识不到眼前的危险。危急关头，珍妮弗放弃了逃跑的机会，救了马塔塔和盖尔克的性命。炸弹爆炸了，但没有造成任何伤亡，彼得和埃克尔斯逃进了密林。
恐龙们仍然要杀彼得和埃克尔斯，但是珍妮弗得以幸免。
米歇尔上尉审讯特拉维斯时，阿伦和芒多正悄悄地靠近了“康帕德”。突然，一阵时间风暴袭来，交错变幻的历史碎片中逃出一个乌云与闪电构成的巨大怪物，它肆虐着席卷了“康帕德”，撞倒了围墙，造成—片混乱。阿伦和芒多乘混乱之机找到了特拉维斯。遗憾的是，浮在空中的时间通道已被风暴刮得不知去向。他们只有—个选择：乘飞船退回几个小时。
米歇尔上尉终于对他们深表同情，告诉他们通道入口由埃克尔斯的飞船碎片控制。飞船在遇到不同时代的自身发生爆炸时，强大的力量把碎片嵌入通道。取出碎片，通道即被关闭；把碎片放回原位，通道又被开通。
阿伦、特拉维斯和芒多感激不已，他们告别米歇尔，上了时航机。
几个小时以后，他们把飞船开上了通道，来到一个新的世界：恐龙世界。
彼得和埃克尔斯为了躲避盖尔克和马塔塔派出的各路人马的追捕，藏进了当初埃克尔斯藏身的山洞。彼得出去找吃的时候，遇见一个盖尔克，他大吃一惊，又匆匆返回山洞。为逃命，彼得和埃克尔斯顺着山洞后面的岩石裂缝往外爬。裂缝又暗又窄，彼得又紧张又害怕，很快就不见了埃克尔斯，而此时埃克尔斯早已爬出洞顶，来到了外面。彼得快到顶时，又差点掉下去，一只手抓住了他——那是芒多。
彼得被芒多拽出洞外，见到了阿伦和特拉维斯。他们刚才听见彼得呼喊埃克尔斯，急忙跑来帮他。重逢的喜悦太短暂——他们清楚地听到了时航机启动的声音：埃克尔斯把特拉维斯的飞船偷走了。
珍妮弗和斯特拉到处寻找彼得和埃克尔斯，这时她们看见盖尔克的克莱多匆忙跑过去；他肯定正在追赶什么人，珍妮弗非常害怕被追的就是自己人，赶紧和斯特拉追了过去，但还是没有追上。这时她们发现来到了通往武士时代的“浮石”面前，四周被马塔塔把守着。预感到马上会有一场时间风暴，他们待在那儿，等着风暴过去。风暴袭来，历史交错，光怪陆离，混乱中珍妮弗看到时航机朝“浮石”飞来，操作台旁坐着埃克尔斯。飞船滑过“浮石”，消失了。
这时，她眼前突然一亮：阿伦他们又重逢了。接着，阿伦、珍妮弗、彼得、特拉维斯和芒多穿越通往武士时代之门，朝埃克尔斯追去。
之后，他们经历了各种奇特的时空交错的历史：日本人而不是欧洲人发现了北美洲；墨西哥阿兹特克人蒙特马祖打败了西班牙；以及翼龙时代。
途中，他们曾回到恐龙时代，发现拉基克已经做了欧克利，盖尔克仍在追他们几个人。
他们只好再次逃走，先来到古埃及。法老把其它历史的碎片收集起来，盖尔克克莱多也来到了古埃及，仍然要把他们置于死地。后来他们来到尼禄时代的罗马——不过尼禄不是罗马皇帝，而是一位颇有追求的演员和歌手；斯特拉想方设法帮助他们摆脱克莱多的追杀。
现在，他们无路可走，只好再次回到了恐龙时代……
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